给差异高表达基因换一个热点的说法:mRNA疫苗

对于mRNA疫苗而言，最近特别火的就是新冠方面的疫苗的嘛。其中有一些新冠的疫苗就属于mRNA疫苗的。所谓mRNA疫苗反应的原理。就是把特异性可以翻译成蛋白的mRNA打入到人体体内，mRNA可以翻译成相关的蛋白，这些蛋白可以诱导机体产生特异性的免疫应答，达到预防的作用。

因此广义的意义上来说的话，只要是可以翻译成蛋白的，且在某一个疾病当中高表达的，都可以当作这个疾病的候选的mRNA疫苗。所以在我们进行RNA-seq数据分析的时候，得到的差异的高表达基因，那就可以称之为mRNA疫苗。也因此，就有了下面的这个文章。

接下来就简单的介绍一下这个文章吧。总的来说这个文章是一个基于差异高表达基因的多组学和基因分型分析的文章。

这篇文章分析的胰腺腺癌(PAAD)当中mRNA疫苗分析的过程

PAAD潜在抗原筛选

如果要制备肿瘤相关的mRNA疫苗的话，那就得先筛选在肿瘤当中异常高表达的基因。所以作者通过差异表达分析来寻找PAAD差异高表达的基因。同时通过相对应的基因的突变和拷贝数的变化进一步寻找高表达同时异常突变的基因。经过筛选作者得到了926个差异表达基因。

这里作者使用了GEPIA进行差异基因筛选。同时使用了cBioPortal来进行相关基因的突变和拷贝数分析。

为了进一步了解这基因潜在抗原和预后的关系。作者对这些基因进行了预后分析

由于mRNA疫苗需要引起免疫反应，所以作者分析了影响预后的这些基因和免疫浸润的关系

这里作者使用了TIMER数据库进行分析的。

PAAD免疫相关亚型分析

对于mRNA疫苗而言，如果要接种疫苗的话。那就要进行免疫反应。所以通过免疫分型可以用来反映肿瘤及其微环境中的免疫状况，从而帮助确定合适的患者进行疫苗接种。因此作者基于19972个免疫相关基因(这么多基因哪儿来的没说。。)进行了共识聚类。通过分析最终确定了5个亚型。在确定了不同的亚型之后，首先是对这五个亚型和临床参数以及预后进行了分析。

进一步观察了不同的免疫亚型和TMB以及突变的关系

同时分析了不同亚型和免疫检查点(immune checkpoints, ICPs)和免疫原性细胞死亡(immunogenic cell death, ICD)的关系。

基因原理就是找到ICPs和ICD相关基因。观察这些基因的在不同的分型当中是否存在差异即可

同时由于CA125和CA199是两个明确的和PAAD预后有关的基因。也进一步分析了这两个基因和免疫分型的关系。

以上是对于免疫分型和临床以及和某一些基因的具体分析。但是对于这个分析和具体的功能有什么关系，目前还没进行分析。所以作者又观察了目前的分型和免疫细胞、之前的免疫分型以及56个分子特征进行了分析。

进一步，通过降维分析来观察不同分析之间样本的分布。同时发现了三个不同亚型的可以更好的区分样本。

最后为了WGCNA聚类 分析。来寻找PAAD相关的模块。同时基于寻找那些模块和免疫分型有关系

总的来说

以上就是这个文章的大致内容了。总的下来。作者对PADD的差异基因进行的多组学的分析。同时基于免疫基因进行了分型，然后观察分型了各个方面的关系。但是对于前面的差异的候选抗原和后面的分型。好像并没有联系到一起。

文章关于单基因的分析的话，更多的使用的是在线的数据库。这个我们可以方便我们使用的。对于后面的分型。就需要一些算法基础来进行实现了。但是。。。前段时间刚刚发表了一个用来整合各个算法的分型在线数据库。如果想要进行分型分析的话。可以看一下我们明天的帖子哦。

另外。。。关于这个文章。。在同一个杂志上还有另外一篇，相同作者，不同癌的文章。。。厉害厉害的，相同套路。两篇十分。