顶级期刊专栏 | 微生物最新研究进展（20210415）
Nature
科研| Nature Medicine：肠道微生物群调控地中海式饮食和心脏代谢疾病风险之间的保护关系
本文由生命光影编译
美国哈佛大学陈曾熙公共卫生学院生物统计系Curtis Huttenhower等人于2021年2月11日在Nature Medicine发表题为《The gut microbiome modulates the protective association between a Mediterranean diet and cardiometabolic disease risk》的文章，本研究通过卫生专业人员随访研究（HPFS）记录的300多名男性数据，分析地中海饮食模式、肠道基因组和心脏代谢疾病风险之间相互作用关系。此项研究主要目的是揭示肠道微生物组的个体差异性是否影响坚持地中海饮食和心脏代谢疾病风险之间的关系；其次是了解地中海饮食是否影响肠道微生物组。首先根据记录信息量化每个参与者地中海式饮食频率，随后利用粪便宏基因组（metagenomes）和宏转录组（metatranscriptomes）数据确定参与者肠道微生物的种类和功能，最后使用参与者血液样本测量的葡萄糖稳态、脂质代谢和炎症的生物标志物评估每个参与者的心脏代谢疾病风险。本研究不仅描述了长期饮食模式对肠道微生物组的影响，而且也显示了肠道微生物组调控饮食驱动的慢性疾病风险。
摘要：为了探究微生物群可能通过何种方式调控饮食和心脏代谢健康之间相互作用这一问题，通过分析卫生专业人员随访研究（HPFS）中307名男性参与者的长期饮食信息，以及纵向微生物组数据和血糖稳态、脂质代谢和炎症等生物标志物的测量值进行解答。该文章显示了健康的地中海式饮食模式影响肠道微生物组的特定类群和功能，饮食模式与心脏代谢健康之间的保护关系随肠道微生物组的组成不同而变化。尤其值得注意的是，如果参与者肠道具有低丰度Prevotella copri（人体普氏菌），坚持地中海饮食能够显著地降低心脏代谢疾病风险。因此，提出并倡导精确营养的概念，提供更有效和精确的饮食方法改变肠道微生物组用于预防新脏代谢疾病。
原名：The gut microbiome modulates the protective association between a
Mediterranean diet and cardiometabolic disease risk
译名：肠道微生物群调控地中海式饮食和心脏代谢疾病风险之间的保护关系
期刊：Nature Medicine
IF：36.13
发表时间：2021-2-11
通讯作者：Curtis Huttenhower
通讯作者单位：哈佛大学陈曾熙公共卫生学院生物统计系
DOI号：10.1038/s41591-020-01223-3
原文链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33574608/
科研| Nature Microbiology：赞比亚发育迟缓儿童小肠对肠道微生物病原体的适应
本文由素心晴编译
赞比亚卢萨卡赞比亚大学医学院热带胃肠病与营养组Paul Kelly等人于2021年2月15日在Nature Microbiology发表题为《Adaptation of the small intestine to microbial enteropathogens in Zambian children with stunting》的文章，本研究通过对实验组和对照组儿童持续给予营养补充以甄别并监测无反应性发育迟缓的肠道微生物易位的实验设计，结合RNA测序、转录组分析、生物标志物分析等对环境性肠病是否通过适应病原体介导的上皮损伤而产生的进行研究。本研究发现，随着发育迟缓的程度增强，微生物易位的强度却随之减弱，推测环境性肠病是由于适应病原体介导的上皮损伤造成的。这一发现对肠道微生物与肠病复杂机理的研究进一步提供数据支持，具有重要的借鉴意义。
摘要：环境性肠病是非洲和南亚数百万儿童生长迟缓的主要原因。研究人员在赞比亚卢萨卡（Lusaka, Zambia）对297名发育迟缓的儿童（招募时年龄范围为2-17个月）和46名生长状况良好的对照组儿童（招募时年龄为1-5个月）进行了一项纵向的、观察性和干预性的研究。对照组儿童仅在设置基线时提供数据。向儿童提供每日玉米粉-大豆混合物、鸡蛋和含有微量营养元素的营养补剂，并随访至24个月大。补充营养4-6个月后生长状况没有改善的儿童被归类为无反应性发育迟缓。研究者通过测量基线以上且无反应性发育迟缓症状明确的儿童血液中的循环脂多糖（LPS）、LPS结合蛋白和可溶性CD14的含量来监测无反应性发育迟缓组（n = 108）中从肠道向血液的微生物易位。本研究发现，在108名无反应性发育迟缓的儿童中，随着年龄的增长，微生物转移频率降低，尽管存在持续的病原体刺激和肠上皮损伤，仍有81名（75%）儿童的LPS下降。我们使用共聚焦激光内窥镜（confocal laser endomicroscopy），发现黏膜渗透性（mucosal leakiness）也随着年龄的增长而降低。然而，刷状缘酶（brush border enzyme）、营养转运体和粘膜屏障基因在小肠活检中的表达不随年龄变化，也不与微生物易位的生物标志物相关。研究人员认为环境性肠病是通过适应病原体介导的上皮损伤而产生的。虽然环境性肠病减少了微生物易位的概率，但它是以损害生长为代价的。绒毛变钝引起的上皮表面积减少可以解释这些发现。
