孙中山在广州建立中华民国正式政府
一.护法军政府处境艰难，孙中山的政令难以通行：
1. 陆荣廷、唐继尧不愿意接受大元帅孙中山的领导：
护法军政府正式成立后，孙中山就任大元帅一职，云南军阀唐继尧就任元帅一职。但是同样当选“元帅”一职的广西军阀陆荣廷，却怎么也不肯就职。事实上，手握重兵、盘踞一方的云南军阀唐继尧、广西军阀陆荣廷两人，却并不愿意接受大元帅孙中山的领导。
2. 陆荣廷、唐继尧主张南北议和：
唐继尧、陆荣廷两人的心思，只是想极力的扩充自身的实力和地盘。唐继尧、陆荣廷两人甚至还筹划成立所谓的“西南护法各省自治联合会”，企图分裂护法军政府。而且唐继尧、陆荣廷两人的政治纲领，和大元帅孙中山也不一致。孙中山主张“打倒假共和、建设新共和”，而唐继尧、陆荣廷两人则积极主张南北议和。
3. 只有军阀陈炯明支持孙中山：
护法军政府的辖区并不大，只有广东省、广西省、云南省而已。广西军阀陆荣廷、云南军阀唐继尧不愿意接受大元帅孙中山领导的同时，还好广东军阀陈炯明还算支持孙中山。陈炯明率护法军政府大元帅府亲军组成“援闽粤军”，占领了闽西南地区的汀州、漳州、龙岩等地，建立根据地，称为“闽南护法区”。而此时的陈炯明尚未真正崛起，都还没有成长为广东军阀。
4.孙中山的政令难以通行：
但是很多人认为，护法军政府“大元帅制”，其实就是“独任制”。因而大元帅孙中山除了云南军阀唐继尧、广西军阀陆荣廷两人不愿意接受领导外，还遭到了护法军政府内部一些政治派别的不满，护法军政府的政令实际上难以通行广东省、广西省、云南省三地。
二.护法军政府由大元帅制，改组成七总裁制：
1.孙中山辞去护法军政府大元帅职务：
1918年5月4日，国会非常会议通过修正《中华民国军政府组织法》提案，决定对护法军政府进行改组。同一日，孙中山先生向国会非常会议正式辞大元帅职务。这其实也是无奈之举，云南军阀唐继尧、广西军阀陆荣廷都不支持孙中山这个大元帅，事实上就只剩下广东和孙中山自己玩。
2. 护法军政府取消大元帅制：
1918年5月10日，国会非常会议在广州召开，会议通过《修正中华民国军政府组织大纲》，规定取消大元帅制，实行总裁合议制；同时设置内阁式的政务院；设置参事会为代表地方的民意机关；设置军事委员会为军事咨询机关。
3. 护法军政府改组成七总裁制：
护法军政府新设置总裁会议，总裁会议由总裁组成。总裁以合议制行使职权，总裁会议每次轮推一人为主席，而总裁须由国会选举产生。总裁的职权差不多等同于大总统、大元帅的职权：代表军政府，总揽会务，以政务院的襄助行使行政权。
1918年5月20日，国会非常会议选举孙中山、岑春煊、陆荣廷、唐继尧、伍廷芳、唐绍仪、林葆怿七人为总裁。孙中山虽然依然当选了护法军政府的最高首脑“总裁”，但是“总裁”却有七人，孙中山只是七人之一，孙中山的权力被大大的削弱。1918年8月21日，推岑春煊为主席总裁，孙中山落选主席总裁。
4. 护法军政府设置政务院：
在这次的护法军政府改组中，军政府设置政务院，由政务员组成，政务院院长和各部总长均为政务员，其中院长由国会选举。。政务院下设内务部、外交部、财政部、陆军部、交通部等各部。1918年5月20日，国会非常会议推选岑春煊为内务部长、伍廷芳为外交部长、唐绍仪为财政部长、莫荣新为陆军部长、孙中山为交通部长、李烈钧为参谋总长。孙中山先生由原来的大元帅，一下子就降到了一部之长。
三.护法军政府被桂系控制，孙中山辞去总裁一职：
