生信和科研 —— 我像在黑屋里找一只黑猫

前面我们生信技能树的4周年活动,唤起了不少老朋友的注意:

今天分享符合绝大部分粉丝的现状:

下面是《生信技能树四周年纪念日》粉丝投稿

我是目前刚步入研二,学习生信一年了。借着这篇心得,才回顾了一下,觉察这一年经历的几个心理变化阶段。

一、怎么开始慢慢接受要学生信这个事实

本科毕业就进组了,分配到了生信的方向。但我并不知道生物信息是什么,回去还搜索了还是一头雾水,大概知道要用到编程。刚开始师兄还问过我确定了以后要做生信了噢,还是你想偏基础实验方向?因为本科接触过一段时间基础实验想尝试不一样的领域,以及对生信的一无所知壮了胆,一口答应,就开始了我的生信学习。但也和他说了我计算机操作很差,连excel都用的很生疏。刚开始学习基础的R语言语法,很笨,想本科上课一样用笔记记,想着背下来,而且基础语法学习和生信分析关系不大,很容易就怀疑我学这要干什么,但还是不服气继续怀疑继续学,学完一部分,再自己在Rstudio敲。

同时,那时候在写综述也开始学着看生信的文章了,可以看到一些生存分析,相关性分析的图,突然心里有了一点点火苗,有了个概念这个R它是能做这些分析的。一开始不懂的富集分析图,模型构建的图,基因组的图请教了师兄也渐渐看懂这些图。对生信能做什么有个概念,可能真的会给迷茫中的小白一点曙光吧。

二、到被动的重复他人的代码

学了几个基础的R包和基础语法之后,就跟着生信技能树的B站视频和github代码学习。我是先学习GEO转录组的。看了视频满怀期待跃跃欲试,自己安装R包的时候,就开始被现实按在地上摩擦。情绪上真的很挫败,本来打算一下午试试理解代码,可是还没开跑就摔下来,还一时半会起不来身,结果一下午都在Google怎么安装包。发现安装的包来源不同,还不一样的方法,因为记忆力不好,自己总结汇总了一下。后来才发现,很多公众号都有总结分享。所以,平时如果多关注别人的经验或许临时遇上就少一些这样的乱了阵脚崩心态的时刻吧。不过,自己总结过,也给自己能找到前人的解决方案,多了一点信心(感谢前人)。解决了装包问题,还有大数据下载的烦恼,就开始了之后漫长的流程代码理解和运行过程,就是一次又一次在想要不要继续学,我怎么重复人家写好的代码还能搞错了,我哪错了,我这都改了怎么还错了的灵魂拷问中,继续谷歌知乎搜索着期待前人也在网络上和我一样提过这些小白问题。刚开始理解代码的时候,生信的包都是生面孔,就是一直在help()help help,到觉得helpless,感觉这个事情,它没有尽头,我一无所知。最欣慰的时候,就是当一个流程一个step理解差不多了,示例的图在右下角画出来,就很开心。下次就还敢进入下一个step,下一个流程。

这个时候,生信技能树的全部公开可以使用的成熟的流程化代码给了我很大帮助,包括NGS组学实战视频 :

三、到自己主动去按需求去搜索代码修改

后来开始跟着学习做生信项目,虽然我做的分析都是比较简单的。但开始有了需求,要硬着头皮去找符合自己需求的代码,也是网上找。然后根据网上的代码,对部分不满意的图片呈现,找到源R包的函数文档,修改。虽然,对别人可能不是很难的事情,自己画出和网上不完全一样的好看一点的图,虽然也花了好多个小时,还是不争气地狠狠开心了一下。小白学生信在自我怀疑中需要点自娱自乐精神。

四、尝试看一个R包文档学习

第一次是看maftools的英文原文档学习,还以为和之前搬运别人的代码,可能更费力。但是发现它的解释和示例代码都很齐全,原来重复代码练习挺顺利的。可是自己用自己数据练习的时候,输入的对象格式就开始犯错,又搜索了很多我并不懂的基因组基础知识。继续在强化我对科研一无所知的这个事实里,挣扎。但是,因为我学医之前是学语言专业的所以发现查看英文原文档能解决一些问题以及网上会有一些国外用户解答的交流,开始少了一点继续学习新包的畏惧。长路漫漫。

我自我的定位智力在95%置信区间内,学生信指望不上天赋,就只能靠在自我怀疑中:坚持,主动,再加一点点未知带来的探索欲和新鲜感。

最后,想分享之前在TED看过的一个比喻,科研,以及追逐真相的过程,就像一直在追寻一只黑猫。“It is very difficult to find a black cat in a dark room, especially when there is no a cat.” 如果黑屋是人的一生,我还是希望那只黑猫它存在,至少存在在臆想里。绝对的真相和绝对科学可能不存在,但不追逐些什么的人生未免太无聊。

初做科研初学生信的我也很像在黑屋里找黑猫一样迷茫,虽然现在我也不知道它具体能带我去哪里,可是我更不知道不找答案我要干嘛呢?感谢在充满困惑时遇到带我的师兄,还有生信技能树及相关知识整理及分享的先行者。

写到最后

如果你也想开启自己的生物信息学数据处理生涯,加入生信技能树小圈子,还等什么呢,赶快行动起来吧! 发邮件(jmzeng1314@163.com)给生信技能树创始人jimmy就有惊喜哦!当然了,不能是辣鸡或者骚扰邮件啦,带上自己的简历和想学习交流的诚心吧!

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