原名：Adaptation of the small intestine to microbial enteropathogens in Zambian children with stunting
译名：赞比亚发育迟缓儿童小肠对肠道微生物病原体的适应
期刊：Nature Microbiology
IF：15.540 （2020年）
发表时间：2021.2.15
通讯作者：Paul Kelly
通讯作者单位：赞比亚卢萨卡赞比亚大学医学院热带胃肠病与营养组
DOI号：10.1038/s41564-020-00849-w
原文链接：
https://www.nature.com/articles/s41564-020-00849-w
科研| Nature Plants：微生物视紫红质对植物生长的光遗传学控制
本文由李俊朋编译
德国维尔茨堡大学生物中心Georg Nagel等人于2021年2月16日在Nature Plants 发表题为《Optogenetic control of plant growth by a microbial rhodopsin》的文章，本文通过转基因技术在烟草中表达GtACR1，记录叶肉与花粉管中电压与电流的变化与光照下花粉管的发育，通过光遗传学方法以视紫红质为媒介研究植物离子信号。并将植物光遗传学与针对Ca2+、pH值或电压成像的红色荧光生物传感器相结合，从而提高对离子信号的认识，并测试一系列关于植物化学-电信号的假设。
摘要：尽管基于视紫红质的光遗传学已彻底改变了神经科学，但视蛋白表达不佳和必需的全反式视网膜辅因子的缺乏使视紫红质在植物中的应用变得复杂。在这里，证明了在植物中视网膜的产生以及使用Guillardia theta光门控阴离子通道视紫红质GtACR13改进了视紫红质的靶向，从而应用于植物细胞的绿光操纵。当表达GtACR1时，绿光会引起阴离子渗透率的大幅提高和明显的膜电位变化，从而实现植物生长和叶片发育的非侵入式操作。尽管供水充足，使用光驱动的阴离子损失，仍可以模拟干旱条件并造成枯萎。在花粉管中，由于大的阴离子电流，GtACR1激活会触发膜电位去极化。虽然整体照明与可逆的生长停滞有关，但在顶部穹顶侧翼的局部GtACR1激活使增长方向远离增加阴离子电导的一侧。这些结果表明阴离子渗透性对指导花粉管尖端生长具有至关重要的作用。这种植物光遗传学的方法可以扩展到创建一个完整的基于视紫红质的工具托盘，极大地促进了植物离子信号通路的分离。
原名：Optogenetic control of plant growth by a microbial rhodopsin
译名：微生物视紫红质对植物生长的光遗传学控制
期刊：Nature Plants
IF：13.256
发表时间：2021.2.16
通讯作者：Kai R. Konrad and Georg Nagel
通讯作者单位：德国维尔茨堡大学生物中心
DOI号：10.1038/s41477-021-00853-w
原文链接：
https://www.nature.com/articles/s41477-021-00853-w
科研 | Nature Communications：艾滋病毒中的粪便微生物群移植：一项安慰剂对照研究
本文由Lu编译
西班牙马德里，拉蒙·卡哈尔大学和伊里斯医院传染病科的Sergio Serrano-Villar等人于2021年2月18日在Nature communications发表题为《Fecal microbiota transplantation in HIV: A pilot placebo-controlled study》的文章，本研究通过对30名感染HIV的受试者进行抗逆转录病毒疗法（antiretroviral therapy, ART），其中按照CD4/CD8比率＜1随机分配到每周的粪便微生物菌群胶囊或安慰剂中，持续八周，根据粪便微生物群特征选择合理的粪便供体，研究无创且安全的粪便微生物菌群移植（fecal microbiota transplantation, FMT）。在探索性分析中，本文描述了FMT组肠道脂肪酸结合蛋白（intestinal fatty acid-binding protein, IFABP）的显著改善，这是一种独立预测死亡率的肠道损伤生物标志物。使用无创且安全的FMT输送策略进行肠道菌群操作是可行的，值得进一步研究。
