EM | 对欧洲太平洋牡蛎在死亡事件爆发期间病理种群动态的评估：基于16S rRNA基因谱和新型靶向富集NGS测序
推荐：江舜尧
编译：ye00ye
编辑：十九
意大利热那亚大学地球环境与生命科学系(DISTAV) 的Luigi Vezzulli(通讯作者)等人于2019年7月20日在微生物顶级期刊Environmental Microbiology发表题为《Dynamics of the Pacific Oyster Pathobiota during mortality episodes in Europe assessed by 16S rRNA gene profiling and a new target enrichment next-generation sequencing strategy》的文章，该研究揭示了与欧洲太平洋牡蛎疾病爆发相关的微生物群落的结构和动态变化，并为将来阐明多微生物感染C. gigas机制的研究奠定了基础。
文章摘要
欧洲太平洋牡蛎养殖场的群体性死亡事件反复发生，除了河口弧菌(Vibrio aestuarianus)或介形虫疱疹病毒1型(OsHV-1)外，一个新兴的观点认为：还有其它更多种微生物参与致病性感染太平洋牡蛎C. gigas，即牡蛎死亡是多种微生物共同作用的结果。本研究收集了来自欧洲不同地点的太平洋牡蛎C. gigas的大量的样本，并利用real-time PCR和基于16S rRNA基因的微生物图谱技术对样本中的微生物群落变化情况进行研究。本研究同时还提供了一种新型靶向富集NGS测序技术，用于选择性基因捕捉、测序、构建884种发育分类系统并对牡蛎组织的潜在海洋微生物病原体群落进行毒力标记，还对双壳虫生物群进行高分辨率的分类学分析。使用这些技术对C. gigas样本进行对比分析后的结果显示：经历了爆发性死亡事件的牡蛎有微生物群落遭到破坏的迹象，主要感染因子河口弧菌(Vibrio aestuarianus)和介形虫疱疹病毒1型(OsHV1)在受感染动物的致病生物群中占主导地位，同时还有以前未检测到的主要属于弧菌和弓形杆菌属的潜在致病细菌物种群。这些物种及其群落的作用应成为未来旨在阐明C.gigas的潜在多微生物感染机制的研究目标。
文章中重要图片说明
图1|根据牡蛎的健康状况和地理位置分组的101个C. gigas微生物群落的纲和属水平的分类组成
图2|不同条件下C. gigas微生物群的比较分析（Beta多样性分析）
图3|受V.aestuarianus 感染与未受感染的样品的靶向富集NGS对比分析
图4|受OsHV1感染与未受感染的样品的靶向富集NGS对比分析
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