最新转录因子数据库:TFcancer,方便查询已验证的TF-target关系
TFcancer: a manually curated database of transcription factors associated with human cancer
网址:http://lcbb.swjtu.edu.cn/tfcancer/index.html
复制上面的网址,打开以后是这样的
这个数据库很好使用,所有功能一目了然,可以搜索,浏览,下载,上传。浏览的网速也很快。该数据库通过手工整理1800多篇文献,收录3136个实验支持的364个TFs在33个TCGA癌症之间的关联。不出意外的话,后期还会继续更新,V2,V3... 文章继续发起来。
下面我们以HIF1A为例,使用搜索功能试一下
可以看到28对HIF1A-target的调控关系,还有相应的文章出处,比自己查文献方便多了,只是不知道是否全面。
在33种肿瘤中,所有调控关系可以直接下载
下载下来自己画个网络图放到文章里也是非常不错的。
在SUBMIT模块,大家可以上传转录因子-靶基因调控关系,以及来源的文献,为科学的发展做出贡献。
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