摘要：微生物群的变化与治疗艾滋病毒感染期间的持续炎症有关。在这项先导的双盲研究中，我们对30名感染HIV的受试者进行抗逆转录病毒疗法（antiretroviral therapy, ART），其CD4 / CD8比率<1随机分配到每周的粪便微生物菌群胶囊或安慰剂中，持续8周。根据粪便的微生物群特征，选择合适的粪便供体。本文报告指出粪便微生物菌群移植（fecal microbiota transplantation, FMT）是安全的，不会产生严重的不良影响，并能够减轻HIV相关的营养不良。FMT引起肠道菌群结构的变化，包括α多样性的显著增加等，在FMT之前使用抗生素可以获得更大量的移植。毛螺菌科（Lachnospiraceae）和疣微菌科（Ruminococcaceae）通常在艾滋病毒感染者中被耗尽，它们是在时间节点上更加可信的分类方法。在探索性分析中，本文描述了FMT组肠道脂肪酸结合蛋白（intestinal fatty acid-binding protein, IFABP）的显著改善，这是一种独立预测死亡率的肠道损伤的生物标志物。使用无创且安全的FMT输送策略进行肠道菌群操作是可行的，值得进一步研究。
原名：Fecal microbiota transplantation in HIV: A pilot placebo-controlled study
译名：艾滋病毒中的粪便微生物群移植：一项安慰剂对照研究
期刊：Nature communications
IF：12.121
发表时间：2021.2.18
通讯作者：Sergio Serrano-Villar
通讯作者单位：西班牙马德里，拉蒙·卡哈尔大学和伊里斯医院传染病科
DOI号：10.1038/s41467-021-21472-1
原文链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-021-21472-1
科研| Nature Communications：微生物菌群的单菌种控制
本文由弈轩编译
英国伦敦大学学院细胞与发育生物学系与遗传学研究所的Michael Sulu 和 Chris P. Barnes等人于2021年3月30日在Nature Communications发表题为《Single strain control of microbial consortia》的文章，本研究通过利用偏抑共生和竞争性排斥作用，改造了大肠杆菌菌株来形成了一种稳定的双菌株群落，且通过进一步的实验与计算分析证明，该稳定的双菌株体系可以通过调整相应的参数，进而产生稳定的种群。其结果为后续对于单菌株的研究提供了一个便捷的工程设计方案。
摘要：生物工程的范围正在从单一菌株的创建扩展到微生物群落的设计，从而允许分工、专门的亚种群以及与“野生”微生物群落的相互作用。但是，在缺乏稳定的相互作用的情况下，微生物之间的竞争会导致一个不可避免的现象--随着时间的推移，越来越不适合的菌群被剔除。本研究中，我们采用常规的菌群培养方式，进一步利用偏抑共生和竞争性排斥作用，通过改造大肠杆菌菌株来稳定一个双菌株群落，该菌株可在竞争中分泌毒素。琼脂平板斑点抑制试验以及使用图像处理软件从图像中提取定量抑制区的验证证明，这种系统可以产生稳定的种群，其组成可以通过容易控制的参数来调节。该系统创建了一个可调的，稳定的两个双菌株联合体，而只需要对单个菌株进行工程设计。同时理论模型探索表明，本研究所实施的系统是最简单的产生稳定共存的竞争种群，比迄今为止使用的细胞内毒素方法表现得更好。而且提出了系统升级设计，以使菌群的可控性更好。
原名：Single strain control of microbial consortia
译名：微生物菌群的单菌种控制
期刊：Nature Communications
IF：12.121
发表时间：2021.3.30
通讯作者： Michael Sulu 和 Chris P. Barnes
通讯作者单位：英国伦敦大学学院细胞与发育生物学系与遗传学研究所
DOI号：10.1038/s41467-021-22240-x
原文链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-021-22240-x
科研| Nature Communications：在代谢综合征患者中，禁食改变了能够降低血压和减轻体重的肠道微生物群
本文由花城编译
