肠菌又荣登Nat commun.啦！港中大黄秀娟团队揭示CDI中肠道真菌在FMT中的重要性
香港中文大学黄秀娟等人于2018年9月10日在《Nature Communications》上发表题目为《Gut fungal dysbiosis correlates with reduced efficacy of fecal microbiota transplantation in Clostridium difficile infection》的文章。该研究揭示了CDI患者肠道真菌失调，且肠道真菌组成结构于粪菌移植疗效有关。
研究摘要
粪菌移植（FMT）可有效治疗复发性艰难梭菌感染（CDI）。FMT后受体中的细菌定植情况已有人研究，但对肠道真菌群落还知之甚少。
本文显示了CDI中肠道真菌生态失调的证据，并且发现受体中的供体衍生的真菌的定植与FMT应答相关。结果表明：（1）CDI通常伴随着过多的白色念珠菌，并且真菌多样性，丰富度和均匀度都会降低。（2）FMT治疗结果与受体者中供体衍生的真菌菌群的定植增加有关。（3）成功FMT的受体者（“应答者”）在FMT后显示出高丰富度的酵母菌属和曲霉菌属，而“无应答者”和使用抗生素治疗的个体显示出高丰富度的念珠菌。（4）供体粪便中高丰度的人白色念珠菌也与FMT疗效降低相关。（5）人白色念珠菌降低CDI小鼠模型中的FMT疗效，而抗真菌治疗重新确立了其疗效。
总之，这些结果都证明了肠道真菌生态失调与FMT结果之间存在潜在的因果关系。
文中主要图片说明
图1 CDI中真菌的改变。a：对照组和CDI受试者粪便中的真菌总负荷。b：基于Shannon多样性，均匀度，Chao1丰富度比较对照组和CDI受试者的粪便真菌的多样性。c：基于Bray-Curtis差异的NMDS（非度量多维尺度）图，对照组和CDI组之间的真菌群落结构差异。d：对照组和CDI受试者之间粪便真菌门水平组成的比较。e：对照和CDI之间富集的真菌物种的差异。f：对照组和CDI受试者中粪便人白色念珠菌相对丰度的比较。
图2 在FMT后，与FMT应答相关的CDI受体的肠道真菌生物群丰富度和多样性的改变。FMT受者在纵向随访过程中粪便真菌丰富度（a）和多样性（b）的变化及相应的供体中真菌丰富度（a）和多样性（b）。在FMT应答者和FMT无应答者中分别显示了在最后一次随访时收集的FMT前样本和FMT后样本的真菌丰富度和多样性的比较。“F”表示FMT治疗的受试者。“W”表示治疗后数周。
图3 在FMT后，与FMT应答相关的CDI受体者肠道菌群组成的改变。a：在 FMT后，CDI受体的粪便真菌属水平组成在不同时间点的变化。b：在FMT后，FMT应答者和无应答者的粪便中富集的真菌属水平和种水平物种。
图4 人白色念珠菌的存在与CDI中的FMT结果有关。a：通过ITS测序评估FMT接受者在FMT前后粪便中白色念珠菌相对丰度的变化。b：通过定量PCR评估FMT应答者在FMT前后粪便中白色念珠菌绝对丰度的变化。对于那些FMT无应答者，最后一个随访时间点是FMT后CDI复发前的一段时间。
图5 人白色念珠菌在治疗艰难梭菌感染小鼠时会降低FMT疗效。a：在艰难梭菌感染（CDI）小鼠模型中白色念珠菌的使用和粪菌移植（FMT）的示意图。在灌胃人白色念珠菌（CA）和艰难梭菌之前停止抗生素治疗。数字表示实验时间轴上的日期。b：FMT后第1天小鼠腹泻的百分比。c：FMT后第1天代表H＆E染色的盲肠切片（星号表示水肿）。比例尺，100μm。d：FMT前第0天和FMT后第1天小鼠粪便中艰难梭菌的计数（每组n = 9只小鼠）。e：在FMT前第0天和FMT后第1天（每组n = 9只小鼠）中对小鼠粪便中人白色念珠菌的计数。
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