你未来几年的研究方向都可以被这个数据库包了
解螺旋公众号·陪伴你科研的第2422天
一站式的肿瘤lncRNA数据库
肿瘤的转移是肿瘤治疗领域的一大难题，也是肿瘤研究方向上的一个重要方向。2019年，我们公众号曾在推送《真的是超好用的肿瘤研究工具》里给大家介绍过一个为研究肿瘤转移提供便利的数据库HCMDB，在那个数据库里共有2183 个与肿瘤相关的基因（其中包括1901蛋白编码基因、24个lncRNA和203个miRNA）。
本工最近发现武汉科技大学邓文生教授课题组于今年8月在生物信息学领域国际著名期刊《Briefings in Bioinformatics》发表了另一款与肿瘤相关的lncRNA数据库：LncR2metasta，数据库网址为http://lncr2metasta.wchoda.com。该数据库共收集了在54个肿瘤类型中，304个lncRNA与39个肿瘤转移事件的1283个关联。
下面本工来给大家介绍安利一下这个数据库。
进入主页后，大家可以看到一个朴素的页面，上面红色的方框里表示网站的主要功能模块，下面的红色方框可提醒大家如果数据库帮到了你的研究，请记得引用他们哦。
在Browse模块，大家可以在左边的栏目里看到两个父集——LncRNA和Cancer metastatic event，就是说大家可以直接在LncRNA的选项里寻找感兴趣的目标lncRNA，也可以在Cancer metastatic event根据肿瘤转移的相关事件来寻找lncRNA。如下图所展示，就有一些跟肿瘤从乳腺转移到脑和骨（Breast-Bone，Breast-Brain）相关的lncRNA。
当我们以“LncRNA”模式浏览时，数据库会在右边给我们展示这样的界面来显示结果。上为lncRNA的基本信息，包括名称、分类、在不同数据库里的ID、染色体位置，点击蓝色的字体会跳转到相对应的数据库里。
下面的部分，则会展示lncRNA与转移相关的不同功能，如“Cancer cell invasion”、“Cancer cell migration”、“Cancer cell proliferation”，还有所研究的肿瘤类型、lncRNA的角色、以及参考文献的ID。
如果大家点击蓝色的“Cancer cell invasion”、“Cancer cell migration”、“Cancer cell proliferation”字体，则会跳转出如下界面，展示包括lncRNA的实验方法、表达模式、实验方法、靶向的基因或通路，还有该功能在文献中的描述。
当我们以“Cancer metastatic event”模式浏览时，则可以在每一个对应的事件里查找相关的数据和结果，例如下图中的“Breast-Lung”，就表示“肿瘤原发于乳腺，转移到肺部”这样一个事件，参与这一事件的lncRNA有ANCR和BCAR4。
在Search模块，数据库提供了三个参数进行选择和输入来帮助大家搜索结果，包括“Cancer metastatic event”、“LncRNA symbol, ID or location”类型和具体的名称。
点击“Search”后展示的结果内容也前面的也比较一致，在此就不赘述了。
当然，如果你想要自己下载数据进行筛选的话，数据库也是支持的！
在Download界面，有两个选项可以选择，用户可以框定范围，也可以选择All。
关于这个数据库的介绍就到这里了，大家在研究过程中碰到了一个lncRNA,想知道它和转移有没有关系，可以来这里搜搜看看，很是方便。
另外，对于那些想灌灌水的同学，也是有帮助的。酸菜老师说过“要么筛，要么猜”，一个lncRNA在这个肿瘤里可以促进转移，在另外一个肿瘤里是不是也有这个功能呢？也不是没有这个可能，如果再把实验做好了，逻辑完整了，也能发好文章的。
要作图分析或者学习更详细的思路，欢迎大家来学习我们的体系课程。
今天就和大家唠叨到这里了，祝大家都有收获！