儿童小脑肿瘤反映出保守的胎儿转录程序

不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了，很幸运聚集了五个小伙伴携手共进，我们承诺不间断更新5个月，把我们这两年的学习成果全部掏出来给大家，包括5个栏目：

1. 文献速递（简短介绍，扩充知识面）

2. 文献详解（图文并茂带来大家系统性学习）

3. R与Bioconductor的技巧（书籍翻译，妙招共享）

4. scRNAseq的GitHub的书籍翻译（原汁原味的名校教程）

5. 全网第一个单细胞转录组视频教程学习笔记分享

现在你看到的是文献速递

希望大家能有所收获！

文章信息

今天给大家介绍的文献是Nature主刊于2019年5月发表的最新单细胞转录组文章，但本文的研究套路与普通的单细胞转录组分析存在较大差异。题目是：”Childhood cerebellar tumours mirror conserved fetal transcriptional programs“

 

测序数据介绍

使用的是 dropletseq  技术，对8个不同时间段的胚胎小鼠的cerebellum区域的总计6万多单细胞进行了单核转录组测序，仍然是 10x产品。

数据分析情况

比对:GRCm38(mm10) using CellRanger software (2.0.0 version) (10xGenomics).

细胞平均测序量在2000-10000左右的reads，差异还是比较明显的。

细胞过滤：检测到的基因数量，测序reads量，top50表达量基因的占比，线粒体基因的reads数量，好像所有的单细胞测序都不会随便改参数吧

聚类分析：首先作者对表达矩阵进行归一化，挑选高变化基因，利用经典的seuratpipline对细胞进行分群，初步分类是：30 pre-clusters ，作者对脑室结构的了解及对脑部组织胚胎学的精通令我瞠目结舌！

主要分群情况

临床意义

作者通过在不同发育状态下的小鼠小脑进行单细胞测序，并于人体小脑肿瘤进行比对分析，发现许多小脑肿瘤的异质性都可以在胚胎时期找到依据，对脑部肿瘤的起源和治疗意义重大！