bioinformatics*中国-第三季-Seminar开始了!!!
第一讲 - 主题 - 《TBtools-生信数据下游利用小外挂》
![](http://pic.ikafan.com/imgp/L3Byb3h5L2h0dHBzL2ltYWdlMTA5LjM2MGRvYy5jbi9Eb3dubG9hZEltZy8yMDIxLzA3LzI2MTUvMjI3MDA5MjMxXzFfMjAyMTA3MjYwMzIyMTQ1Nw==.jpg)
TBtools例图展示
......由于这个太多...所以不展示....
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bioinformtaics*中国 Seminar?是什么
bioinformatics*中国 QQ 群 的 seminar,亦即 在线的seminar。作为一个广告零容忍,伸手党零容忍的生物信息交流群,我们群为部分刚接触并有确实有心在生物信息上做进一步学习,尤其是用于科研的朋友提供了一个平台。Seminar 提供一个交流平台,主要用于群成员之间分享自身生物信息相关学习经验,成果。目前已举办过两季(实际为第三季,因为第一季我还没进群....)。鉴于群中群友的反馈,相信应是有继续开展价值。扫码加群(276151571)。
Seminar的时间,地点,人物,形式
每周日晚上20:00 (共20季,具体时间和主题在群中公布
QQ群视频(正常情况下,没有录屏!!!
群内所有群友均可以参加
主讲人分享,30min左右,随后与群内群友一起讨论
Seminar都是谁讲?讲什么?
不要问我这个问题,我们群是纯公益的,主讲人一般是
主讲人或者是自己愿意分享某一主题并通过群管会确认即可分享,
群管会邀请主讲(一般是大牛或者
主题的话,由主讲人和群管会决定,而并不会考虑听讲人是否想要了解某一个主题,所以我们的seminar与常见的课题组seminar存在类似,并不是你想听什么就让别人讲啥,有这个想法的请不要参与。
启动第三季seminar的直接原因
2016年结束了第二季seminar,2017年空挡了一年(群管会都太忙...),转眼2018年过去了半个月。趁着我们传统意义上的新年尚未到来,在群管会各种怼的情况下,我们决定启动“bioinformtaics*中国” QQ群的第三季seminar。
第一讲Seminar的主要内容:
作为一个干了四五年湿实验的生物狗,面对各种高通量数据分析结果,我是崩溃的,而我的课题组伙伴们,更是崩溃的。如何更好的fix这个Bug。在尝试了各种脚本分发之后,我还是决定写一个界面化工具,那么就是现在的TBtools。TBtools,Toolbox for Biologistist。只是写出来方便自己和课题组,所以主要功能包括
序列操作工具集,Sequence Toolkits
Fasta序列(含区段)提取,Amazing Fasta Extractor、Fasta Extractor和Fasta Subseq
Fasta序列合并和分割,Fasta Merge and Split
序列格式化(序列反向、互补和按指定行宽分行),Sequence Manipulator
NCBI序列批量下载,NCBI Seq DownLoader
cDNA序列完成开放阅读框预测,Get Complete ORF
序列库中引物特异性检测,Check Primers
gff3/gtf序列提取,Gtf/Gff3 Sequences Extractor
Blast界面化工具集,Blast
调用NCBI API进行远程Blast,Remote Blast
少量序列Blast比对到大序列库文件,Auto Blast SeveralSequences To a Big File
少量序列比对到少量序列,Auto Blast TwoSequence Sets
大序列库文件比对到大序列库文件,Auto Blast TwoSequence Sets -Big File-
序列比对到Fastq文件,Blast Several Seq ToFastQ
互惠Blast(用于不同序列库ID映射),Reciprocal Blast
序列比对结果区段映射图绘制,Blast XML AlignmentShower
序列比对结果点阵图绘制,Blast XMLDotplot
序列比对结果堆叠图绘制,Blast XMLPileup Grapher
BlastXML结果转换为TBtools比对结果表格,TranFormat Blast .xml to TBtools.table
BlastXML结果转换为Blast表格结果,TranFormat Blast .xml to Blast Table
基于测序数据的电子克隆,e-GenomeWalkingor e-Race
GeneOntology和KEGG工具集,GO and KEGG
GO注释,GO Anotation
GO富集,GO Enrichment
GO层级统计和绘制,GO Level Counter
GO层级比较,GO Level Compare
GO注释解析,GO Term Parser
GO注释转换为BiNGO输入结果,Prepare GO Annotaiton For BinGO in cytoscape
KEGG通路富集工具,KEGG Enrichment Analysis
KEGG**通路差异表达基因描图工具**,KEGG Pathway Map Drawer
其他工具集,Others
取色器,Color Picker
表格提取(行筛选),Table IDManipulator
表格列操作(列排序和保留),Table ColumnManipulator
大文本极速查看(支持.gz压缩格式),Big Text Viewer
大表格极速查看(支持.gz压缩格式),Big Table Viewer
基于标识符号提取文本区段,Text Block Extractor
表达量快速查看/比较,Expression Shower
读段计数做RPKM/FPKM/TPM标准化,Expression Calculator (RPKM/FPKM/TPM)
2~6组可交互韦恩图绘制,Wonderful Venn (Up to Six Sets)
基于序列在染色体上展示基因位置,Map Genes OnGenome From Sequence Files
基于坐标在染色体上展示基因位置,Map Genes OnGenome From Position Info Files
基因组共线性分析结果可视化,Dual SystenyPlotter for MCscanX
About工具,About
默认界面(可直接拖拽.png/.jpg图片,输出Kmeans聚类色卡),About TBtools
debug对话框,Debug Dialog
调整TBtools初始化内存,Resize JVMmemory
以及其他功能...。
自从在网络上释放TBtools之后,似乎还是有部分朋友,尤其是与我一样的湿实验工作者,比较喜欢这个工具。借此机会,在bioinformatics*中国的seminar上简单介绍下TBtools。感兴趣的朋友可以加群(然而虽然我们群是每满2000人,清理500人,但是现在又再再再次上升到1800+人,所以感兴趣的朋友。自行把握。
主讲人 - 群管 - CJ
![](http://n4.ikafan.com/assetsj/blank.gif)