多组学！还自带动物和临床实验！这个数据库可以封神了！做科研不可错过！来掘金了！
▌数据库概览
网址（http://www.bigzju.com/ATdb/#/Homepage），Human Autophagy Database数据库简称ATdb，整合来自TCGA、GEO数据库肿瘤转录组表达谱及临床表型信息，UniProt、HGNC、HPA和ENSEMBL等基因组及蛋白信息，以及Pubmed文献报道数据，囊括25种肿瘤和64种细胞系的自噬相关137个基因、658个miRNA、266个lncRNA、155个PTM和298个DNA甲基化信息，以及331个动物模型和70个临床试验信息，提供生存分析模块。基于上述信息，ATdb数据库提供数据查询、浏览、可视化和下载等功能。
Tutorial部分展示数据库使用指南。
▌数据库核心功能及操作演示
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Genes模块
Genes模块提供自噬相关基因信息，包括基因基本信息、表达谱、亚细胞定位、临床相关性、翻译后修饰、非编码RNA调控、甲基化、可变剪切和动物模型等信息。
Illustration部分展示自噬调控网络示意图，分别是经典自噬途径调控网络和线粒体自噬调控网络。
在Search部分的检索框输入感兴趣基因，或Dropdown list部分的下拉菜单选择感兴趣基因，进行检索。
以BCL2为例，结果General Information部分为BCL2基本信息，Summary提示BCL2基因编码线粒体外膜蛋白，BCL2易位至Ig重链位点被认为是滤泡性淋巴瘤原因，存在可变剪切产生多个转录本。
Expression Profile部分展示BCL2基因在不同肿瘤及肿瘤细胞系中表达情况，可以选择不同数据库来源进行查看。
Intracellular localization部分展示BCL2亚细胞定位情况，可链接至HPA数据库查看详细信息，BCL2蛋白定位于核膜及核质。
Correction部分展示BCL2在不同肿瘤中与miRNA、lncRNA和转录因子之间相关性分析结果，肿瘤全选、相关性系数选择大于0.5，p值选择小于0.05，点击Submit得到结果。
与BCL2显著相关的miRNA结果，热图显示8种肿瘤，其中Thyroid cancer中与BCL2相关的miRNA最多，表格显示89个miRNA，其中正相关系数最高为0.771，是甲状腺癌中has-mir-1179。可以将鼠标悬浮在热图中某个格子，点击后显示该miRNA与BCL2相关性散点图，以甲状腺癌中has-mir-1179为例。
与BCL2显著相关的转录因子结果类似，总计1225个转录因子，鼠标悬浮在热图中某个格子，点击后显示该转录因子与BCL2相关性散点图，以其中正相关系数最高的胰腺癌中的转录因子IKZF1为例，查看相关性散点图。
与BCL2显著相关的lncRNA结果类似，总计1010个转lncRNA，以其中正相关系数最高的胰腺癌中的RP11-284N8.3为例，查看相关性散点图。
Posttranslational Modification部分为BCL2蛋白翻译后修饰信息，显示15条结果，提供蛋白修饰位点、细胞系、酶和参考文献信息。
接下来ncRNA Regulation部分展示与BCL2存在调控关系的175个miRNA和82个lncRNA信息。
Methylation部分展示20条BCL2甲基化修饰信息及参考文献。
Alternative splicing部分，下拉菜单选择膀胱癌BLCA，展示BCL2在有4个不同转录本，箱图展示表达量情况。
最后部分，是23个BCL2相关研究中动物模型信息。
2
Tumors模块
Tumors模块提供肿瘤自噬基因与临床相关性信息，包括肿瘤基本信息、基因差异表达情况、生存分析和相关性分析结果。
在Search部分的检索框输入感兴趣肿瘤，或Dropdown list部分的下拉菜单选择感兴趣肿瘤，进行检索。
以Breast cancer为例，结果Brief Summary部分为乳腺癌基本介绍。
Gene Expression部分展示按照Normal/Tumor、Stage和生存状况分组的表达差异基因，及对应的Fold change和P值，点击蓝色基因名显示箱图。
Correlation部分设置感兴趣基因、相关系数和P值阈值，点击Submit，结果展示与该基因相关的miRNA、转录因子和lncRNA，功能与前述类似，详情不再赘述。
KM-plot部分展示进行生存分析结果，右侧下拉菜单选择感兴趣基因，生存分析图可设置cutoff值，下图为Tutorial中相关功能说明。
Clinical Trial部分展示乳腺癌的自噬相关临床试验信息，点击项目NCT_ID链接至https://clinicaltrials.gov/查看详细信息。
3
Search功能
数据库主页检索框输入感兴趣基因或肿瘤，下拉菜单会智能关联，点击目标基因或肿瘤即可查看详细结果。
4
Download
Download模块提供ATdb数据库中部分数据下载链接，感兴趣小伙伴可以自行探索。
▌文献案例
目前引用ATdb数据库文献仅1篇，探索自噬相关研究进展，感兴趣小伙伴可以学习。
以上就是ATdb数据库的全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下文献哦~！