miRNA与基因互作数据库
我们熟知，在特定情况下，microRNA（miRNA）可以直接或间接激活和抑制基因表达。但是，尚没有基于多组学的数据库能够证明对激活与抑制以及正常与癌症状况之间相互作用模式转换的系统数据。今天我们为大家推荐一个数据库miRactDB（miRNA与基因相互作用的数据库），该数据库是可以提供用于注释miRNA与基因关系的通用平台。miRactDB中涵盖了TCGA，CCLE和GTEx数据库中的数据，对miRNA与基因之间的相互作用及其在肿瘤和正常情况下跨组织类型的生物学影响进行了全面研究。
miRactDB为癌症和基因组学界提供了独特的资源，可以在正常和癌症患者不同样品数据中分别进行筛选，确定优先级并合理化其miRNA与基因相互作用的候选对象。而且可能存在一小部分但至关重要的miRNA，可深刻影响各种癌症的标志性过程。相信这个数据库会给正在进行miRNA与基因作用研究和生物信息分析研究者带来巨大的帮助。
https://ccsm.uth.edu/miRactDB
3.点击Search我们可以得到miRNA和基因的相关性，红色代表具有正相关性，绿色代表具有负相关性，灰色代表不具有相关性。
4.点击左侧的miRNA蓝色链接，我们可以得到很多有关输入的miRNA和基因的其他详细信息，包括:miRNA结合位、miRNA在不同癌症中的表达情况、所输入的基因IGF2的表达情况、miRNA与该基因的相关性、跨基因位点的超级增强子评分、miRNA的临床意义、输入所研究基因的临床意义、与该miRNA相关的药物、与该基因有关的药物、与该miRNA相关疾病、该基因相关疾病等等，可谓是十分全面了。
1）miRNA总结
这个模块显示了显著相关的miRNA的信息。除了显示了miRNA的基本信息外还显示了在TCGA泛癌中具有不同相关模式的基因列表。我们还可以点击第一行蓝色链接，可以直接进入pubmed官网检索到目前有关该miRNA与所选基因的相关研究。
网站还可以根据Entrez的直接测定法（IDA）推断该基因的参与的细胞功能。
我们还可以得到IGF2上的hsa-mir-483结合位点（启动子，CDS和3'UTR）有哪些。网站从GENCODE（版本30）下载了所有基因的编码序列（CDS，n = 20358），并提取了每个基因的TSS±2kb区域的序列。并且从TargetScanHuman v7.2（miR_Family_Infor.txt）下载了miRNA家族信息，并提取了智人（n = 2064）的数据记录。然后通过TargetScan提供的开放式工具targetscan.pl扫描了所有基因的CDS和启动子区域上每个miRNA的潜在结合位点。扫描后进行miRNA家族信息解析，并将这些家族映射到相关的单个miRNA上。
3）miRNA表达
该类别提供了与正常样品具有不同miRNA表达水平的样品之间差异表达的miRNA分析，我们可以观察所选miRNA和该基因在三十多种癌症和正常组织中的表达情况。
除了可以观察miRNA的表达情况，该数据库还提供了与正常样品具有不同基因表达水平的样品之间差异表达的基因分析。
hsa-mir-483和IGF2之间的miRNA基因相关性研究
使用不同正常组织数据进行了散点图绘制，其中miRNA和基因表达值之间具有回归线以显示相关性。
跨人类癌细胞系（CCLE，Spearman）的miRNA基因表达相关性：
该数据库使用改良的ROSE管道研究了围绕每个miRNA和基因TSS的超级增强子形成概况。研究了来自ENCODE的跨越15种人体组织的64个样本，量化了每个miRNA和基因区域中H3K27ac的ChIP-seq信号强度，计算了所有ENCODE样品中所有miRNA和基因的超级增强子得分，并用条形图绘制了每个miRNA /基因（跨样品），因此我们可以得到丰富的超级增强子评分图。
该表提供了与所研究miRNA和基因相关的已批准的小分子药物信息，包括药物的名称、编号、研究方法、实验条件、年份、对基因调节方式等等。
该网站还会提供miRNA基因相关的疾病信息,不仅会显示pubmed种相关疾病研究文章数量，还会显示数据来源。