图解|火山图怎么看

最近小编遇到越来越多咨询怎么看图的问题，索性就起一个“图解”专栏，抓出一些典型的科研图，讲讲这些图该怎么看，能传达什么意义。如果觉得有用，别忘点“在看”，让小编更有坚持下去的动力呀~

首先我们来看看今天的主角“火山图”长什么样：

嗯，基本元素就是这样，由多种颜色的圆点组成的图形。但在解图之前，我们需要先了解一下火山图的应用场景。一般在完成差异表达分析之后，会根据指定阈值筛选到一些差异表达基因，这时候就能通过火山图直观的展示出差异效果。这里的指定阈值包括adjusted p-value（或p-value）和Fold Change。

1. p-value：表示某个基因在比较分组之间的表达差异是否足够显著，一般认为p-value<0.05为显著。
2. adjusted p-value：即经过统计学方法校正后的p-value，由于统计学上常用的校正方法包括“BH”、“FDR”等，所以在一些文章中，我们也会看到筛选差异基因的阈值是FDR<0.05。
3. Fold Change：表示两个分组之间的差异倍数，其绝对值越大说明某基因在两组之间的表达差异也越大。该值为正时，表示差异上调；该值为负时，表示差异下调。画图时，一般转换为log2FoldChange，使展示更直观。

现在，我们一起来看图。图的横、纵坐标分别是我们上述介绍的阈值：log2FoldChange和经过log转换的adjusted p-value，分别衡量差异的倍数和显著性。图中每个圆点代表一个基因，但这些基因分别具有不同颜色，颜色的意义可以参考图片右侧的图例：

1. UP：差异显著且上调的基因；
2. DOWN：差异显著且下调的基因；
3. NOT：差异不显著的基因。

比如我将“adjusted p-value<0.05”且“log2FoldChange的绝对值大于1”的基因筛选为差异表达基因。那么在绘制火山图时，

1. “adjusted p-value < 0.05”且“log2FoldChange > 1”的基因将展示为红色圆点，即UP；
2. “adjusted p-value < 0.05”且“log2FoldChange < -1”的基因将展示为蓝色圆点，即DOWN；
3. 而“adjusted p-value > 0.05”的基因将展示为黑色圆点，即NOT。

横坐标绝对值越大，说明基因在两分组之间的差异越大；纵坐标值越大，说明基因在分组间的表达差异越显著，结果越可靠。  火山图在文章中就是对差异分析结果可视化的作用，让差异结果更生动。目前有多种绘制火山图的方式，如geom_point、EnhancedVolcano等，具体可以查看函数说明文档了解。