117疫情观察 | 史隽·Ⅵ

只有大规模排查，才能告诉我们全民感染的真实数据，并估算无症状感染率。

撰文 | 史隽
4月17日
周五
MA累计确诊 34402例

自1月底国内疫情暴发以来，就看着微信群里各种谣言漫天飞。有一段时间和朋友说笑，学生物的人最近日子过得累，白天上班，晚上还要在各个微信群帮着辟谣。

日记里提到过的西雅图弗雷德·哈钦森癌症研究中心 (Fred Hutchinson Cancer Research Center) 的病毒基因学专家Trevor Bedford也不能免俗，上周日连发18条推文就为了辟谣。
这条谣言是：加州2019年秋天到2020年初的流感其实是COVID-19，所以加州目前有群体免疫，疫情没有别的州严重。
在国内也可以看到不少文章介绍这个“理论”。
Trevor认为，这种猜测和数据不符合。
他参与的Seattle flu project （西雅图流感计划）收集了西雅图地区有急性呼吸道感染的人的鼻拭子样本。这些人中一部分有流感样疾病，如果是新冠病毒感染，也会因为症状符合条件被采样。
最近，他们检测了这些收集的样本里是不是有新冠病毒。
在一月份收集的3600个样本里面0个是新冠病毒。在二月份收集的3308个样本里面，最早的新冠样本在2月21日被采集到，之后总共有10个样本是新冠测试阳性。这个故事我在以前一篇日记里面特地讲过 (见《117疫情观察：新冠无症状感染的威胁 | 史隽·Ⅲ》)。
此外，2019年10月到2020年2月的样本里面有各种各样的病毒，包括流感病毒、呼吸道合胞病毒、鼻病毒、间质肺病毒和普通的季节性冠状病毒 (包括4种：229E，NL63，OC43和HKU1) 。
普通的季节性冠状病毒引起的感冒约占感冒的30％，在分子测定法中很容易与新冠病毒区分开，没有混淆的可能性。
因此可以推论，2019年10月至2020年1月的西雅图流感并非是新冠病毒流行造成的。考虑到西雅图所在的华盛顿州和加州之间的紧密旅行联系， 新冠病毒不可能在加州广泛流传，却不传播到华盛顿州。
然而，因为有无症状和轻症状感染者的存在，没有大规模的血清学测抗体的数据，很难准确的估计COVID-19患者的总数。Trevor猜测，目前确诊的病例是实际总感染人数的5% -10%，因此美国大约有2% -3%的人感染过新冠病毒。
然而，美国CDC最新计算出的R0值是5.7，这就意味着需要大于 

的人感染过后有抗体才能达到群体免疫。美国离群体免疫的目标还差很远。

加州的疫情没那么严重，是因为防控工作做得比较到位，而不是因为群体免疫。Trevor Bedford作为作者之一的两篇预印本文章就比较了北加州和西雅图的病毒传播的不同之处。通过对很多COVID-19患者携带的病毒测序，研究人员发现，北加州的新冠病毒有多个输入源。而西雅图只有一个输入源，就是那位从武汉探亲回西雅图的Amazon的程序员，4周里默默地传播了整个社区，直到当地疫情暴发。

Trevor Bedford的两篇文章：

Cryptic transmission of SARS-CoV-2 in Washington State

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.02.20051417v1

A Genomic Survey of SARS-CoV-2 Reveals Multiple Introductions into Northern California without a Predominant Lineage

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.27.20044925v1

至于怎么估算实际的新冠病毒感染者的总数，Trevor在4月7日的9条推文中讲过。
感染病毒以后大约在第6天人会产生抗体，即使恢复以后，抗体仍然可以在体内存在好几个月 (新冠病毒到底能够存在多久的具体数据还没有，很多猜测是6-12个月) 。因为有无症状或者轻症状感染者的存在，要知道人群中到底有多少人曾经感染过新冠病毒，经典的检测方法就是测血液里可以结合新冠病毒的特异抗体。
类似的“血清阳性率”也曾用于早期的一些传染病研究。例如猪流感 (swine flu) 流行后一年，抗体检测发现全世界约35％的人感染过这个病毒（https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0020358）。
而Zika病毒在巴西东北部大流行期间约感染了当地60％的人口 。(https://mbio.asm.org/content/8/6/e01390-17.short)
有一个研究根据欧洲各国感染和死亡总数，推测各国新冠病毒实际感染者占总人口的比例在1％至15％。
截至2020年3月28日，模型估算的欧洲各国实际感染过新冠病毒的人数百分比。（https://imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disease-analysis/covid-19/report-13-europe-npi-impact/）
在美国，最近加州有两个研究团队做了两个小规模的抗体测试。
第一个社区测试是在加州北部的Santa Clara County (圣塔克拉拉县) 进行的，许多科技公司的总部都设在这里。这个测试招募了社区里没有被确诊过的3,300位居民，用的一家生物技术公司Premier Biotech提供的试剂盒，发现被测试者中有2.5％至4.2％的抗体检测是阳性。这个数据再次证明北加州离群体免疫还差的很远。
圣塔克拉拉县的总人口是200万，用这个数据推算，可能感染过新冠病毒的人数在48,000至81,000之间。而在抽样的4月4日至5日，该县的官方确诊人数大约只有1,000人。这意味着圣塔克拉拉县的感染过新冠病毒的人数是官方确诊数字的50到80倍。
但是有几点提醒大家注意：

1）这个排查的采样量还不是很大。

2）圣塔克拉拉县的结果并不能推广到美国所有的地区。

3）这个试验是在网络上招募志愿者的，志愿者不能算是整个社区居民的典型代表，因为社区里并不是所有人都会上网关注这类广告。

随后还需要进一步分析，才能知道有多少抗体检测阳性的人因为无症状，因而从不知道自己曾感染过病毒。
南加州大学 (University of Southern California) 的另一个团队正在加州南部的洛杉矶地区进行类似的抗体检测。
而美国CDC也在进行大规模的抗体测试，包括三个排查：
第一个是在疫情严重的地区抽查没有被确诊过的人；第二个是全国的排查；第三个是医护人员的排查。（见今天的头条文章）
希望很快能看到这些测试的结果，从而能知道全民感染的真实数据，并且估算无症状感染率。
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