生信故事会之莽莽撞撞过一年
大家最近可能看我的生信五周年巡讲会有审美疲劳了！
现在我们换个口味，分享一个朋友的故事，希望大家能有所收获！
生信故事会之菜鸟跑半年（昨日精彩故事）
还好，天气不是那么的热。
昨天倒腾了一天的R绘图，真的是累得不行了。
昨晚十一点多走出工程中心，路上空荡荡的，几乎看不到人。短短两三分钟的路程，考虑了些许事情。并不是一瞬间的想法，应该是慢慢的一点一滴在心头积聚的吧。
英语学习
放在三年前的话，我不敢相信我能够考过CET-6。当然，纯属运气好吧，天时地利人和。可是，越来越发现自己的英语很差。前几天的POSTER大赛，获奖的那些同学都是用英语做的报告，当然，他们也有更大的希望去美国交流学习一周。再看看自己，中文报告都不是那么顺利，获奖是不可能的了。不得不承认，英语是必须要学好的。
实验室来了个法国的博士，跟他呆一起的时间比较长，没办法，必须学着用英语进行交流。两三周，我能感觉到我的听说能力比以前好了一丢丢。学英语需要环境。实验室一个老师邀请我们几个去她家共享晚宴，第一次尝试包饺子。法国小哥也是第一次包饺子，哈哈，大家都差不多。饭后我们玩起了小游戏。全程英语，哪怕是在尬聊也得用英语。讲真，用蹩脚的英语，我们也能理解彼此想表达的东西。他们几个联合起来，居然差点就猜到一些我的秘密。哈哈，no more guess！那一瞬间我感受到了快乐和喜悦，那种发自内心的喜悦和开心。
渐渐的生活中越来越离不开英语了，就科学研究来说，前沿的科技都是以英语的形式先报道的。可以毫不留情的说好的研究结果都是以英语报道的。中文文献中的一部分是为了让学生毕业而发表的。文章是硬通货，好的SCI文章便是硬通货中的上等货。比如说前面提到的POSTER大赛，其实就是一种英语比赛，没有用英语的，几乎不可能得奖的。是的，很正常。每个领域都有自己的规则，遵守规则很重要的。如果要说成年之后有什么体会的话，那就是要学会遵守规则吧。不管是明面上的规则还是所谓的潜规则。扯远了，回到话题上来。近半个月的体验，感受较深的是我们不敢开口说英语。在口语交流的时候，语法的正确性是我们最先考虑的。但是，我要说但是了。即使我们的语法是错的，别人在一定程度上也是能够理解的。比如该用“her”的地方用成了“she”，别人照样能够get到你的点。但是我还是应该学习和注意语法，毕竟语法也是规则。
记得第一次和外国人交流好像是大学一年级的时候，在公交车上遇到几个巴基斯坦的小哥。简单的问了几句，后面就说不下去了。因为不知道怎么表达啊，哈哈。另外一次比较深刻的就是在南屏街新华书店，遇到一个小姐姐在看书，我问她“Can I help you?" "谢谢，不用，我是来昆明当外教的，我的中文很好的。” 另外的话，就是这半个月吧，和法国小哥一起做试验，期间聊些剧啊电影之类的。有些我还是不能听懂，但是我还是争取更多的交流和理解。
英语学习需要环境，个人的成长也需要环境的。环境对人的影响极大，就像环境对植物的影响那样。
【关于未来】
回想初中，那时候我们一帮人都有着自己的英雄梦想。回到显示，大家都在为生存苦苦挣扎着。一两个朋友早已膝下有子，一个继承家业，跟随父辈干传统行，周围的人遇到红白喜事都会请他们，相对来说，他的生活好些。另外一个朋友膝下三子，浑身都是生活的压力。较好的应该是最近考上公务员的这个朋友，相对来说，公务员是比较稳定和体面的工作。在我老家，加官进爵的人被看成是“成器” 的。其他几个朋友的话，或者挣扎在公务员的路上，或者还在求学，或者在务工。总之，都在努力着吧。
回到我自己，现在是研究生一年级末，马上就研二了。我是真的不知道以后要干什么，接着读博？那博士读完呢？我不知道。姐姐在武汉大学读博，一直都要求我读博，父母也是给我说只要能读得走，无所谓，尽管读。身边的老师和同学都给我说我一定是会读博的。可是，谁知道呢。有个老师给我说，你不要想着读博啥的，你是要养家糊口的，你要考虑好。讲真，我也想当个公务员啥的，不知道为什么，我越来越想稳定的平淡的过一生。有时候会觉得，当条咸鱼没什么不好的。没有什么压力的过一生不是很好么？可是，我内心深处貌似不是这样想的。
