超实用干货帖 | 微生物命名的常见规则与实例解读，还有配套资料可以免费领取！
原创：R. A Uyghurii，编辑：茗溪、江舜尧。
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微生物的命名是微生物系统分类学研究中的一个必要部分，而对于母语为非拉丁语的研究者，微生物的命名、理解与翻译中都会存在或多或少的问题或困难。因此，我认为：对现有的命名规则和翻译需要主要的事项做一个简单的说明，并进行命名规则与方法各个细节基于实例的解读，对书写规范的提示，以及分享一些相关学习资源（微生物的命名、韦洛克拉丁语教程、拉丁语与希腊语书籍等），有一定的科普和实用价值。
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一、细菌一词的来源：
细菌（单数为bacterium, 复数形式为Bacteria，其实，bacteria是现代拉丁语词 bacterium的复数, 它来自希腊语bakterion，意为“细小物体” (small staff) 或者 baktron一词，意为棒或杆（stick, rod, staff, cudgel), 细菌之所以被称为bacteria，即杆状物（rod-shaped），是因为首次被观察到的细菌为杆状，而bacteria一词首次在1838被德国自然科学家(naturalist) Christian Gottfried Ehrenberg所引进，进而被拟用为科学名词沿用至今。现代拉丁语中baculum（单数）或bacula（复数）仍然是指stick或rod, 意为：杆状物；现代希腊语（读音如参考音标）：βακτήρια【bakˈtɪria】，βακτήριο【bakˈtɪrio】，μικρόβια【mɪkˈrobia】，βακτηρίδια【bakˈtɪridia】均可译为bacteria, 即细菌。
二、细菌和古菌的系统分类学：
从高到低：域（Domain）、门（Phylum）、纲（Class）、目（Order）、科（Family）、属（Genus）、种（Species）。
备注：通常所说的五界系统中，细菌和古菌被归为原核生物界（Kingdom Prokaryotae）。
以人源布劳蒂亚菌 (Blautia hominis)为例： Domain "Bacteria"---Phylum "Firmicutes"---Class Clostridia---Order Eubacteriales---Family Lachnospiraceae ---Genus Blautia ---Species Blautia hominis
三、 如何命名？
生物学中物种（细菌，真菌，植物，动物，昆虫等）的命名都是基于拉丁语（或拉丁语与希腊语的组合）语法规则进行，而且已有成文的规范。对于原核生物物种命名来说，也已有专门的委员会公布了对应的命名规则，即：国际原核生物命名法（International Code of Nomenclature of Prokaryotes）。
原核生物命名规范：原核生物的系统分类学研究中，物种的命名是个重要的环节。国际原核生物系统学委员会编写的国际原核生物命名法（International Code of Nomenclature of Prokaryotes，第一版1975出版）是原核微生物命名的重要参考规范和依据，其中涵盖最近被收录的物种名称，命名法则和原核生物命名需要注意的事项等内容。除此之外，新发现的物种命名时不能与已有的其他生物的名称重复（比如：之前已有一个植物用了lishizhenii这个种名，然后需要命名一个新分离到的微生物时，不能再用这个物种名！）。
2019年出版的最新版本网址：
https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijsem.0.000778
知识点1：微生物命名的基本知识与实例：
1.1.1 命名时，根据潜在新物种：
①分离源（如：土壤，肠道，人或动物来源，分离地点等）；②形态特征（如：形状（球状，杆状，弧状，线装）；③细胞大小（如：两端尖，或棒状），鞭毛特征）；④菌落形态与质地（菌落大小，菌落颜色）；⑥生长快慢；⑦是否产生色素；⑧是否利用特定的碳源或氮源等特性来命名；⑨非特异性命名：如用某个人的或者动物的名字命名。
1.1.2 种（species）命名实例与解读：
①根据分离源：Blautia hominis 人源布劳蒂亚菌（human 人）；Blautia intestini 肠源布劳蒂亚菌（intestine肠道）；②根据形态和颜色特征等：Blautia recta 直杆布劳蒂亚菌（rectus直的）；Blautia lenta 生长缓慢的布劳蒂亚菌（lentus缓慢的，懒惰的）；Blautia rubra 红色布劳蒂亚菌（ruber红色的）；③人名与地名： Blautia wangii 王氏劳蒂亚菌；Blautia beijingensis 北京布劳蒂亚菌；
1.1.3 完整的物种名称（属+种名）怎么翻译和理解：
1.1.3.1物种名称的翻译：种名当做形容词而属名当名词进行翻译和理解。比如：Roseburia（罗斯布里氏或罗氏） faecis（粪便的）=粪源罗氏菌；
1.2 属（genus）的命名：
1.2.1 命名时，根据潜在新属：
①分离源（如：土壤，肠道，人或动物来源，分离地点等）；②形态特征（如：形状（球状，杆状，弧状，线装）；③细胞大小（如：两端尖，或棒状），鞭毛特征）；④菌落形态与质地（菌落大小，菌落颜色）；⑥生长快慢；⑦是否产生色素；⑧是否利用特定的碳源或氮源等特性来命名。
1.2.2 属（genus）的命名实例：
①分离源（ Humibacillus土壤杆菌属：土壤（humus）杆（bacillus=rod）菌属）；Intestinibacter肠杆菌属：肠（intestine）杆（bacter）菌属；Indibacter：印度杆菌属，indi=india印度, bacter=rod 杆状）；②形态和颜色特征等（如：Rhodococcus：rhodon=the rose，玫瑰，coccus球状的，Rhodococcus红球菌）；③生长快慢与细胞特性组合：Lentibacillus 慢长杆状菌属：lentus（慢的），bacillus=rod（杆状的））；④人名与地名：人名（Zunongwangia 祖农菌属）；地名（Sinobacter，Sinae中国的，sina中国，bacter=rod杆状，中华杆状菌属 ）；⑤其他理化特性：Butyratibacter产丁酸杆菌属，butyratum=butyrate丁酸，bacter=rod杆状的，丁酸杆菌属；
