BN软件分析PFGE

脉冲场凝胶电泳（PFGE）是一种高度区分性的分子分型技术，是一种分离大分子DNA或者染色体的方法。PFGE是基于大的DNA限制性片段在交替极性的电场中的可变迁移的原理。在脉冲场凝胶电泳中，电场不断在两种方向（有一定夹角，而不是相反的两个方向）变动。DNA分子带有负电荷，会朝正极移动。相对较小的分子在电场转换后可以较快转变移动方向，而较大的分子在凝胶中转向较为困难。因此小分子向前移动的速度比大分子快。然后通过比较任何两个分离株的指纹图谱，可以研究它们是否属于同一菌株（即两个分离株是克隆的）或在遗传上不相关。PFGE在国际监测网络（例如PulseNet）中的使用以及在重要食源性病原体（大肠杆菌，李斯特菌，弯曲杆菌等）的标准流程中的使用，促进了该技术的采用。尽管可以使用最新的分型方法，但PFGE仍然是许多国家和国际监测程序中的金标准。

在实践中，将经过研究的分离株的标准化细胞悬液包埋在琼脂中，以增强该过程中的DNA稳定性。然后裂解细菌细胞，并通过宏观限制性分析产生细菌染色体的大片段。在电泳过程中使用交替极性的电场分离DNA片段，然后得到图谱并记录指纹文件。

BioNumerics使用行业领先的数据库引擎Oracle，可以将所有流行病学信息和凝胶图像存储在一个数据库中。使用便捷的向导可以定义新的指纹类型，选择最佳设置以进行标准化、分辨率、背景消除、平滑和条带查找。BioNumerics软件提供了用于分析PFGE指纹数据的集成平台。

通过轻松简单的拖放，将指纹数据链接到BioNumerics数据库中的分离株。只需单击几下鼠标即可创建数据比较：一个可帮助您使用BioNumerics丰富的统计工具集来计算相似度矩阵和树状图的向导：包括基于条带的相似系数：Jaccard、Dice、Jeffrey's X、Ochiai、不同条带的数量。在各种聚类分析方法之间进行选择：UPGMA、Ward、邻位相邻、单链接、完整链接、创建图。通过计算错误标志和共形相关性来评估创建的聚类的重要性。

由于BioNumerics软件的优越性，已广泛的应用到科研、疾控、制药生物以及高校，取得了各界的高度人认可。