ATCC终于出来了organoids资源

做过生物学实验的朋友都应该理解，美国典型培养物保藏中心（American Type Culture Collection，ATCC）的出镜率，算是最权威的细胞系资源库了，大家做肿瘤学相关实验通常会在文章里面写到在ATCC购买了什么细胞系。

比如下面的描述：

很早以前，我还是一个本科生的时候，觉得高大上的东西，现在回过头来看，如此的平淡无奇，时间就是这么有趣。

细胞系已经过时，类器官才是未来

众所周知，细胞系根本就不能很好的模拟原位肿瘤的生理特性，而且各式各样的细胞系在培养过程中早就不知道为了适应培养条件演变成为了什么东东，更别说还有极大比例的细胞系污染问题。

曾经一段时间，小鼠PDX模型是有希望替代细胞系的，所以各大药企以及部分创业公司都押注到了小鼠PDX模型，可惜小鼠PDX模型确实成功率不高，而且实验周期长到令人发指，一个病人的小鼠PDX模型构建成功之前肿瘤病人的坟头已经可以蹦迪了。

科学界并没有留给小鼠PDX模型太多的发展时间窗口，类器官这个革命性的技术就出来了，可高效培养，每个病人都可以有自己的类器官培养物做药敏测试，而且类器官能接近百分比的模拟对应病人的原位肿瘤，简直就像是一个造假的技术。

2009年，荷兰Hubrecht研究所的Hans Clevers博士证实 肠干细胞 能够形成类器官，开启了 类器官研究的时代。

Nature Methods 如此评价 类器官（Organoids）技术 ：利用干细胞直接诱导生成三维组织模型，为人类生物学研究提供了强大的方法，目前对于这种工具的研究正在不断发展进步中。

早在两年前我就总结了：肿瘤类器官研究发展大事件，罗列了一下不同癌症研究领域成功的类器官培养案例，感兴趣的可以去看看。

当然了，也不是说类器官没有缺点，发表在 Nature Reviews Cancer 杂志，2018年4月的综述，标题是：Organoids in cancer research，是这样描述类器官的缺点：

  • 相比细胞系培养， 类器官费时费力
  • 缺乏肿瘤微环境
  • 肿瘤细胞培养生长速度慢于正常细胞
  • 局限于上皮细胞癌症

但是哪个技术没有缺点呢？而且只有科学界的聚光灯打在类器官身上，商业资本的力量可以让无数科学家折腰，技术的迭代速度会让人瞠目结舌。

最后看看ATCC的organoids资源

正如我两年前的总结：肿瘤类器官研究发展大事件，类器官只有极少数实验室有能力培养，而且都是CNS级别文章，没办法走入寻常百姓家。但是ATCC终于提供了organoids资源， 就不一样了。

而且ATCC不仅仅是organoids资源，还对其中的5种癌症，做了25个850K甲基化芯片数据，发表文章：The DNA methylation landscape of human cancer organoids available at the American type culture collection

  • https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE144213

可以看到，5种癌症的甲基化信号值泾渭分明，而且拿他们的类器官的甲基化信号值去跟tcga的对应癌症的normal，以及细胞系数据的甲基化进行比较，也是一样的泾渭分明，说明它们ATCC提供的organoids资源是极好的，没有被污染。

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  • 表观全部资料，https://share.weiyun.com/5tg6pIn 同样是按需下载，不要整个文件夹全部下载

然后下载文章：The DNA methylation landscape of human cancer organoids available at the American type culture collection里面的GSE144213数据集，做出来文章里面的图表。

非常简单的图表。

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