今年国自然有救了！这个诺奖热点竟出了两个重磅数据库！ / 四六文摘

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2450天

国自然快车道，老司机发车了

2020年，发生了新冠疫情这样的黑天鹅事件，全球科研人员受到了不小的影响。当年的诺贝尔生理学或医学奖也授予了美国科学家Harvey J. Alter、Charles M. Rice以及英国科学家Michael Houghton，以表彰他们在发现丙型肝炎病毒方面所做出的贡献。

本来诺奖的研究方向很大概率会成为下一年国自然的风向标，说什么也要蹭一下。但2020年的诺奖实在小众，除了传染与肝病，其他学科很难分一杯羹。

此时，2019年诺贝尔生理学或医学奖就成了香饽饽。因为那年获奖的主题是，细胞如何感知和适应氧气的可用性。这就好搭多了，毕竟氧气条件的变化对于很多疾病的发生发展都有着重要影响，例如本工之前翻译的综述中就提到了缺氧对免疫细胞和代谢的影响（详见：为了和导师愉快吹逼，我看了篇53分的顶级综述）。

iHypoxia

既然缺氧如此重要，那么将已发表的缺氧研究综合起来，建立成数据库就能为大家的研究提供便利了。近日，本工就发现了这么一个神奇的网站：iHypoxia，网址为：http://ihypoxia.omicsbio.info/。

该数据库由郑州大学程涵教授、王振龙教授和中山大学刘泽先教授课题组联合开发。iHypoxia共包含有390个条件下，发生在5种哺乳动物的41482个缺氧调节蛋白的158615个量化事件。

进入网站主页后，可以看到网站主页长这个样子。主要功能模块为Browse和Search模块。主页下方也提供搜索和Search模块的功能一致，大家可以通过输入Ensembl ID、UniProt ID、Gene name或Protein name来进行搜索。

我们就拿网页提供的例子来看看iHypoxia能为我们做什么吧。点击例子后Submit，会在下方跳转出搜索结果。

再点击More那一列下的跳转按钮，然后就会跳转出来显示结果，内容包括该基因的基本信息、功能和氨基酸序列。

然后有低通量实验的证据，包括实验条件，该基因的表达调节、样本类型和证据水平以及实验的方法。

然后还有高通量实验的证据，内容也和上面基本一致，多了Log2 Ratio和统计显著性。

然后网页给我们展示了该蛋白的翻译后修饰，包括泛素化、乙酰化、羟基化、甲基化、磷酸化、sumo化和糖基化。点击上面不同的图例，可以显示或者关闭该修饰的显示结果。

最后网站还显示了蛋白互作网络和亚细胞定位以及药靶关系。

Browse模块则展示了低通量和高通量实验证据的概括和浏览，大家可以通过点击More下面的跳转按钮浏览相关结果。

2018年，关于缺氧的国自然项目有66项，总金额2910万，2019年共有69项，总金额2956万，虽然比不上像m6A、lncRNA这样的研究热点，但是缺氧在生物化学反应和疾病过程中还是非常重要的，给小伙伴们瞅几个国自然的标题就一目了然了。

iCysMod

作为一种重要的翻译后修饰，蛋白质半胱氨酸修饰（PCM）在真核生物的各种生物学过程中起着关键作用。由于高通量蛋白质组学技术的飞速发展，研究者们已经发现并确定了许多PCM事件，但仍有待进一步研究。因此，整合的真核生物PCM数据资源可以为相关研究人员提供便利。

2021年1月7日，郑州大学王振龙教授、程涵教授和中山大学刘泽先教授课题组在国际知名杂志《Briefings in Bioinformatics》发表了iCysMod数据库。该数据总共收集了8种类型的PCM（二硫键形成(-SSR)、S-谷胱甘肽化(-SSG)、S-亚硝酰化(-SNO)、S-巯基化(-SSH)、S-亚磺酰化(-SOH)、S-亚磺酰化(-SO2H)和S-磺酰化(-SO3H)），包括31483个蛋白质上的85747个修饰位点。

该数据库网址为：http://icysmod.omicsbio.info/