研究肿瘤lncRNA不能不知道的数据库

Lnc2Cancer v2.0：更新的人类癌症中实验支持的长非编码RNA的数据库。

我们知道，LncRNAs在介导各种细胞成分（包括蛋白质，RNA和脂质）之间的串扰中起着关键的作用，并且这些成分参与癌症的发生和发展。因此科学家们越来越重视LncRNA与疾病之间的关联，还专门开发了一个数据库Lnc2Cancer 来存储LncRNA与疾病之间的关联，它允许我们搜索与各种人类癌症相关的所有已知实验支持的lncRNA。随着高通量技术的发展，癌症-lncRNA关联的数量也在迅速增加，因此，迫切需要用更多的资源和改进的工具来更新Lnc2Cancer。那么今天小编就为大家介绍下这个更新的人类癌症中实验支持的LncRNA的数据库---------Lnc2Cancer v2.0

网址：http://www.bio-bigdata.net/lnc2cancer/

我们先来看一下数据库的内容和用户的界面：

首先作者在PUBMED中超过6500篇文献中手动收集了LncRNA与癌症之间的关联，完善了lncRNA-癌症关联并进行了注释。在用户界面中，可浏览，可搜索，可下载，并可以对癌症与LncRNA之间的关联进行评分以及能够浏览癌症中LncRNA谱的高通量实验。

在使用上，首先来看一下浏览功能

我们可以通过“LncRNA-Centric”和“Cancer-Centric”浏览所有实验支持的关联，我们以数据库自带的“MALAT1”和“breast cancer”为例进行浏览：

 LncRNA-Centric：

结果包括基本信息，例如，癌症名称，应用的方法，表达模式等。点击details得到LncRNA和癌症的详细信息：

还可以连接到其他的数据库，比如GenBank，HGNC，Omim等。

Cancer-Centric：这里面我们可以输入想要浏览的癌症类型，也可以通过点击图示中的癌症名称或者图标进行浏览：

结果显示与乳腺癌相关的lncRNAs以及基本信息。

搜索页面提供“一般搜索”和“高级搜索”。我们先来看一下一般搜索，可以使用Gene symbol，Entrez Gene ID以及Ensembl ID来搜索LncRNA，使用Cancer name或者ICD-0-3 code来搜索癌症。

在高级搜索中，我们可以通过选择表达模式，样本，常用方法，生物标记类型和调节机制的描述来获得更详细和系统的搜索：

在“高通量实验”页面，我们可以浏览癌症中lncRNA谱的高通量实验，并通过外部链接检查可用数据：

在“LncRNA-癌症评分”页面中，它可以根据参考数量和样本评估lncRNA-癌症关联的水平。对于每个lncRNA-癌症关联，作者计算确认病例的总数以及是否在组织，血液或细胞系中验证了实验。然后，作者通过以上两个指数计算LncRNA-Cancer_Score。

统计页面提供了有关lncRNA-癌症关联的更多信息，如下：

最后就是下载了

比如我们下载所有lncRNA和疾病之间的关联，下载之后的结果：

我们也可以在“提交”页面交新的实验支持的lncRNA-癌症关联：

好啦，这个数据库就介绍到这里啦，是不是很权威呢，希望对大家有帮助哦！

参考资料：

1. Lnc2Cancer v2.0: updated database of experimentally supported long non-coding RNAs in human cancers.

2. Lnc2Cancer: a manually curated database of experimentally supported lncRNAs associated with various human cancers.