如何对“双重管理干部”违纪问题进行监督执纪？
《中国共产党纪律检查机关监督执纪工作规则（试行）》（以下简称《规则》）第七条规定，对党的组织关系在地方、干部管理权限在主管部门的党员干部违纪问题，应当按照谁主管谁负责的原则进行监督执纪，并及时向对方通报情况。
实践中常见的问题包括，一是对此类干部的违纪问题，是由地方纪委还是主管部门纪检机构审查，对“谁主管谁负责”如何理解；二是在审查结束后，对此类干部的党纪处分，是由地方纪委还是由主管部门纪检机构作出。对此，应予以廓清。
关于应由主管部门纪检机构还是地方纪委审查的问题
《规则》第七条规定，对党的组织关系在地方、干部管理权限在主管部门的党员干部违纪问题，应当按照谁主管谁负责的原则进行监督执纪。
该条规定旨在解决实践中有的地方纪委和主管部门党组织对党员干部违纪问题相互推诿、不履行监督执纪职责的问题，督促地方纪委、主管部门党组织认真履行全面从严治党主体责任和监督责任。
笔者认为，由于此类干部的日常工作、业务活动，包括违纪问题一般发生在主管部门，按照谁主管谁负责的原则，一般应由主管部门纪检机构进行执纪审查。
但在特殊情况下，也可由地方纪委进行执纪审查。《中国共产党纪律检查机关案件检查工作条例》第十八条规定，党的关系在地方、干部任免权限在主管部门的党员干部违犯党纪的问题，除另有规定的外，一般由地方纪检机关决定立案。
若地方纪检机关认为由部门纪检机关立案更为适宜的，经协商可由部门纪检机关立案；根据规定应由部门纪检机关立案的违纪问题，经协商也可由地方纪检机关立案。
也就是说，《中国共产党纪律检查机关案件检查工作条例》实际确定了执纪审查的管辖可由主管部门和地方纪委协商确定的原则。这是因为，违纪案件的情况比较复杂，有的违纪案件主要发生在主管部门，由地方纪委取证存在困难；有的案件违纪问题涉及几个地方，由一个地方的纪委立案审查不便，所以均交由主管部门进行执纪审查。
但是，也有的违纪案件发生在地方，由地方纪委取证更加便捷；或者主管部门存在系统性、大面积违纪问题，不便由主管部门进行审查，这种情况下，由地方纪委进行审查则更加有利于案件的查处。
关于审查结束后，应由地方纪委还是主管部门党组织作出党纪处分的问题
对党员的党纪处分，应由其组织关系所在的党组织作出，或者由该党组织的上级党组织作出。因此，对党的组织关系在地方、干部管理权限在主管部门的党员，即使由主管部门纪检机构审查的，审查结束后，也应交地方纪委作出党纪处分。
对此，有关党内法规曾多次作出规定。例如，1981年中央纪委、中央组织部《关于双重领导单位的领导干部党纪处分审批问题给石油部的答复》曾规定，对业务上直属中央各部门领导和业务上实行双重领导、以中央各部门领导为主的单位中，属于中央管理的干部和中央有关部门为主管理的干部，给予党纪处分的报批或审批手续，应按党的隶属关系办理。
即：凡是这些单位党的关系在地方的，处分上述干部的报批或审批手续，应由地方党委负责办理。2004年，中央纪委有关部门《关于〈关于如何对青海省西宁市质量技术监督局党组成员、纪检组长侯××同志实施党纪处分批准权限的请示〉的答复》重申，对违纪的党员干部决定或批准给予党纪处分，仍应按党的隶属关系办理。鉴于侯××同志党的组织关系在西宁市，因此，对其给予党纪处分，应由西宁市委或市纪委办理。
由此可见，党纪处分权必须依据隶属管辖和级别管辖的原则行使。比如，某国有企业某省分公司经理，党组织关系在该省，且当选为该省省委候补委员，则对其作出党纪重处分不能由该国有企业党组织作出，而必须根据《中国共产党章程》第四十条第二款的规定，由省委全体会议三分之二以上多数决定，并经中央纪委报中共中央审批。