柏林伊曼纽尔医院内科和综合医学系Andreas Michalsen，Dominik N. Müller和Sofia K. Forslund等人于2021年3月30日在Nature Communications发表题为《Fasting alters the gut microbiome reducing blood pressure and body weight in metabolic syndrome patients》的文章，本文研究了禁食对有心血管危险的代谢综合征患者的作用。对比禁食5天，然后改进的饮食方法干预3个月后，可引起禁食单独作用下未观察到的明显微生物组和免疫组变化，即使在干预3个月后，血压也得到了改善。应用机器学习算法，本文能够从免疫组或16S微生物组数据中有效预测哪些患者通过血压降低对治疗产生积极反应。本文还单独研究和对比了15名健康男性志愿者禁食产生的影响，以及许多禁食后微生物组的变化。这些数据强调了禁食后转向健康促进饮食作为一种有前途的非药物干预高血压代谢综合征患者，可能涉及更广泛的健康状况。
摘要：禁食和再进食可以降低西方饮食增加的心脏代谢疾病的风险。本文研究了高血压代谢综合征患者的临床参数、免疫组学和肠道微生物组学之间的相互关系，结果表明，在高血压代谢综合征患者中，禁食5天，然后采用改进的饮食方法，并停止不健康的高血压饮食，可降低收缩压、对抗高血压药物的需要和体重。禁食改变了肠道微生物组，影响细菌类群和与短链脂肪酸产生相关的基因模块。系统分析显示循环粘膜相关恒定T细胞、非经典型单核细胞和CD4+效应T细胞与收缩压呈正相关。对免疫组学或微生物组学数据的机器学习分析预测禁食组内持续的收缩压反应，确定CD8+效应T细胞、Th17细胞和调节性T细胞或Desulfovibrionaceae, Hydrogenoanaerobacterium, Akkermansia和Ruminococcaceae菌属是禁食模型减低血压作用效果的重要贡献者。在这里，本文还报道了高分辨率多组学数据强调禁食是治疗代谢综合征患者高血压的一种有希望的非药物干预治疗方法。
原名：Fasting alters the gut microbiome reducing blood pressure and body weight in metabolic syndrome patients
译名：在代谢综合征患者中，禁食改变了能够降低血压和减轻体重的肠道微生物群
期刊：Nature Communications
IF：12.121
发表时间：2021年3月30日
通讯作者：Andreas Michalsen，Dominik N. Müller和Sofia K. Forslund
通讯作者单位：柏林伊曼纽尔医院内科和综合医学系
DOI号：10.1038/s41467-021-22097-0
原文链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-021-22097-0
Science
科研| Science：粪菌移植克服黑色素瘤患者对抗PD-1治疗的耐药性
本文由萌依依编译
美国国家癌症研究所Giorgio Trinchieri 和美国匹兹堡大学Hassane M. Zarour等人于2021年02月05日在Science发表题为《Fecal microbiota transplant overcomes resistance to anti–PD-1 therapy in melanoma patients》的文章，该项研究评估了使用粪便微生物群移植 (FMT) 联合抗PD-1疗法治疗PD-1黑色素瘤患者的安全性和有效性。研究结果表明，在PD-1晚期黑色素瘤中，FMT和抗PD-1改变了肠道微生物群，重新编码了肿瘤微环境，从而克服了对抗PD-1的耐药性。当然此项发现需要在更大的临床试验中进行深入研究，以便更好地识别微生物和肿瘤内的生物标记物，去筛选最有可能从这项治疗中得到受益的患者。作者预测这项研究将引领这样一种细菌联合体的识别，它们能够将抗PD-1治疗无效的黑色素瘤患者亚群转化为R患者。
摘要：抗程序性细胞死亡蛋白1 (PD-1) 疗法为晚期黑色素瘤患者提供了长期的临床益处。在临床前模型和癌症患者中，肠道微生物群组成与抗PD-1疗效相关。为研究是否可以通过改变肠道微生物群来克服对抗PD-1的耐药性，这项临床试验评估了使用应答者来源的粪便微生物群移植 (FMT) 联合抗PD-1疗法治疗PD-1难治性黑色素瘤患者的安全性和有效性。结果发现该联合用药耐受性良好，15例患者中有6例临床受益，并诱导了快速持久的微生物群改变。应答者表现出更丰富的与抗PD-1的应答有关的菌群类别，CD8+T细胞活化增加，表达IL-8的髓样细胞频率降低。响应者有不同的蛋白质组和代谢组特征，跨界网络分析证实肠道微生物组调节了这些变化。我们的发现表明，在PD-1晚期黑色素瘤中，FMT和抗PD-1改变了肠道微生物群，重新编码了肿瘤微环境，从而克服了对抗PD-1的耐药性。