那晚上的晚宴，法国小哥说他已经去过十几个国家了，而我呢？就去过西藏、四川成都、江苏南京。他还说他要攒钱，和他女朋友周游世界。我真的是很羡慕的，羡慕他有个很好的女朋友，更羡慕他能够周游世界。我想周游世界还是在喜欢骑行的时候。如果问我本科最高兴的事情，那一定是骑行去了拉萨。我永远记得在路上的自己，不管是坚强，还是脆弱，寒冷或是炎热，狂风或是暴雨，泡面或是大餐，都已经刻进了我的骨子里了，成为了我生命中的一部分。尽管我现在不能周游世界，我还是始终怀着一颗好奇的心对待这个世界。
尽管不确定未来会干什么，我还是会做好眼下的事情，不断的修正和完善我自己。
【关于研究生生活】
我一天大概有15个小时是在实验室度过的。哪怕是周末，差不多也是在实验室。越来越觉得自己的基础知识很浅薄，有时候看个文献还得查很多资料才能理解某个陌生的概念。有时候某个想法，一说出来，漏洞百出，究其原因就是书读得太少了。就想我现在写的这篇随笔一样，全是口水话啊。这个学期来，我几乎没有看过任何的人文社科类书籍，大都扑在文献和网络软文上了。并不是时间不够用，而是自己没有安排好自己的时间罢了。
我想，研究生三（两）年，并不是单纯的为了那一纸文凭，当然，那一纸文凭是最基本的吧。在此之外，我觉得，还是更应该学会独立思考和解决问题。比如说一个单独的小试验，怎么安排合理的安排试验时间和步骤呢？能不能多步骤同时进行呢？都是一种思考的机会吧。所有的一切都是为了解决问题吧，哪怕是下载个文献，处理个数据都是解决问题。理论和实际，真真切切是有差异的。
我觉得着几个能力是研究生阶段必须的。一是表达能力，无论怎么样的结果，都需要表达，表达可以说是很大的学问了。古人早就说“世事洞明皆学问，人情练达即文章”。心里有好的想法，手里有好的结果，如果不会表达的话，那别人是不可能了解的。伴随着表达能力，随之而来的就是写材料的能力。写材料，简单来说就是研究生期间的各种表格，各种申报材料。从写材料又衍生出word处理文档的能力，在word中又得遵循各种材料写法的规则，字体啊、行间距、大小写啊。写个材料就能看出多种细节和能力。至少，帮本科生看毕业论文的生活，那些排版我是很崩溃的。当然啦，我也是本科过来的，我也就体会到了当时我导师给我看论文和PPT的那种心情了。如果需要再加个我认为很重要的能力，那一定是做PPT的能力，做好看的PPT的能力。用word写了材料，有时候还需要展示啊，这时候PPT就该上场了。至少，研究生期间需要用到三次PPT：开题、中期、毕业答辩。再加上期间断断续续的Seminar，PPT可以算得上是王者吧。再往下细分的话，PPT里面还有很多的细节需要注意的。
研究生，就是导师告诉你那里有兔子，然后给你一些可能用得上的弓箭啥的，让你去把那只兔子打回来，最好是能捉到一只先前没有被人发现过的兔子。这一路上，得披荆斩棘，翻山越岭，可能要风餐露宿，可能几个月也翻不过去一座山。有的人，先前就精通弓箭等武器的使用，可能还改进了一下现有的武器，同时还先做了很多调查，知道怎么样能够绕开那些布满荆棘的山路，直达兔子的老巢，巧妙的运用机关啥的，成功捕获一只全新的兔子。顺带还发现山里面还有新的东西，都一一记在心里，有可能会返回来搞个大动作。哈哈，纯属娱乐。
研究生期间到底该干什么呢？某天在朋友圈看到一篇文章，说研究生应该干什么干什么。说实话，那完了，我啥也没记住。我个人觉得，循着一条主线，在完成主线任务的情况下，能够再发展完成一些其他的任务，那就很完美了。怎么说呢，围绕着毕业这个事，全面的发展自己的各项能力，就很OK啦。
