R ggplot和ggsignif箱线图添加显著性差异标识
22019.03.07 11:33:11
具有显著性标注的箱线图
有时候我们会看到如上图片，觉得挺好，但是如何实现呢？没有做的的时候，觉得挺难，但是真要做才发现没有那么困难？
其实做这样的图，目前R比较常用的包有两个，分别为：ggsignif和ggpubr，两者的用法大体差不多，有一些细微从差别，但是结果几乎一样。这里我用的是ggsignif，下面将介绍ggsignif的用法。
ggpubr示范结果
ggsignif安装：
两种安装方式：
install.packages("ggsignif")
devtools::install_github("const-ae/ggsignif")
统计方法与参数
统计方法
一般根据数据是否符合正态分布，选择合适的统计方法：
| 统计方法 | 适用情况 |
|---|---|
| t.test() | 比较两组(参数) |
| wilcox.test() | 比较两组(非参数) |
| aov()或anova() | 比较多组(参数) |
| kruskal.test() | 比较多组(非参数) |
参数
ggsignif包主要函数为：geom_signif()和stat_signif()，常用geom_signif()。
常用参数如下：
| 参数 | 说明示范 |
|---|---|
| comparisons | list，设置需要比较的组，比如list(c("a","b"),c("a","c")) |
| test | 上述统计方法，比如t.test() |
| test.args | test传入的参数 |
| map_signif_level | 布尔值，p值直接被当作注释或者以星号替代，比如c(""=0.001,""=0.01,""=0.05) |
| annotations | 带有可选注释的字符向量，如果没有则被忽略 |
| step_increase | 不同组差异标注的间隔 |
所有参数
geom_signif(mapping = NULL, data = NULL, stat = "signif",position = "identity", na.rm = FALSE, show.legend = NA,inherit.aes = TRUE, comparisons = NULL, test = "wilcox.test",test.args = NULL, annotations = NULL, map_signif_level = FALSE,y_position = NULL, xmin = NULL, xmax = NULL, margin_top = 0.05,step_increase = 0, tip_length = 0.03, size = 0.5, textsize = 3.88,family = "", vjust = 0, ...)
ggsignif使用示范：
1. 测试数据集test
test测试数据集
test数据集两列，一列是基因表达量，一列是分组。
test数据的group列
2. 差异分析分组
compaired <- list(c("a", "b"),c("a","c"),c("a","d"))
3. 画图
ggplot(test,aes(group,exp,fill=group))+geom_boxplot(width=0.5)+theme(plot.title=element_text(size = 25),axis.text.x=element_text(size=15,angle=0),axis.text.y=element_text(size=15),axis.title.x=element_text(size = 23),axis.title.y=element_text(size = 23))+labs(x='Gene', y= '')+geom_signif(comparisons = compaired,step_increase = 0.1,map_signif_level = F,test = t.test)
结果图
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