IGV基因组注释文件说明 / 四六文摘

[软件介绍]IGV软件的安装和基本介绍 - 目录 1. IGV 下载与安装 2. Java 安装及环境变量设置 3. IGV 基本介绍 3.1 IGV 界面布局 3.2 IGV 结果界面 3.3 序列 ...

注:同时支持 Windows 和 MacOS. 写在前面前述,我已经写了两个 TBtools 插件,实现了在纯粹的WIndows环境下(非虚拟机,非WSL),使用 Hisat2 进行基因组索引构建以 ...

写在前面高通量测序技术普及,大量物种基因组被测序.组装质量逐步提高,但基因结构注释的质量则一如既往的让人担心.错误的基因结构注释,可能会使得你得到错误的结果.比如: 不准确的基因结构注释,使得编码蛋 ...

写在前面课题组目前做一些基因组相关工作.了解基因组的朋友应该明白,基因结构注释错误几乎遍布所有基因组,包括我们目前看到的大多数即使是发表在顶级期刊的工作.生物是复杂的,而算法是存在局限的.所以人工矫 ...

如本期推文,我们开始对外共享三年多以来的部分工作成果,即 sRNAanno - 一个植物小RNA注释数据库 ( www.plantsRNAs.org ).在这个数据库中,用户可以但不仅限于: 下载1 ...

IGV-Gene Structure Annotation Manual Editor,简称IGV-GSAme 写在前面 igv是目前最常用的本地基因组浏览器,与其开发的目标类似,用于整合各种类别的高 ...

下载IGV和导入文件的方法我就不多说了,可以直接在windows平台下使用,就跟你操作QQ一样,自己摸索就好了! 著名芬兰运动员Eero Mäntyranta,他拿过七枚奥运奖牌.他的血红细胞远超正常 ...

写在前面这大半个月我都在医院待着,确实无法做太多事情,于是选择看一些文献.选择的是目前开发最完善,且可以说是在IGV-GSAme[之前我改造的IGV版本]出现之前的唯一一款基因结构注释人工矫正软件- ...

最近的全国巡讲不少人问到我两年前的直播基因组系列教程的完整目录,这里先放出直播我的基因组(第一阶段)完整目录.(悄悄告诉你,后台回复直播可以拿到精排版EXCEL表格!)(然后,点击阅读原文也可以拿到可 ...

基因组区间文件一般是拷贝数变异记录文件或者peaks文件,一般的注释是基于基因的,因为目前大家对编码蛋白的基因是比较熟悉的,一个区域跟基因关联起来了就大概了解它的功能了. 首先得到需要注释的bed文件 ...

响应生信技能树的号召:lncRNA数据分析传送门 , 一起来一个lncRNA数据分析实战! 下载原始测序数据: 在GEO数据库搜索GSE87182, 这里没有直接给出ftp地址,需要先从BioProj ...

基因结构预测中同源注释策略,将mRNA.cDNA.蛋白.EST等序列比对到组装的基因组中,在文章中通常使用以下比对软件: tblastn gamp exonerate blat 根据我的实测,以上软件 ...

编者注:前几天在生信技能树我们发现了一个神奇的帖子(http://www.biotrainee.com/thread-928-1-1.html ), 作者用一种并非特别常用的注释文件格式(GenePr ...

高通量数据下载还能这样操作? 谁能告诉我,这数据测毁了么? 目的: 在UCSC下载hg19参考基因组,我博客有详细说明,从gencode数据库下载基因注释文件,并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构, ...

这是我第二次在标题上写重磅!价值一千元的代码,虽然下面的技能或者说代码对我来说是非常简单啦,但是在有需求的粉丝看来真正的价值不可估量. 第一次是:TCGA的28篇教程-风险因子关联图-一个价值1000 ...

最近jimmy老师在学徒群了扔了一个数据挖掘文献图表复现任务,作为老师的新晋小透明学徒,希望可以表现一下,在分析数据集GSE62133时,并没有其平台GPL14951相应的注释包,把这个探索过程分享一 ...

有一些五六年前的学生们都成长为了各个生物信息学相关公司的小领导,而且他们都有了自己的公众号,知乎号,也算是一番人物.最近他们跟我反馈面试找不到或者说很难直接考核筛选到认真干活的生信工程师,挺有意思的. ...

目前芯片数据的分析流程都可以通过AnnoProbe包简单的完成上游分析,包括表达矩阵获取.分组方案的构建和数据注释,但是也存在一些平台的数据无法被该包直接获取.AnnoProbe获取注释信息的方式是通 ...

IGV基因组注释文件说明