外显子组测序的常见问题（含有对照选择）
外显子测序适用于什么种类的研究？
在人类基因中大约有180,000个外显子，外显子CDS区大小占人类基因组的1～2%，约30 Mb。人类基因组的蛋白编码区大约包含85%的致病突变。外显子组测序主要是针对编码区进行检测，所以外显子组测序主要适用于编码区潜在变异引起的疾病研究。测序性价比高，尤其适合高深度、大样本量的测序，可找出常见突变及低频突变。主要应用在孟德尔遗传病及肿瘤等复杂疾病的研究。
外显子测序可以检测哪些类型的变异？
外显子捕获是一个杂交捕获的过程，探针与不同外显子区段的杂交效率并不相同，进而不同外显子区段的覆盖深度差异较大，因此通常外显子测序不能用于CNV的检测。但我们采用国际主流软件和长期优化的分析方法可以针对单个样本进行SNP、InDel和CNV变异检测。
使用的捕获平台是什么，有哪些优势？
我们使用的是Agilent SureSelect Human All Exon V6捕获平台，该产品汲取多个权威数据库（如RefSeq，OMIM_cds）的核心内容，具有更大的捕获区间，更高的捕获效率，保证外显子编码区的高覆盖率及SNP检出率。
外显子测序为何强调“有效测序深度”，与“测序深度”的概念有何区别？
疾病基因组外显子测序深度怎么考虑？
2015年发表在Genomics & Informatics上的一篇文章显示外显子组测序深度会影响变异检出率。基于同样的方法，诺禾致源疾病基因组事业部选取3个不同疾病的样本进行检出率和一致性评估，发现：使用外显子组测序,相比于常用的50×有效测序深度，100×有效测序深度下，功能性SNPs ( coding SNPs 、missense SNPs）和罕见变异（Rare SNPs, MAF<0.5%）的检出数量以及目标区域中20×以上覆盖深度碱基所占的比例，均达到一个很平稳的状态，可以得到显著、可靠的变异检出（如图1-图4）。
癌症基因组学测序为什么通常选取同一个患者成对的癌组织和癌旁组织/血液样本？
癌症基因组学侧重于研究肿瘤细胞特有的、非遗传因素导致的体细胞突变，因此我们需要选取患者的正常组织进行测序，以过滤germline mutations。由于考虑到个体间germline突变差异很大，为避免筛选出很多假阳性体细胞突变位点，肿瘤和正常组织需来源于同一个体。
癌组织为什么要采用高深度测序？
相对于遗传病而言，肿瘤组织样品中突变位点的等位基因频率较低，一方面由于肿瘤细胞在肿瘤组织中的占比偏低，另一方面则由于癌症发展后期产生的突变仅存在于极少量的肿瘤细胞中，采用高深度测序可以尽可能全面的检测到与癌症发生发展相关的变异。通常推荐的外显子测序深度为，癌组织大于100x，癌旁组织/血液大于50x。
FFPE样本和ctDNA研究适合用外显子测序吗？
适合，FFPE样本和ctDNA由于样本自身的特性，存在DNA片段化、起始量不足等情况，高深度的外显子测序可以通过增加变异位点reads的支持数，提高变异检出的准确性。