各位小伙伴，大家好，今天向大家介绍一款简单好用的功能富集分析/靶基因预测的软件-FunRich。FunRich (Functional Enrichment analysis tool) 是一个主要用于基因和蛋白质的功能富集和相互作用网络分析的独立的软件工具，分析结果可以Venn图、Bar图、Column图、Pie和Doughnut等图表形式呈现，简洁清晰。用户不仅可以搜索默认的后台数据库，还可以加载自定义数据库，从而进行功能富集分析。FunRich也可以进行miRNA的功能富集分析和靶基因预测，Vesiclepedia模块可以下载胞外囊泡（主要是外泌体）中的蛋白质，脂质，mRNA和miRNA，FunRich也可以进行gene ID 转换。而且这个数据库还能实时更新，是不是非常方便呢。在FunRich主页: http://funrich.org/download，点击Download下载FunRich软件在页面的上方，我们可以看到进行主要功能分析的菜单栏，在页面左侧可以看到导入新基因集的按钮，可以导入，或直接黏贴数据集（基因集），点击OK后，页面左侧显示输入的基因集，可以在上方对新的基因集进行命名，若不命名，自动显示为new set，new set2等，可以连续导入几个数据集。如图，我导入了两个数据集，数据集里面的基因名和数据库自带的背景数据集基因名可能会不符，如第一个数据集中261个基因中，符合的有258个，点击Manage会显示符合的基因列表，可以复制下来。通过VLOOK-UP函数与自己原基因列表比较找到不符合的基因，通过其他数据库，找到另外的基因名，再重新导入，也可以忽略。点击Remove可以删除掉这个数据集。1. 韦恩图 点击Venn Diagram中的Venn，选择要分析的基因列表点击OK后出现韦恩图，鼠标放在数字上，点右键，点击show genes，可显示对应的基因列表。可复制下来，用于其他分析。若在上图中点击use as a new dataset，会出现一个名为selected的新的基因集，点击OK。那么这个新的基因集就会出现在页面的左侧，作为新输入的基因集，可以进行下一步的分析。也可以在第一个韦恩图数字点击右键后选择Export to Excel file下载成 Excel 表，用其他工具进行分析。在Edit color里可以自己选择自己喜欢的颜色进行修改。这个图可以通过点击Save venn中的Save直接保存。2. 功能富集分析（Gene enrichment)模块：点击Analysis，选择要分析的数据集，可以进行GO分析，Pathway分析和结合的转录因子分析等，大家可以自己一一试一下，在这个页面还可以选择要显示富集的前多少个功能，如这里选择前8个，点击OK。会显示前8个富集的细胞组分，基因富集所占的百分比和p值，右侧是每个组分的列表。在Chart Type中选择显示的图的类型，如我们选择Column chart，可显示柱状图。点击Compare，可以比较上传的数据集的功能，如我们比较两个数据集的分子功能：点击Fold会进行两个数据库差异功能基因变化的倍数，可以选择输入的数据库比较，也可以与背景数据库比较。如我们这里在上面的复选框和下面的复选框分别选择我们输入的两个数据集进行生物学过程的比较，点击OK。横坐标是生物学过程，纵坐标是变化的倍数，同样右侧会有基因列表，这里不展示。所有分析结果的列表都可以通过Export result按钮以Excel表格的形式下载。3. 下面进入互作分析模块，在Interaction菜单中，点击Interaction工具按钮，选择进行互作分析的数据集点击OK后，会出现互作网络图，下面是对图的注释，右侧是通路名和包含的基因个数和具体有哪些基因的列表。图片和表格都可以下载。4. FunRich也可作热图，可以用已上传的数据集，可以基于已存在人类蛋白质组学数据，也可以用在Select file临时上传新的数据集我们选择基于已存在的蛋白质组学数据，点击OK，出现的热图如下，横坐标是基因名，纵坐标是在各个器官表达水平，红色高表达。蓝色低表达。这个热图也可以修改颜色，下载保存。5. 在Vesiclepedia模块，点击load data可以下载外泌体中包含的内容物，包括蛋白、脂质、miRNA和mRNA的情况，以Excel表的形式保存。以miRNA为例，点开下载的表格，可见的内容包括miRNA的名称，PubMed ID，样本来源，获取年限和对这个miRNA作用的简单描述，点击Pubmed ID可以连接到Pubmed发表的这篇文章，还可以超链接到Vesiclepedia数据库。如我们点击Vesiclepedia 82，在Vesiclepedia数据库我们不仅可以看到Vesiclepedia 82包含的miRNA，也可以找到其中的蛋白/mRNA。这部分的功能也很强大，可以对miRNA功能进行富集分析，也可以找miRNA的靶基因，也可以找输入基因集的靶miRNA。如第一步所示，先需要上传一个miRNA的列表，点击Find targets 可以出现miRNA的靶基因列表，左侧是每个miRNA所分别对应的靶基因，右侧是总的靶基因。点击Make datasets可以产生一个新的表格，如下图，各列可以通过点击列名进行排序，然后复制下来。点击Export to file表格可以下载为Excel格式。FunRich也可以通过基因找靶向的miRNA，点击Find miRNA，选择一个输入的基因集，点击OK。与miRNA靶基因列表类似，左侧是每个基因对应的miRNA，右侧是所有的miRNA，同样，这个表格转为可以排序的新表格，也可以下载。在ID conversion 中，点击Convert，选择要转换的基因列表，选择转换成的gene ID格式，点击Convert，开始转换。如我们选择Entrez ID，点击Convert后可出现下图，这个图的形式与前面miRNA靶基因的格式类型，左侧为每个基因名对应的Entrez ID，右侧为总的Entrez ID，好了，FunRich数据库就学到这里，大家是不是觉得这是个方便好用的数据库呢。最后提醒一下小伙伴，发表文章记得引用已发表的文献哦：1. Pathan, M., Keerthikumar, S., Chisanga, D.,et al. (2017) A novel community driven software for functional enrichment analysis of extracellular vesicles data. J Extracellular Vesicles. 1:1321455.
2. Pathan, M., Keerthikumar, S., Ang, C.S., et al. (2015) FunRich: a standalone tool for functional enrichment analysis. Proteomics.15, 2597-2601.
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