原名：Fecal microbiota transplant overcomes resistance to anti–PD-1 therapy in melanoma patients
译名：粪菌移植克服黑色素瘤患者对抗PD-1治疗的耐药性
期刊：Science
IF：41.845
发表时间：2021.02
通讯作者：Giorgio Trinchieri & Hassane M. Zarour
通讯作者单位：美国国家癌症研究所和美国匹兹堡大学
DOI号：10.1126/science.abf3363
原文链接：
https://science.sciencemag.org/content/371/6529/595
Cell
科研| Cell：深入剖析遗传因素和微生物因素在宿主复杂行为中的作用
由swing编译
众多研究表明遗传因素和肠道微生物因素都会影响个体的行为，如焦虑、抑郁、自闭等。但是，他们是如何对个体行为产生影响的，以及产生怎样的影响？美国贝勒医学院神经科学系的Mauro Costa-Mattioli团队就该问题进行了深入的探讨。2021年3月10日，他们在Cell上发表题为《Dissecting the contribution of host genetics and the microbiome in complex behaviors》的文章。Mauro Costa-Mattioli等人分别通过七种独立的实验设计，包括对Cntnap2 -/-小鼠的同笼饲养实验、分离饲养实验、无菌小鼠粪菌移植实验、罗伊氏乳杆菌（(Lactobacillus reuteri）干预实验、四氢生物喋呤（BH4）干预实验、催产素干预实验以及Sepaapterin还原酶抑制剂干预实验，对小鼠进行社会行为学分析、微生物组学分析以及代谢组学分析。Cntnap2 -/-小鼠，是经典的Cntnap2基因（接触蛋白相关蛋白2基因，又称自闭症基因）敲除所致的神经发育障碍模型，表现出类似自闭症谱系疾病（ASD）的社交能力受损以及多动症。作者通过上述严谨的实验设计发现：1）遗传因素和微生物因素调节ASD小鼠模型中不同类型的行为，Cntnap2突变影响小鼠自发活动，而菌群结构改变影响小鼠的社交行为；2）罗伊氏乳杆菌干预可以改善Cntnap2 -/-小鼠的社交缺陷，但不能缓解小鼠的多动症；3）微生物群诱导的代谢产物（尤其是BH4）选择性地改善了Cntnap2 -/-小鼠的社交缺陷，而非多动症；4）罗伊氏乳杆菌和BH4改善Cntnap2 -/-小鼠社交行为的机制可能是选择性的介导神经元的突触传递。通过本研究，作者证实了社交行为表型由微生物菌群决定，而自发行为（如运动能力及运动水平）更多的取决于遗传因素。
概要：传统研究认为，许多神经系统疾病的核心症状是由遗传突变影响了大脑的发育及功能引起的。但是，作为另一个重要的变量，肠道微生物群也会影响特定行为的发生。因此，明白宿主遗传突变、肠道微生物群及其二者间互作在个体复杂行为中的作用至关重要。我们的研究出乎意料的发现，神经发育障碍模型小鼠（Cntnap2 -/-小鼠）的遗传突变和肠道微生物群调节了不同的适应不良行为。Cntnap2 -/-小鼠的多动症表型由宿主遗传突变引起，而社交行为表型是由肠道微生物群介导的。有趣的是，通过上调四氢生物喋呤合成途径的代谢物，特定的微生物干预选择性的改善了Cntnap2 -/-小鼠的社交缺陷。我们的研究表明导致行为异常的原因可能是不同的（如遗传因素与微生物因素），通过本研究可能也会改变我们对神经系统疾病及其治疗方法的看法。
关键词：全基因组，神经系统疾病，社会行为，多动症，罗伊氏乳杆菌，四氢生物蝶呤，肠-脑轴，催产素
原名：Dissecting the contribution of host genetics and the microbiome in complex behaviors
译名：深入剖析遗传因素和微生物因素在宿主复杂行为中的作用
期刊：Cell
IF：38.637
发表时间：2021.03.10
通讯作者：Mauro Costa-Mattioli
通讯作者单位：美国贝勒医学院神经科学系
DOI号： 10.1016/j.cell.2021.02.009
原文链接：
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0092867421001598
图文摘要
科研| Cell：工业化导致人类微生物组水平基因转移率的提高
本文由弈轩编译
