ISME：圈养和野生环境对鹿鼠肠道微生物组多样性的影响
加拿大学者Elliott Schmidt于2019年1月22日在《The ISME Journal》上发表题目为《Effects of the captive and wild environment on diversity of the gut microbiome of deer mice (Peromyscus maniculatus)》的文章。该研究分析了圈养和野生的鹿鼠肠道菌群结构的差异。
研究摘要
几千年来，脊椎动物的胃肠道与微生物共存。这些微生物群落为其宿主提供了许多益处。然而，不同环境因素对肠道微生物群落结构的贡献程度还是不清楚的。本研究的目的是确定外部环境如何影响肠道微生物群落（GMCs）的发展。
收集分别来自圈养和野生的北美鹿鼠（Peromyscus maniculatus）的粪便样品，这些鹿鼠年龄均在3-5周龄。2周后再一次收集样品，其中一部分鹿鼠的生长环境进行改变（圈养和野生环境之间交换）。使用16S rRNA下一代Illumina HiSeq测序方法分析微生物数据。
结果表明具有相同环境的鹿鼠之间的GMCs更相似。无论出生在何处，周围环境对GMCs都有显著的影响，且可以随着时间快速变化。野生环境中的小鼠含有更多样化的GMCs，其具有更高的Ruminoccocaceae，Helicobacteraceae和Lachnospiraceae spp的相对丰度。
未来的研究应该探究与野生鹿鼠GMCs特征的微生物的存在/不存在相关的适应性后果，以更好地了解环境-微生物-宿主的进化和生态关系。
文中主要图片说明
图1 在Chao1多样性指数下，结果显示，在第一次采样阶段，四个实验组的α-多样性水平存在显著差异，出生于圈养的的鹿鼠的α-多样性水平低于野生鹿鼠。在环境交换后四个实验组之间仍然存在显著差异;然而，只有圈养-圈养和野生-野生组之间有显著差异（p = 0.01），野生-野生和野生-圈养的鹿鼠之间不存在显著性差异（p = 0.069）。在两个交换组（即圈养-野生和野生-圈养）中都观察到组内的显著变化（p <0.01）。
图2 比较了圈养和野生鹿鼠不同菌门的相对丰度的差异。
图3 圈养和野生鹿鼠中至少占总肠道微生物群落的1％以上的菌科的平均相对丰度的比较。
图4 LEfSe分析表明同圈养鹿鼠相比，野生鹿鼠的GMCs更为丰富。
图5 主要坐标（CAP）排序方法的约束分析用于显示圈养和野生鹿鼠肠道微生物群落（GMCs）之间的差异。
图6 不同微生物科的平均相对丰度。
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