不知道为什么MAC安装R包时候总是出现gfortran错误

前面其实我提到过一次：明明解决了gfortran问题但是仍然安装WGCNA失败,也是同样的报错，这次又出现了，但是我又是以另外一种方式解决了！很神奇

最近使用The Chip Analysis Methylation Pipeline，我们前面教程：450K芯片上面的甲基化探针到底需要进行哪些过滤 已经详细介绍过champ啦，这里我就只讲解我遇到的问题！

不得不说，每次安装 ChAMP 都得脱一层皮，它的依赖包实在是太多了。其中一个ChAMPdata_2.18.0.tar.gz就是680M文件。一般来说，我们切换好镜像哦，然后下载就不是问题了。

但是因为依赖包太多，所以其中个把包失败是理所当然的，比如我就再一次遇到gfortran错误！

ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin15/6.1.0'
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/gfortran/lib'
ld: library not found for -lgfortran
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make: *** [fastICA.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package 'fastICA’
* removing '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/fastICA’

对我们有很多年R语言经验的来说，这样的报错很明显，介绍我的mac电脑的fortran问题。

不过新手可能会纠结于非零报错，没有经验就会陷入进去，以为重点是下面的报错信息；

Warning messages:
1: In install.packages(...) :
  installation of package 'fastICA’ had non-zero exit status
2: In install.packages(...) :
  installation of package 'isva’ had non-zero exit status

我其实很早以前就解决过，就是安装好gcc罢了。

brew reinstall gcc

也就是说，我的电脑里面其实是有gcc也就是说，并不缺gfortran，但是报错是缺：-L/usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin15/6.1.0

这个时候，我灵机一动，查看了我在mac使用brew安装的gfortran以及库文件的路径：

/usr/local/Cellar/gcc/9.2.0_3/lib/gcc/9/libgfortran.5.dylib
/usr/local/Cellar/gcc/9.2.0_3/lib/gcc/9/libgfortran.a
/usr/local/Cellar/gcc/9.2.0_3/lib/gcc/9/libgfortran.dylib
/usr/local/Cellar/gcc/9.2.0_3/lib/gcc/9/libgfortran.spec

所以我就无中生有创造了一个目录，就是为了配合那个报错，它说缺gfortran，意思是缺：-L/usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin15/6.1.0 那我就创建它，然后把库文件复制过去。

sudo mkdir -p /usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin15/6.1.0
sudo cp  /usr/local/Cellar/gcc/9.2.0_3/lib/gcc/9/*  /usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin15/6.1.0 

最后就成功啦

BiocManager::install("fastICA",ask = F,update = F)
BiocManager::install("isva",ask = F,update = F)

成功加载champ后如下所示：

 

是不是很戏剧化，我都说不清楚这个知识点属于什么，但如果是新手碰到，可能就会搜索好几天都无法解决。然后过半个月重新回过头来看，突然间就好了。

玄学哦！后来在生信技能树VIP交流群跟大家讨论这个问题，说可能是MAC特有的fortran，不能通过brew安装gcc来解决

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