ViMIC | 人类疾病相关病毒综合性数据库

在新冠病毒之前，其实就有一些其他的病毒对于我们人体有很大的影响。最常见的比如：HBV，HPV以及HIV这些病毒。病毒对于人体的影响，主要通过病毒本身的核苷酸与人体细胞进行相互作用。进而影响人体内基因的变化。如果能知道病毒的具体调控机制的话，也就比较容易进行一些治疗了。所以今天就给大家介绍一个人类疾病相关病毒的突变以及靶基因预测数据库：ViMIC Database: http://bmtongji.cn/ViMIC/index.php

背景数据介绍

关于人类疾病相关的病毒而言，作者在ViMIC 数据库当中主要收集了：HBV, HPV, EBV, AAV2, MCV, HIV, HTLV1, XMRV 八种病毒的信息。基于这八种病毒，作者使用pubmed文本挖掘， Cistrome数据库，VISDB数据库以及GEO数据库 来整合了和以上八种病毒有关的突变，顺式调控信息以及靶基因信息。

其中

  1. 病毒的突变位点主要是通过，文本挖掘的来进行整理。

  2. 病毒调控方面是通过病毒的预测病毒和人体基因的结合区域，以及组蛋白修饰，转录因子调控的结合区域，来寻找病毒和人体调控的重叠区域作为调控区域。

  3. 最后靶基因则是基于GEO或者TCGA来进行高通量测序的数据分析获得的。

数据库使用

在数据库使用方面，作者基于数据库的功能也分成了：病毒位点，病毒调控以及靶基因三个方面。

我们可以基于自己的目的来进行的检索也可以直接查找某一个方面的所有数据。

突变信息

其中在突变信息方面，我们可以每一个突变位点来自于哪一个参考文献。同时对于这个突变的具体信息，以及突变目前研究的情况都可以直接看到。如果想要了解具体信息，可以点击 Detail即可。

调控信息

在调控信息方面，则可以看到病毒和组蛋白修饰/转录因子调控重叠的区域是什么地方。

靶基因

在靶基因预测方面，也是可以了解到病毒的靶基因的具体信息，以及这个靶基因和病毒的目前研究情况。另外由于病毒发挥作用一定程度上也是和免疫细胞有关系的，所以也基于公共数据库分析了靶基因和免疫细胞的关系。

这个免疫细胞的评估使用的主要是CIBERSORT。关于免疫细胞评价算法的不同，可以查看[[免疫算法原理]]

总的来说

以上就是这个数据库的主要功能了。如果是研究以上八个病毒的话，可以来预测一下。另外，数据库也提供了所有数据下载的功能。有兴趣的可以去下载一下。。

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