超好用铁死亡数据库介绍！这个最新表型数据库，你一定能用上！ / 四六文摘

一文学会FerrDb铁死亡数据库使用

铁死亡(Ferroptosis)是一种铁依赖性的调节性细胞死亡方式，是区别于细胞凋亡、细胞坏死、细胞自噬的新型的细胞程序性死亡方式。铁死亡的过程很复杂，由多种代谢物和生物分子组成，也有一些特征基因发生变化。

铁死亡的主要机制是在二价铁或酯氧合酶的作用下，催化细胞膜上高表达的不饱和脂肪酸，发生脂质过氧化，从而诱导细胞死亡。此外，还表现在抗氧化体系（谷胱甘肽系统）的调控核心酶GPX4的降低。

FerrDb数据库(http://www.zhounan.org/ferrdb)是广州医科大学附属脑科医院和四川大学生命科学学院，生物资源与生态环境教育部重点实验室共同开发的，是人工收集管理的铁死亡相关的标志物和调控因子以及铁死亡关联疾病的数据库。截止到目前为止，该数据库从PubMed数据库下载了784篇关于铁死亡的文章，并从中提取铁死亡的调控因子和标志物以及相关疾病。数据库在更新中。

发文章记得引用开发者的文献：

Zhou N, Bao J. FerrDb: a manually curated resource for regulators and markers of ferroptosis and ferroptosis-disease associations. Database (Oxford). 2020;2020:baaa021. doi:10.1093/database/baaa021

下面介绍一下这个数据的用法：

一、首先打开网页

主页面主要展示的是数据库简介，主要菜单栏，主要功能的直接链接和搜索功能等，面显示如下：

在数据库简介里面介绍了数据里涉及的主要内容，包括铁死亡相关基因和分子的分类及铁死亡相关疾病：

（1） Driver是驱动铁死亡的基因；

（2） Suppressor是抑制铁死亡的基因；

（3） Marker是提示铁死亡发生的；

（4） Inducer是可能诱导铁死亡的小分子；

（5） Inhibitor 是可能抑制铁死亡的小分子；

（6） Disease 是与铁死亡相关的疾病和铁死亡在其中的作用。

在基因及功能分类链接模块里是上述在数据库简介里面提到的基因或小分子或疾病的链接，可以点开，进入相关的页面。

我们以Driver和Disease为例：

点击Driver，进入如下页面：

这里展示了铁死亡驱动基因及其基因名、证据、用什么实验验证的及在何种动物验证的等，这里只是展示了表格的一部分，大家可以自行在页面操作查询。

点击Disease，进入如下页面，显示与铁死亡相关的疾病，涉及的基因链接和文献链接：

主页面也具有搜索功能，在搜索框内可以输入自己感兴趣的与铁死亡相关的基因，如我们输入GPX4，点击search

出现如下结果：可以看出在Driver，Inducer, Inhibitor和Disease分类中无结果，在Suppressor和Marker分类中检索到了结果，说明GPX4是铁死亡的抑制基因和标志物。

表中展示的是这个基因在不同文献中的结果，表格后半部分里面有文献的PMID号，可以链接到pubmed中的这篇文献，如我们点击第一个PMID:

链接到的文献页面：

二、主菜单功能

在主页面直接链接的部分内容，也可以在这个模块找到，另外，可以进行数据下载和基因互作网络展示等。

在Brower下拉框中，前面的几项与主页面的链接内容是一样的，多了一项Multirole regulator，点击，

出现如下表格，展示了在铁死亡中具有多种调节作用的基因。

点击这个基因名，出现的结果与在主页面搜索框中输入这个基因search到的结果是一样的，也可以在这个表格中搜索自己感兴趣的基因。

我们点击Download，

出现如下结果：

在铁死亡相关文献中发现了259个基因，这些基因的注释揭示了108个驱动基因，69个抑制基因和111个基因标志物。这三种基因之和是288个基因，与259个不符，是因为有多个基因属于多个注释集，如venn图所示。表格中也展示了调控铁死亡的小分子数量，及其中被标记为诱导剂和抑制剂的数量，铁死亡关联的疾病种类的数量等。

在Annotation data中，这些数据可以以不同的文件形式下载。

在Utilities中下拉框中，可以看到有有两项功能：