数据库分析第三讲 ——TCMSP多功能数据库使用介绍 （转自搜狐-医学方）

2018-08-03 11:00

小伙伴们，还记得我们的数据库专题吗？之前给大家介绍了数据库总结、今天我们迎来了第三讲—TCMSP数据库。

TCMSP（中药系统药理数据库和分析平台）包括中国药典注册的499种中药，含29,384种成分，3,311个靶标和837个相关疾病。该数据库采用的是 HIT数据库预测算法SysDT 来获得药物靶点之间的关系。该数据库中的疾病信息来自TTD数据库和PharmGKB 数据库。这些信息可以在该数据库中查询和下载。该数据库特别的价值在于，它为每种化合物提供了药物药代动力学信息，如成药相似性（DL），口服生物利用度（OB），血脑屏障（BBB），肠上皮通透性（Caco-2） ，脂水分配系数（ALogP）和H键供体/受体（Hdon / Hacc）的数量。因此，用户可以选择具有良好类似药物和ADME（吸收，分布，代谢，排泄）特征的化合物用于进一步研究。

网址：http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php

我们先来看一下这个数据库设计目的初衷是为了迎合网络药理学发展的趋势，实现中药现代化的研究，解释中药小分子的作用机制，以及中药复方的作用机制。

点击TCMSP，以陈皮为例

出现下面：

在成分中可以看到化合物的mol号，小分子的名字，以及一些理化性质，像分子量，脂水分布系数，氢键的供体和氢键的受体数量，口服生物利用度，药物透皮吸收率，血脑屏障透过率，成药性，极区表面积以及半衰期等参数，来用于筛选感兴趣的成分。

在target界面，会看到如下：

其中红色代表化合物，蓝色代表靶点信息，不过很不幸这种关系图不支持下载

不过，这种小分子和靶点信息被整合到如上所示的表格中，我们完全可以利用上述信息导入到cytoscape进行画图，在标红框里可以看到status信息，代表就是靶点信息是否得到验证，validated代表就是验证的靶点信息。

分别是靶点网络，靶点信息，以及网络参数（这里提供的是节点度），节点度的意思就是与该节点相连接的点数多少。一般文章里面会取大于中位数以上的靶点作为该药物的靶点来做后续的kegg和GO分析，当然你就可以按照节点度来筛选最大的靶点，做后续研究。

接着点击进入disease界面，出现如下界面：

同样是3个窗口，分别是网络，疾病和网络参数

我们点击方框内的，就发现不只药材的名字，我们还可以输入化合物的化学名，CAS号，靶点以及疾病的名字。

比如我们放入一个肺癌“lung cancer”

出现下面这个界面：

很明显分的特别细，我们就选lung cancer，点击出现下面：

就会出现相应的疾病基因，治疗该疾病的成分，已经相关的中药。

接下来，我们看第二个软件 cancerHSP

cancerHSP含有2439种抗癌草药，含有3575种抗癌成分。每个成分的分子结构和9个关键的ADME参数提供。此外，还根据492种不同的癌细胞株提供了这些化合物的抗癌活性。此外，这些化合物的832个靶蛋白是通过最新的方法或文献收集来预测的。cancerHSP将有助于揭示天然抗癌药物的分子机制和抗癌药物的开发，特别是有助于今后对药物定位和药物发现的研究。我们以紫杉醇（Taxol）为例。

便可以看到taxol的MolID,CAS号，抗癌的活性等数据，来对你的研究提供参考。

接着我们进入CVDSP，是一个心血管疾病的系统药理学平台，这个平台就不太友好，并没有开放对我们使用。

该数据库的最后一个亮点就是PreDC：Predict Drug Combination就是预测药物联合用药。比如toremifene：docetaxel，点击search

却出现：

好吧，只能说这个数据库变得流氓了，哈哈，那我们就用前两个功能吧！