TCGA数据分析系列 蛋白相互作用网络

我们的TCGA数据分析系列已经出过几期

TCGA数据分析系列(一)

TCGA数据分析系列(二):数据库之GEPIA2

TCGA数据分析系列(二):UALCAN数据库

TCGA数据分析系列(二):LinkedOmics

TCGA数据下载与ID转换

TCGA差异分析及ggplot作图验证

TCGA数据分析系列之火山图

之前我们已经得到了差异分析结果,接下来我们做差异基因的蛋白相互作用网络

首先我们筛选adj.P.Val<0.01,logFC<-3和>3的基因,共有457个。接下来我们介绍两种方法进行蛋白相互作用网络的构建,并用cytoscape软件作图

1 Metascape数据库

http://metascape.org/gp/index.html#/main/step1

打开网站,将基因集复制进去

物种选择人,点击Expression Analysis

运行一会后,出现黄色按钮即可

这个网站不仅可以做蛋白相互作用分析,还可以富集分析,点击All in One Zip File可以下载所有分析结果和图,这里展示了富集分析中P值最小的前20个,值得一提的是,这个网站的富集分析吧所有的项目放在一起作图,包括Canonical Pathways, CORUM,GO Biological Processes,KEGG Pathway,Reactome Gene Sets

还有通路之间的网络关系

下面就是今天的主角,蛋白相互作用网络

PPI网络默认用了MCODE算法来识别网络的关键亚集,很多人选择hub基因就是通过这个方法选择

另外每个MCODE亚集还有单独的富集分析结果显示,不过这个图是没有高清的图可以使用的。

昨天组内课题汇报,也看到有人用这个网站做PPI分析,跟图里面一样,基因多的时候就都挤在一块了,那么有没有方法可以将图改变一下呢?

可以看到箭头指的方向可以下载CYS文件,而这个文件就是大名鼎鼎的可视化软件cytoscape的格式

我们下载后打开是这个样子的(需要提前安装cytoscape软件,百度搜索官网下载即可)

选中第一个MCODE,点击上面这个箭头所指的按钮

这样我们就吧MCODE1新开了一个界面

如图所示,就可以用自带的显示方式来显示MCODE1

字母被挡到了怎么办呢,选择Label Position可以进行调节

全部都选Center

出来是这个样子

再调整字体大小

这样就好看多了

当然还有其他很多展示方式可以选择,比如Circular

出来是这个效果,其实跟刚刚的图是一样的,只是半径变大了,半径可是可以设置的

再比如Radial

出来是这个效果

2 STRING数据库

https://string-db.org/

打开网站,输入基因集

选择物种

继续

出来的效果

去掉没有连线的基因

得到下图

下载TSV格式的文件

拖到cytoscape软件中

打开是这样的

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