我自己的话，围绕毕业试验，听说读写都协同发展，再保持一下运动锻炼锻炼身体就很好了。我知道自己缺乏啥，也知道自己该怎么做。修正和精进。
【关于生信】
之所以把这个单独拎出来说，原因很复杂。直接到原因就是我的课题会用到吧。
生物信息学，Bioinformatics。用处有多大呢，至少现在不做点生物信息的东西，别人都觉得你的文章不够档次。16s、ITS、宏基因组、全基因组、转录组、代谢组、多组学……一代、二代、三代……讲真，我也不是很了解。我能做的就是在需要或者不明白的时候，能够快速准确的找到资料去弄明白。
差不多，所有的生信启蒙都来自生信技能树以及他们对应的微信公众号。从Linux到R，尤其是R语言。只能说，技能树真的是业界良心。现在我的电脑和键盘上都是技能树的标志，哈哈，因为我是个菜鸟啊。生信菜鸟。
那是本科刚毕业，7月份，导师叫我学习一下生信，并安排我去了某公司进行学习。记得很清楚，用公司的服务器跑命令，是真的很爽。初到公司，师兄叫我先跑一遍转录组，不建议一上来就跑GWAS。是的，转录组是入门生信的好开始。我需要知道什么是Linux目录结构、测序原理是啥、数据质控怎么做、数据比对怎么做，以及很重要的下游分析采取什么策略实现。初到公司，我连他们的服务器都无法登录上去，就是因为没有连接到他们的WiFi再对服务器进行连接。就像我想把自己电脑上的虚拟机当成服务器的时候，怎么也Ping不上，翻看了很多的博客，都没有找到可行的解决办法。其实就是一个简单的设置就行。那种柳暗花明又一村的感觉，真的是很爽啊。
我从生信技能树创始人Jimmy老师那里学到了很重要的东西，是一种思想，也是一种方法论。他说他不会去记忆那些绘图的R代码，因为那些代码都是现成的，只需要能够找到它并把它改成自己需要的代码就行。我现在就是这样的，没有刻意的记忆那些代码，需要用到之前没有用过的代码，那就Google一下，复制粘贴调整，Run，OK。重复造轮子是没有意义的。记住那些基本的代码，特殊情况学会查找复制粘贴调整就行。现在有个习惯就是，看到好文章里面的那些图，就想怎么用R去实现它。每次绘图完成，保存代码，下次需要的时候直接导入数据就OK。说到数据，真的是感触颇深啊。良好的数据存储和前处理，真的是太有必要了。打开那些乱麻麻的Excel表，真的是醉了。良好的数据前处理和存储首先是受到我本科导师的影响，其次是在学习生信的过程中慢慢改进的，尤其是在学习Jimmy老师的公开课GEO数据库挖掘中，能够感受到合格的数据存储和前处理是狠重要的。
生物信息学是多学科交叉吧，我也在学习生信的过程中慢慢发现自己的分子生物学基础知识很薄弱，哪怕是现在也是很薄弱的。对我来说最好的解决办法就是边学习边改进和补充。现在的单细胞测序如火如荼，我个人还在学习二代测序的相关知识。学习技能树的过程中的体会就是，生信的比对分析等在Linux下完成的东西只是生物信息学的开始，真真正正的重头戏是在下游的分析。而下游的分析，是绕不开R语言的，至少对我来说是绕不开R语言的。R语言在统计分析和绘图上的强大，已经无需赘述了。
我后面应该会做RNA-seq和GWAS，GWAS还在学习中。现在就等实验室的服务器到位，毕竟笔记本跑生信真的是不行的，哪怕是12G内存都显得很鸡肋。
如果你想学生物信息学，那从生信技能树Jimmy老师的直播我的基因组分析开始吧。从测序原理到数据质控到数据比对到下游的分析，都能够作为入门的绝佳博客。Jimmy老师是自学成才的，他们也在致力于让更多的人学会生信。
【以后的小规划】
保持现有的状态，在现有的状态上，不断的审视和修正，然后不断的精进。落到实处的话，就是提高自己的执行能力，拒绝拖延症，保证时间效率的最大化，同时使得利益最大化。
另外，真的要多读书了！
后记
哈哈，我们的生信故事会其实很早以前就开始了：