ggballoonplot|气球图-多分类数据可视化
ggballoonplot(气球图)可用于多分类数据的可视化展示,其中每个单元格都包含一个点,其大小反映了相应组件的相对大小。
本文将使用ggpubr中的ggballoonplot()
函数以及ggplot2分别绘制。
一 载入数据,R包
一、载入R包 数据
#使用示例数据
library(ggpubr)
library(ggplot2)
library(openxlsx)
#载入示例数据集
my_data <- read.xlsx("ggballoonplot.xlsx")
head(my_data)
tail(my_data)
注意先将数据整理成长整型数据,可阅读Tidyverse|tidyr数据重塑之gather,spread(长数据宽数据转化)
二 ggballoonplot绘制气球图
ggballoonplot(my_data, x = "database", y = "Gene", size = "Pvalue",
fill = "type",
ggtheme = theme_bw())
这样就可以很明显的比较不同数据集中,重点基因的表达上调,下调情况以及 差异表达的P值。
更多参数请参考:https://www.rdocumentation.org/packages/ggpubr/versions/0.4.0/topics/ggballoonplot
三、 ggplot2绘制气泡图
使用ggplot2绘制气球图,按照点图的方式绘制即可。
ggplot(my_data, aes(x = database, y = Gene, size = Pvalue, color=type)) +
geom_point()
可以参考之前ggplot2的相关推文进行图形优化。
ggplot2|theme主题设置,详解绘图优化-“精雕细琢”
ggplot2-annotation|画图点“精”,让图自己“解释”
当然还可以把type换成不同免疫浸润的类型?type 换成不同的通路?
当数据需要多分类可视化时,可以考虑一下这种展示形式。
参考资料:
https://www.rdocumentation.org/packages/ggpubr/versions/0.4.0/topics/ggballoonplot