1.3 科（Family）的命名：
对于已经界定好的潜在新科来说，命名是相对简单的。比如：我们鉴定某个分离物（isolate）为一个潜在新属（candidate novel genus, 假设：我们命名这个属的名称为：Xiaomingia, 小明菌属），而且这个属与原先系统进化上临近的科（neighbor families）中的各属（genera）在系统分类学上有明显的不同，那么界定它为新科。此时：就取这个新属为该科的模式属（type genus）,并基于该模式属的名称（Xiaomingia）加上科标志后缀aceae，来生成新科的名称：Xiaomingiaeae （ 小明菌科）
知识点2：命名需要注意的知识点与常见的错误
与众多其他语言（如：西班牙语，意大利语，葡萄牙语，阿拉伯语等）类似，拉丁语也区分词汇的性别，即：阳性，阴性，中性。具体区分来说：性别很明确的（跟女/雌性直接相关的）词汇都可直接确定为阴性，如：amica（女朋友）；而与男/雄性直接相关的词汇可直接确定为为阳性，如：mustaceus（胡须）；还有一些词不分男女，即：中性词，如Bacterium，细菌。
2.1.1 名词与形容词性别的统一性：
描述阳性词的其他词（如：形容词，动词），也都是有性别的，也就是说前后统一。
比如：美丽bellus（美丽的，阴性）；bella（美丽的，阳性） ；bellum（美丽的，中性）
2.1.2 阳性与阴性的区分（此处仅论结尾规律性阴阳性词，对固有性别的词略过）：
1）阳性结尾：us,i,o,e,os,is,er,io,ax,es
2）阴性结尾：as,a,ia,ea
3）中性结尾：um,im,ii
2.1.3 对于新物种（species）起名（注意：种名全小写，斜体！）：
2.1.3.1 用形容词起种名：lentus慢的，（阳/阴/中：lentus/lenta/lentum）
1）Ruminococcus lentus：慢生瘤胃球菌（直译：长得慢的瘤胃球菌）
2）Pasteuria lenta：慢生巴斯德菌（直译：长得慢的巴斯德菌）
3）Halobacterium lentum：慢生嗜盐菌（直译：长得慢的嗜盐菌）
1）Ruminococcus nanjingensis：南京瘤胃球菌
2）Pasteuria nanjingensis：南京巴斯德菌
3）Halobacterium nanjingensis：南京嗜盐菌
1）Ruminococcus albus：白色瘤胃球菌
2）Pasteuria alba：白色巴斯德菌
3）Halobacterium album：白色嗜盐菌
1）Ruminococcus johnii：琼氏瘤胃球菌
2）Pasteuria johnii：琼氏巴斯德菌
3）Halobacterium johnii：琼氏嗜盐菌
备注：对于上述人名，地名来命名的规则的详解可参阅International Code of Nomenclature of Prokaryotes中的对应解释。
2.1.4 对于新属（genus）起名（注意：属名首字母大写，斜体！）：
1）Wengia lenta：慢生翁氏菌，具体词性的变化（即：结尾的变化，可以参考上述变化规则）
2.2 物种命名常见的错误：
1）阴阳性不统一：比如，Lenticoccus(阳性） alba（阴性）
2.3 微生物名称的常用书写规范：
1. 斜体：科（family），属（genus），种（species），变种（variety）或亚种（subspecies）要斜体。
2. 首字母大写：科（family），属（genus）首字母大写，斜体；域（domain）,界（kingdom），门（phylum），纲（class），目（order），亚目（suborder）首字母大写但不斜体；
3. 小写，斜体：种（species）名需要小写，斜体。
实例：
Domain: "Bacteria"; Phylum: "Actinobacteria" ;
Class: Actinobacteria; Order: Bifidobacteriales ;
Family: Bifidobacteriaceae ; Genus: Bifidobacterium ;
Species: Bifidobacterium animalis ;
Subspecies: Bifidobacterium animalis subsp. animalis
1. International Code of Nomenclature of Prokaryotes.
2019版的网址：
https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijsem.0.000778
2. INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY. MICROBIOLOGY
网址： https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem
3. Wheelock's Latin （全球拉丁语学习宝典）
4. Collins Latin Dictionary and Grammar
5. Glosbe Dictionary （可将英语翻译成中文，并给出各词性的变化）
网址： https://en.glosbe.com/
附录（配套学习资源）
微生物的命名 International Code of Nomenclature of Prokaryotes Open Access
韦洛克拉丁语教程
拉丁语和希腊语
本文来源于微生态原创作者R. A Uyghurii，仅用于学术分享，如有侵权，请联系删除！
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