改组后的护法军政府不但没有比孙中山任大元帅时更好，反而比孙中山任大元帅时更差了。而新改制的护法军政府更是直接受桂系控制了，他们贯彻了当初广西军阀陆荣廷、云南军阀唐继尧“南北议和”的主张。
孙中山先生看到新改制的护法军政府，对外谋求与北洋直系妥协，对内蹂躏国会，破坏护法。在失望之极之下，191 9年8月7日，孙中山先生正式电辞护法军政府总裁职务。
四.护法军政府改组成非常大总统制：
1. 护法军政府的总裁纷纷出走：
孙中山先生辞去护法军政府总裁、交通部长职务后，总裁、财政部长唐绍仪也于南北和议破裂后出走上海；总裁、外交部长伍廷芳也因为不满桂系对国会的压迫，出走香港。而此时，云南军阀和广西军阀因为争夺广东的主导权而引发了冲突，云南军阀唐继尧干脆就撤回了派驻军护法政府的政务代表。
2. 护法军政府到了山穷水尽的地步：
在l920年春的时候，护法军政府就仅剩下岑春煊、陆荣廷、林葆怿三位总裁了。虽然桂系军阀控制了护法军政府，但是可以说，护法军政府已经到了山穷水尽的地步。l920年6月2日，孙中山、唐继尧、伍廷芳、唐绍仪等人甚至联合宣言，否认了自己一手建立的护法军政府的一切政令。这一下子，护法军政府就没得玩了。
3. 孙中山恢复护法军政府：
为了拯救已经被玩坏了的护法军政府，l920年11月28日，孙中山、唐绍仪、伍廷芳等人从上海又回到了广州。并在11月29日的时候，通电恢复护法军政府，并举行政务会议。
会议推选孙中山先生兼任内务部长，伍廷芳为外交部长，唐绍仪为财政部长(未就任，后由伍廷芳兼任)，唐继尧为交通部长(到任前由王伯群署理)，陈炯明为陆军部长，徐谦为司法部长，李烈钧为参谋总长。
4. 护法军政府改组成非常大总统制：
1921年1月12日，在广州召开参众两院联合会议，因为参会议员人数依然不足，仍然召开的是国会非常会议。1921年4月7日，国会非常会议通过《中华民国政府组织大纲》。《中华民国政府组织大纲》规定中华民国政府实行总统制，大总统由非常国会选举产生。大总统既是国家元首，同时又是政府首脑，总揽政务，发布法令，统率海陆军，任免文武官员，并对外代表中华民国。
五.孙中山在广州建立中华民国正式政府：
1.孙中山先生当选非常大总统：
1921年4月7日，国会非常会议进行大总统选举，孙中山先生以228票赞成、2票反对当选大总统。因为这是由国会非常会议选出的，所以习惯称为“非常大总统”。
1921年5月4日，孙中山、唐绍仪、伍廷芳、唐继尧、刘显世等人联合通电，军政府于当日取消，所有军政府政务总裁职务即应解除。
2.中华民国正式政府在广州正式建立：
1921年5月5日，孙中山先生宣誓就任中华民国非常大总统，宣布组织正式政府——中华民国正式政府。同时非常大总统孙中山，改元帅府为总统府。
1921年5月6日，孙中山任命中华民国正式政府的各部部长：任命陈炯明为陆军部长兼内务部长，任命伍廷芳为外交部长兼财政部长，任命汤廷光为海军部长，任命李烈钧为参谋总长，任命胡汉民为总参议兼文官长，任命马君武为总统府秘书长。
另外，中华民国正式政府总统府下面设置会计司、庶务司、法制委员会、宣传委员会。
3.中华民国正式政府的辖区：
中华民国正式政府正式成立时，仅仅只辖有广东省及广州直辖市而已。1921年7月，非常大总统孙中山任命马君武为广西省长，非常大总统孙中山任命刘湘为四川省长。
此时的中华民国正式政府，名义上的辖区增加至三省一市，分别是：广东省、广西省、四川省、广州直辖市。