EWAS Data Hub：DNA甲基化芯片数据库
导语
表观基因组广泛关联研究（Epigenome-wide Association Study，EWAS），基于全基因组范围寻找组间的表观遗传学标记的差别或特征，能够帮助我们了解表观遗传改变与相关形状变化和调控之间的关系。在过去的十年中，由于许多EWAS项目的结果，已经积累了大量的表观遗传数据，尤其是来自DNA甲基化阵列的表观遗传数据。但是，由于不同试验的研究平台，研究批次，包括样本的年龄性别等信息千差万别，直接使用这些数据肯定会导致大量的假阳性。为了解决这些问题，实现更好的甲基化数据整合分析，中国科学院北京基因组研究所国家基因组科学数据中心，开发了人类表观组关联分析数据库EWAS Data Hub。
EWAS数据中心用于收集和标准化DNA甲基化阵列数据以及存档相关的元数据。当前版本的EWAS Data Hub集成了来自75344个样本的DNA甲基化阵列数据的全面收集，并采用有效的归一化方法来消除不同数据集之间的批量影响。EWAS Data Hub的数据主要来自GEO、TCGA、ArrayExpress和Encode数据库。因此，利用大量高质量的DNA甲基化数据和标准化的元数据，EWAS数据中心可提供不同背景下的参考DNA甲基化图谱，涉及81种组织/细胞类型（包含25个脑部和25种血细胞类型），6个祖先类别和67种疾病（包括39种癌症）。同时，EWAS Data Hub 还提供了高效的查询方式，可协助检索和发现基于甲基化的生物标记物，用于表型表征，临床治疗和保健。
EWAS Data Hub
https://bigd.big.ac.cn/ewas/datahub
以下从4个方面进行介绍EWAS Data Hub的功能。
一、home-Search
这个数据库在首页提供了三种检索方式：探针（probes）、基因（genes）和样本（Samples）。
以基因DNMT1为例，呈现结果如下：
Basic--基因基本信息和基因的探针数
Tissue--不同组织或细胞的甲基化情况（可选择探针位置和种类）
Sex--不同性别的甲基化差异
Age--探针在各组织中与年龄的相关性
Ancestry Category--探针在6大种族中的甲基化水平
BMI-- DNA甲基化随BMI（乳房，基因启动子）的变化
Cancer--各肿瘤中的患者和健康样本的甲基化水平差异、生存分析曲线和甲基化和表达的关系散点图
通过选择自己研究的肿瘤，就可以看到对照组和实验组之间的甲基化水平的差别，同时还有相对应的生存曲线。
Public EWAS--基因的甲基化研究文献和结论
以上这些图片都可以高清、无损下载。
二、BROWSE
三、EWAS Tooklit
EWAS Toolkit是一款全面且易于使用的DNA甲基化探针集分析工具，可提供不同类型的富集分析。对于450K / 850K平台生成的任何给定探针列表，EWAS工具包都能够：确定丰富和枯竭的基因组位置，识别丰富的Go＆KEGG术语，识别EWAS Atlas中的相关特征，识别富集和耗尽的组蛋白修饰和染色质状态，提供组织特定信息，识别丰富的已知图案。
EWAS Tooklit 有两个功能模块，一个是富集和注释，需提交相应文件，富集分析非常耗时，大约需要15到20分钟。网站提供批量下载的结果，分别用于主题分析和其他分析。
另一个是网络可视化，如下：
网络可视化上包括：中心，中心可以是性状或基因；层数：目前仅支持一层或两层；每个节点的最大链接数：允许连接一个节点的链接数；相关系数公式：相关系数的计算方法；系数截止：与系数大于截止的关联将显示。
四、Downloads
Associations、Studies、Cohorts、Probe annotations、Trait to trait relationships都是可以下载的。
这个网站能够有效减弱或去除数据间的批次效应，并且能够帮助大家进行有效数据分析，EWAS Data Hub DNA甲基化分析只是国家基因组学数据中心提供的一个数据库，里面还有更多的功能，感兴趣的话可以自行探索，好啦，关于EWAS Data Hub就介绍这么多了。
References:
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