美国马萨诸塞州剑桥市麻省理工学院生物工程系的Eric J.Alm等人于2021年3月31日在Cell发表题为《Elevated rates of horizontal gene transfer in the industrialized human microbiome》的文章，本研究通过调查一系列工业化领域中的人体肠道微生物的群落变化，分析其水平基因转移（horizontal gene transfer，HGT）的速率和靶点。进一步发现HGT会在人体中不断积累且个体间存在明显的差异，这一差异与其宿主所经历的工业化的生活方式明显相关。即肠道细菌会根据宿主的生活方式不断获得新功能，高比率的HGT受到人类的工业化生活方式的影响。
摘要：工业化已经影响了人类肠道生态系统，导致微生物组组成和多样性的改变。细菌基因组是否也可以适应其宿主种群的工业化仍需大量研究。本研究中，我们调查了水平基因转移（horizontal gene transfer，HGT）的速率和靶点在跨越15种人口的数千种细菌菌株中的程度，这些细菌跨越了一系列工业化领域。研究发现HGT在最近几代宿主中已经发生微生物的积累，并且HGT在个体内以高频率发生。人类群体间的比较表明，工业化的生活方式与较高的HGT率有关，HGT的功能与宿主的工业化水平有关。我们的研究表明，肠道微生物群中的HGT反映了每个人类宿主独特的选择压力。因此，HGT模式可用于识别作用于每个个体的选择性力，从而获得对这些事件的更机械的理解。此外，我们的研究结果还表明，全基因组测序数据提供了有关单个微生物组功能的信息，而目前流行的方法（如16S扩增子和宏基因组测序）无法达到这样的精度。最后，人类肠道中HGT的高比率可能是工业化生活方式的最新发展，伴随着基因交换功能的变化。我们还需要进一步的工作来了解这些HGT频率和功能变化对人类健康的影响。
关键词：人体肠道微生物组、工业化城市化、生活方式、水平基因转移、细菌基因组学、宿主-微生物相互作用、文化组学、抗菌性、毒力
原名：Elevated rates of horizontal gene transfer in the industrialized human microbiome
译名：工业化导致人类微生物组水平基因转移率的提高
期刊：Cell
IF：38.637
发表时间：2021.3.31
通讯作者：Eric J.Alm
通讯作者单位：美国马萨诸塞州剑桥市麻省理工学院生物工程系
DOI号：10.1016/j.cell.2021.02.052
原文链接：
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867421002415
图文摘要
科研| Cell Host &Microbe: 健康的人类肠道菌群在5岁前的发育轨迹
本文由如风编译
瑞典哥德堡大学Sahlgrenska学院医学研究所Fredrik Bäckhed等人于2021年3月31日在Cell Host &Microbe发表题为《Developmental trajectory of the healthy human gut microbiota during the first 5 years of life》的文章，本研究使用16S rRNA基因测序分析法，对瑞典471名儿童从出生至5岁的粪便样本及他们母亲的样本进行了收集，并将其与瑞典成年人口的肠道菌群进行比较，发现了肠道菌群发育轨迹的个体动态性及演化特征。该研究为儿童早期肠道菌群的正常建立和发育研究提供了参考。
摘要：肠道是一个稠密的生态系统，其中的肠道菌群是在出生时建立的。然而，不同的细菌被纳入肠道菌群的演替过程仍然是相对未知的。在本文中，我们使用16S rRNA基因测序分析法分析了471名瑞典儿童从出生到5岁的肠道菌群，收集了儿童4个月、12个月后及3岁和5岁时，以及他们出生时母亲的样本。我们还将他们的肠道菌群与瑞典成年人口进行比较。我们发现属在建立过程中遵循4种不同的定植模式，甲烷短杆菌Methanobrevibacter和克里斯滕森菌科Christensenellaceae的定植较晚，并且在5年内菌群未达到成年水平。这些晚期定植的细菌与儿童和成人菌群α多样性增加相关。通过跟踪儿童的不同年龄群体类型特征，我们观察到儿童的肠道菌群发育轨迹具有个体动态性。
关键词：肠道菌群；16S rRNA；发育的肠道菌群；婴儿肠道菌群；剖腹产；纵向队列
原名：Developmental trajectory of the healthy human gut microbiota during the first 5 years of life
译名：健康的人类肠道菌群在5岁前的发育轨迹
期刊：Cell Host &Microbe
IF：15.923
发表时间：2021.3.31
通讯作者：Fredrik Bäckhed
通讯作者单位：瑞典哥德堡大学Sahlgrenska学院医学研究所
DOI号：10.1016/j.chom.2021.02.021
原文链接：
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1931312821001001
图文摘要