基因过表达/干扰或基因敲除细胞株怎么选择？

表达就是把基因上调表达，即该基因被过度的转录、翻译，最终基因表达产物超过正常水平。做过表达要比做干扰难度高一些，过表达需要表达出长链的mRNA，这一点比较困难，而干扰只需表达出短片段的shRNA即可。

一般情况下，如果本身就是高表达，你再做过表达就比较困难，某种程度上干扰更为重要，想说明一个基因对于一个事件是必须的，只有把它拿掉，事件终止（或程度减弱），才比较有说服力。但是，如果你的基因在细胞中基础表达本身就不高的话，还是有必要来选择过表达实验来对其表型进行验证的，否则实验会受到质疑。

关于下调基因表达，一般来说干扰稳转株能满足实验所需。但是，干扰稳转株不能控制shRNA插入染色体的位置，染色体上的shRNA有时会丢失，另外shRNA也有脱靶效应，可能干扰了其他未知基因。还有就是，shRNA是与目的基因的mRNA作用而使之降解，是在RNA水平上的降低目的基因的表达。

此时，基因敲除稳转株可以很大程度上规避这个问题。因为基因敲除稳转株是在基因组水平上通过基因序列的改变使其基因功能丧失，在敲除细胞中通常不会检测到靶蛋白的表达，而且敲除效果稳定，不能恢复，也就是永久性敲除了。但是基因敲除稳转株缺点是操作周期长，费用多，效率低。如何选择基因下调表达的方式，就要综合考虑了。