教程 | 简单粗暴的叶绿体基因组 SNP Calling 流程 / 四六文摘

需求客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt image.png test.vcf image.png 代码实现 ...

很简单的一个shell脚本,从UCSC里面单独下载X,Y染色体的fasta序列,写脚本从Y染色体序列里面模拟双端测序的fastqa文件,然后用bwa软件比对到X染色体,作为参考基因组. 全部代码如下: ...

在上一次直播中,我们说到了一个不符合我们的认知的问题.就是我的全基因组测序数据里找到的SNV的纯合杂合比例失衡,这着实让我非常纠结.在朋友圈大量求助中,肿瘤所的朋友非常热心的帮我检查了她手头的几百个外 ...

在千人基因组计划的ftp服务器下载所有个体的突变信息文件如下: ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502 其中MT(线粒体), ...

在这里,我们可以考虑比较对3种不同的bam文件来分别call variation的差异,探索对bam文件的不同过滤模式对snp calling的影响,分别是,原始比对的bam文件,去除低质量和多比对还 ...

参考:https://www.biostars.org/p/224702/ 非常多已经造好的轮子可以完成,包括bcftools,vcftools,还有大名鼎鼎的GATK,随便举例如下: module ...

比对分析 bwa bwa mem -t 6 -k 32 -M -R "@RG\tID:saample\tLB:sample\tSM:sample" fa fq_R1.fq.gz ...

受热心读者的委托,特意为他讲解一下SNV突变(6种)频谱的制作,同时欢迎大家留言其它需求! 突变频谱呢,就是对含有SNV的VCF格式的文件进行一个统计. 全基因组SNP突变可以分成6类(C>A, ...

图文来源:庞会说玉第一步: 选取一块有一定厚度的玉石原料,如果料型不合适,把上面整形.把蝎子的大致样子画在玉石上面,注意蝎子的身子长宽比例是2比1,先画身子,再画腿,夹子,尾巴. 第二步: 用大的工 ...

不管找实习还是找工作,"PS会不会"是填简历或面试时绕不开的问题.在Office人人敢称熟练的今天,会PS才能显得有那么一丢丢与众不同...... 其实"会"里 ...

关键词:零基础:叶绿体基因组:神器:国人佳作:一键成环. 软件官网:https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle GetOrganelle 这款软件是建军和郁文彬老 ...

如果你想在互联网上混的好,那么你要把你自己隐藏九分,显露一分就行了,而这显露的一分,也是你装b的资本,吹牛b的显露.比如我们的声音不好听,我就不讲课了,我们写的文章写的垃圾,我们就以视频为主.人总要找 ...

第一,wps筛选重复身份证号码选中所有的身份证号码单元格区域,执行"数据--重复项--设置高亮重复项". 划重点:一定要勾选"精确匹配15位以上的长数字(例如:身份证. ...

教程 | 简单粗暴的叶绿体基因组 SNP Calling 流程