NGS测序基础梳理02
本文图解Illumina测序平台，flow cell表面簇生成（Cluster Generation）过程。
写作时间：2020，有问题可留言或者我的公众号。
本文将了解到什么？
1 flow cell
2 簇生成
为何要进行簇生成？
簇生成步骤
1）文库与flow cell表面P5杂交与互补链合成
2）双链变性
3）桥式PCR扩增
4）反链切除
5）DNA链3'封闭
参考资料：
更好的阅读体验请戳：Illumina平台测序簇生成（Cluster Generation）图解
1 flow cell
为何要先介绍flow cell？
因为簇生成的过程发生在flow cell上。
flow cell简介
1）flow cell是一个玻璃片，上面有2个或8个泳道(lane)，有一元硬币那么厚，不同测序仪使用的flow cell可能不同，下图为一个8 lane flow cell：
不同平台可能对应不同的flow cell
2）flow cell表面都随机植入了大量与文库P5互补的序列及P7，如下图：
3）后面要介绍的簇生成和测序均发生在Lane里面；
2 簇生成
为何要进行簇生成？
单个DNA文库序列释放荧光信号太弱，不容易被检测到；多个拷贝的簇DNA文库序列可以放大荧光信号，可以理解为一个簇对应fastq中一条read。
簇生成步骤
1）文库与flow cell表面P5杂交与互补链合成
文库与flow cell表面P5杂交
DNA聚合酶作用下从3'到5'延伸合成互补链
互补链合成
2）双链变性
双链变性洗去文库，留下新合成的单链
留下新合成的单链
3）桥式PCR扩增
第一轮扩增
沿着箭头方向延伸扩增
桥式PCR扩增 形成双链的“桥”
桥式双链DNA结构变性
桥结构变性成两条分别和flow cell共价连接的链
第二轮桥式PCR扩增
杂交
沿着箭头方向延伸
结束第二轮PCR
桥式PCR N个循环后
多个桥变性
4）反链切除
留下与Flow cell上P7上的链
5）DNA链3'封闭
3’端被封闭，防止不必要的DNA延伸，簇生成到此结束
参考资料：
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