bioinformatics*中国-第三季-Seminar开始了！！！

第一讲 - 主题 - 《TBtools-生信数据下游利用小外挂》

TBtools例图展示

......由于这个太多...所以不展示....

bioinformtaics*中国 Seminar？是什么

bioinformatics*中国 QQ 群 的 seminar，亦即 在线的seminar。作为一个广告零容忍，伸手党零容忍的生物信息交流群，我们群为部分刚接触并有确实有心在生物信息上做进一步学习，尤其是用于科研的朋友提供了一个平台。Seminar 提供一个交流平台，主要用于群成员之间分享自身生物信息相关学习经验，成果。目前已举办过两季（实际为第三季，因为第一季我还没进群....）。鉴于群中群友的反馈，相信应是有继续开展价值。扫码加群（276151571）。

Seminar的时间，地点，人物，形式

  • 每周日晚上20:00 （共20季，具体时间和主题在群中公布

  • QQ群视频（正常情况下，没有录屏！！！

  • 群内所有群友均可以参加

  • 主讲人分享，30min左右，随后与群内群友一起讨论

Seminar都是谁讲？讲什么？

不要问我这个问题，我们群是纯公益的，主讲人一般是

  • 主讲人或者是自己愿意分享某一主题并通过群管会确认即可分享，

  • 群管会邀请主讲（一般是大牛或者

主题的话，由主讲人和群管会决定，而并不会考虑听讲人是否想要了解某一个主题，所以我们的seminar与常见的课题组seminar存在类似，并不是你想听什么就让别人讲啥，有这个想法的请不要参与。

启动第三季seminar的直接原因

2016年结束了第二季seminar，2017年空挡了一年（群管会都太忙...），转眼2018年过去了半个月。趁着我们传统意义上的新年尚未到来，在群管会各种怼的情况下，我们决定启动“bioinformtaics*中国” QQ群的第三季seminar。

第一讲Seminar的主要内容：

作为一个干了四五年湿实验的生物狗，面对各种高通量数据分析结果，我是崩溃的，而我的课题组伙伴们，更是崩溃的。如何更好的fix这个Bug。在尝试了各种脚本分发之后，我还是决定写一个界面化工具，那么就是现在的TBtools。TBtools，Toolbox for Biologistist。只是写出来方便自己和课题组，所以主要功能包括

序列操作工具集，Sequence Toolkits

  • Fasta序列（含区段）提取，Amazing Fasta Extractor、Fasta Extractor和Fasta Subseq

  • Fasta序列合并和分割，Fasta Merge and Split

  • 序列格式化（序列反向、互补和按指定行宽分行），Sequence Manipulator

  • NCBI序列批量下载，NCBI Seq DownLoader

  • cDNA序列完成开放阅读框预测，Get Complete ORF

  • 序列库中引物特异性检测，Check Primers

  • gff3/gtf序列提取，Gtf/Gff3 Sequences Extractor

Blast界面化工具集，Blast

  • 调用NCBI API进行远程Blast，Remote Blast

  • 少量序列Blast比对到大序列库文件，Auto Blast SeveralSequences To a Big File

  • 少量序列比对到少量序列，Auto Blast TwoSequence Sets

  • 大序列库文件比对到大序列库文件，Auto Blast TwoSequence Sets -Big File-

  • 序列比对到Fastq文件，Blast Several Seq ToFastQ

  • 互惠Blast（用于不同序列库ID映射），Reciprocal Blast

  • 序列比对结果区段映射图绘制，Blast XML AlignmentShower

  • 序列比对结果点阵图绘制，Blast XMLDotplot

  • 序列比对结果堆叠图绘制，Blast XMLPileup Grapher

  • BlastXML结果转换为TBtools比对结果表格，TranFormat Blast .xml to TBtools.table

  • BlastXML结果转换为Blast表格结果，TranFormat Blast .xml to Blast Table

  • 基于测序数据的电子克隆，e-GenomeWalkingor e-Race

GeneOntology和KEGG工具集，GO and KEGG

  • GO注释，GO Anotation

  • GO富集，GO Enrichment

  • GO层级统计和绘制，GO Level Counter

  • GO层级比较，GO Level Compare

  • GO注释解析，GO Term Parser

  • GO注释转换为BiNGO输入结果，Prepare GO Annotaiton For BinGO in cytoscape

  • KEGG通路富集工具，KEGG Enrichment Analysis

  • KEGG**通路差异表达基因描图工具**，KEGG Pathway Map Drawer

其他工具集，Others

  • 取色器，Color Picker

  • 表格提取（行筛选），Table IDManipulator

  • 表格列操作（列排序和保留），Table ColumnManipulator

  • 大文本极速查看（支持.gz压缩格式），Big Text Viewer

  • 大表格极速查看（支持.gz压缩格式），Big Table Viewer

  • 基于标识符号提取文本区段，Text Block Extractor

  • 表达量快速查看/比较，Expression Shower

  • 读段计数做RPKM/FPKM/TPM标准化，Expression Calculator (RPKM/FPKM/TPM)

  • 2~6组可交互韦恩图绘制，Wonderful Venn (Up to Six Sets)

  • 基于序列在染色体上展示基因位置，Map Genes OnGenome From Sequence Files

  • 基于坐标在染色体上展示基因位置，Map Genes OnGenome From Position Info Files

  • 基因组共线性分析结果可视化，Dual SystenyPlotter for MCscanX

About工具，About

  • 默认界面（可直接拖拽.png/.jpg图片，输出Kmeans聚类色卡），About TBtools

  • debug对话框，Debug Dialog

  • 调整TBtools初始化内存，Resize JVMmemory

以及其他功能...。

自从在网络上释放TBtools之后，似乎还是有部分朋友，尤其是与我一样的湿实验工作者，比较喜欢这个工具。借此机会，在bioinformatics*中国的seminar上简单介绍下TBtools。感兴趣的朋友可以加群（然而虽然我们群是每满2000人，清理500人，但是现在又再再再次上升到1800+人，所以感兴趣的朋友。自行把握。

主讲人 - 群管 - CJ

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