GEO数据挖掘只分析一张芯片，还能发文章吗 / 四六文摘

曾经很多人问过我们，GEO数据挖掘只有一张芯片，还能发文章吗？我们的答

案：肯定能。今天就给大家分享一篇只分析了一张芯片的文章，这篇文章2018年8月份发表在BioMed Research International，BioMed Research International最新影响因子为2.58，作者是中国的研究者。

论文题目

Identification of Key Genes and Pathways in Triple-Negative Breast Cancer by Integrated Bioinformatics Analysis

论文摘要

目的：三阴性乳腺癌是指不表达雌激素受体（ER），孕酮受体（PR）或人表皮生长因子受体2（Her2）的乳腺癌。本研究旨在确定关键途径和基因，并找出三阴性乳腺癌（TNBC）的潜在起始和进展机制。

方法：我们从Gene Expression Omnibus（GEO）数据集下载了GSE76275的基因表达谱。该微阵列Super-Series组由265个样品的基因表达数据组成，其中包括67个非TNBC和198个TNBC。接下来，鉴定了所有差异表达的基因（DEG），其中p <0.01且倍数变化≥1.5或≤-1.5。

结果：列出了56个上调基因和151个下调基因，基因本体论（GO）和京都基因和基因组途径百科全书（KEGG）富集分析为执行。这些显着改变的基因主要参与生物学过程，称为前列腺腺形态发生，内耳形态发生，细胞成熟，消化道形态发生，自主神经系统发育，单价无机阴离子稳态，神经嵴细胞发育，树突延伸调节和神经胶质细胞增殖，免疫系统过程称为细胞分化，免疫应答调节和巨噬细胞活化。基因主要参与称为卵母细胞减数分裂的KEGG途径。使用来自cBioPortal整合的癌症基因组图谱（TCGA）的数据集对所有DEG进行生存分析，其中SRY相关HMG-box 8（SOX8），雄激素受体（AR）和染色体9Open阅读框152（C9orf152）的扩增是Nik相关激酶（NRK）和RAS癌基因家族30（RAB30）与预期寿命呈正相关（p <0.05）。

结论：这些鉴定的通路和基因有助于了解TNBC的发展机制。此外，SOX8，AR，C9orf152，NRK和RAB30等关键基因和通路可能是治疗TNBC的有前途的靶标。

文章思路和分析内容