几乎所有的期刊都要求作者在上传修改稿时，同时上传一个针对每位审稿人审稿意见的一封答复函。按要求书写答复函，一方面可以帮助更好地修改论文，另一方面可以建立与审稿人之间的良好关系，让审稿人在接下来的审稿中减轻负担，并提高做出正面评价的可能性。
我们收到的审稿意见一般有三个部分。首先是一个概述，末尾有一个推荐意见，中间是具体意见。与此相对应，建议答复函分解成一般性答复（general reply）和具体答复（specific reply）两部分。
对应审稿意见中的概述和推荐意见，可在答复函中的第一段进行一般性答复。在一般性答复中，应对审稿人进行致谢，说明审稿意见有何帮助。指出是否按要求修改了论文。最后指出是否在上传的修改稿中对修改之处进行了标亮。如果修改稿有重大修改，例如添加了图形、补充了实验、拓展了研究范围、得到了新的结果等，则一般性答复应写给所有审稿人，以便所有人都知晓你有什么大的修改。尤其对于不同审稿人的意见有冲突的情况，可以在这里说明一下你是如何权衡的。接下来的具体答复是写给其中一位审稿人看的（期刊一般要求给每位审稿人单独写一份答复函）。我们收到的每一位具体的审稿人的具体审稿意见，会以以下形式之一给出：
- 排列成条目， 如point 1, point 2，...。
- 包含主要意见（major points）和次要意见（minor points）两部分，各自给出条目。
对于第1种和第2种情况，可以逐条答复。对于第3种情况，以及前两种中那些没有写成条目的段落，可以逐段答复，自己给各段的答复编号。对于每一条或者每一段，也可以视情况将其分解成若干条或若干段，但标注序号时，应能让审稿人能区分原属于第几条或第几段。对于原有或人为分解出来的每一条意见，建议按以下三段结构答复。这三段分别对应原有意见、你对意见的回应以及你是如何修改的。审稿人（Referee）：将第n条审稿意见拷在这里。字体可以使用意大利体。回应（Reply）：申明你是否认同审稿人的这条意见或评论。如果认同，简要指出你将如何做（例如，将对其进行修改、补充、改正等等）。如果不认同，说明你的理由。字体可以用黑体。修改（Change, How the paper is modified）：如果你认同审稿人的要求修改的意见，那么在这里指出你在论文中如何进行了修改，包括指出修改内容出现的位置，以及是否有其它相应的调整。如果添加、更正的内容较短，可以拷贝在这里。如果太长，则可摘录一些修改内容放在这里。字体可以使用正体，拷到这里的内容建议放在引号里。需要特别强调的是，无论你是否认同审稿人的某条意见，在回复该条意见的第二段（回应）中，尽量以感谢开始。即使觉得审稿人毫无道理，也应该首先指出自己没有说清楚，让审稿人误解了。这是因为，审稿人是义务为你审稿的，也是编辑请来帮助给期刊把关的，不是请来和你斗争的，也不是请来说好话的。另外，审稿人也不一定明白你写的所有内容，因此可能产生误解。不管出现何种情况，你的目的是发表，因此，善待审稿人肯定比激怒他们更有利于审稿朝健康方向发展。以下给出的参考文献不仅涉及如何书写答复函，也涉及如何书写审稿意见。比较两种问题的介绍，可以帮助我们更好地写出答复函。Ushma S. Neill，2009 How to write an effective referee report, The Journal of Clinical Investigation，Volume 119, Number 5，pp1058-1060, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2673849/Alan Meier, 1992 How to review a technical paper，Technical Note，March 27, 1992)， http://www.cs.colostate.edu/~cs656/alan-meier.pdfElisabeth Pain, How to review apaper,Science,Sep. 22, 2016John Greco，2019 How to write a referee report， In The Philosophers' Cocoon。Posted by Helen De Cruz on 07/12/2019 at12:40 PM in Guest post, How to write philosophy, Profession, Publishing https://philosopherscocoon.typepad.com/blog/2019/07/how-to-write-a-referee-report-john-greco.htmlW.S. Noble WS, 2017 Ten simple rules for writing a response to reviewers. PLoS Comput Biol 13(10) e1005730Proof Reading Service （PRS），How To Reply to Peer Review Comments when Submitting Journal Papers，Proof-Reading-Service.co
