Cell | MicrobioLink:一个整合计算pipeline来推断微生物-宿主相互作用的功能效果

推荐：江舜尧

编译：思敏如月

编辑：小菌菌

英国厄尔汉姆研究中心Tamas Korcsmaros和Padhmanand Sudhakar等于2020年5月21日在国际学术期刊Cells发表题目为《MicrobioLink: An Integrated Computational Pipeline to Infer Functional Effects of Microbiome–Host Interactions》的文章，该研究开发了一个被称为MicrobioLink的集成计算管道，该计算管道能够将微生物蛋白与可能与之相互作用的宿主蛋白相连接，然后推断这些相互作用如何影响宿主的细胞过程。使用MicrobioLink，有希望评估整个微生物群落，甚至是共生微生物或病原体的单个微生物如何通过蛋白介导的信号转导来影响宿主生理过程。MicobioLink对于研究微生物如何影响健康，导致疾病发展变化并寻找潜在的药物靶标具有潜在应用价值。

文章内容

文章摘要：微生物与宿主的相互作用在健康和各种疾病中起着重要作用。发现二者之间的相互交流促进了我们对疾病发病机制的理解，并为潜在的治疗靶标提供了有用的线索。尽管微生物与宿主之间的相互作用具有生物学意义，但在理解这些相互作用对宿主的影响方面仍有很多未知。通过计算模拟，合并预测和确定优先顺序的方法能够填补这一空白。本研究中作者介绍了MicrobioLink-一个能够将微生物和宿主蛋白和分子网络进行整合在一起的一个集成计算管道。通过利用网络扩散的概念，MicrobioLink可以通过调节基因或蛋白质表达来分析微生物蛋白在特定情况下如何影响细胞过程。作者通过具体的案例研究证明了MicrobioLink的适用性。作者使用来自来自炎性肠病患者和健康对照组的肠道元蛋白质组学数据，揭示了微生物蛋白调节宿主基因的机制，这些基因属于与疾病发病机理有关的生物学过程。

文章重要图片说明

图1 MicrobioLink工作流程展示。
图2 A受体蛋白与靶标自噬基因之间的信号通路展示；B在炎性肠病和健康条件下检测到的与细菌蛋白相关的网络;C仅保留具有转录调控相互作用的网络蛋白和目标自噬基因的网络。
图3 根据GO分析推断出的最终网络模型。

你可能还喜欢

  1. 2019年度回顾 | 微生态环境微生物类微文大合辑

  2. 2019年度回顾 | 微生态人体/动物微生物类微文大合辑

  3. 2019年度回顾 | 技术贴合辑大放送

赞 (0)

相关推荐