临床中运用的五运六气
五运六气嬗变于《易传·系辞》的“天五地六”说。在先秦典籍如《左传》《国语》多言“天六地五”，但自《易传·系辞》论述天地之常数以后，则变为“天五地六”。天五是以五行为始基的核心，沿五行系列发展成为五运；地六就是六气说，指风、寒、暑、湿、燥、火。所谓运气，即是五运于天，天气下降，六转于地，地气上升，五六相纲，即称五运六气。
五运六气源于自然，是从天体运行，五行运动，自然界风、热、火、湿、燥、寒变化，三阴三阳之气的运动变化规律中总结出来的一套自然界气象、气候、物候变化，人体与疾病变化的一门唯物唯象科学。用于说明和预测自然气象、气候、物候、人体生命和疾病规律并指导防病治病。
一说明自然界气象、气候的变化
我们知道，岁运能反映年与年之间的气化差异；主运主司一年五季正常的气化；客运则反映一年五季中的异常气化。天气是用三阴三阳的变化规律来说明风、热、火、湿、燥、寒六气中不同的气化；而主气主司一年正常的气化，反映各节气不同时段的气化特点；客气反映一年各节气中的异常气化规律。
初学者在说明和预测自然气象、气候、物候和人体发病的时候，首先要把握岁运、司天、在泉三个要素，分析三者的关系，就可以大致看出一年气化的主要特征。再进一步把握气化特征，则要进一步分析六气主客、五运主客及其与岁运、司天、在泉之间的相互关系。中医最重视天地人三者之间的关系。人活在天地之间，天动如何，地动如何，都会影响到人。天地运动有其规律，人的生长壮老已生理变化以及疾病的产生与治疗亦必然受天地规律影响。善中医者，必然要观天察地以应之于人；中医离不开规律，而规律是按周期变化的，所以五运六气是中医里真正的天人合一的学问。
二用于预测传染病的发生和预防
五运六气对《内经》原有理论框架是一次新突破：第一，它把疾病与天时的规律进一步系统化，《素问·六微旨大论》的“气交之分，人气从之，万物由之”，堪为古代的医学气象学，并以此提出了对疾病的预测。传染性疾病在我国古代被称为瘟疫、疫气、戾气、时气等，其特点是发病迅猛，症状相似，无问大小，皆相染易。根据运气理论可以及早做出预测并制定预防方案。
如2009年我国发生甲型H1N1流感疫病。在此年之前，可以预测分析该年的运气和发病特点：该年运气是太阴湿土司天，太阳寒水在泉，当年疫病病机以湿、寒为主。顾植山教授提前预测并指出：人禽流感的发病与寒湿之气的关联度很高，应加注意。初起用药宜偏辛温而忌过用寒凉，轻症病人用香苏散加味等治疗；重症病人需根据实际情况，随机应变，可参考用附子等大热之品通行上下，逐湿祛寒，慎用寒、下，多用温药；预防用仙术汤、食疗法等。
三预测疾病并指导预防
五运六气对自然生物、人体的影响是有规律可循的，除了说明和预测自然界的气象、气候变化，还可以用来预测人体疾病并指导预防。
在2017年，我们对2018年进行了分析预测。2018年是戊戌年，按照五运六气的预测，五运之中，是火太过，这是最主要的中运，也是大运，这个火太过会影响整个一年的气候。2018年的主运主要根据中运预测，火太过，自然就可以很好地预测其他五运的太过不及了。木不及——火太过——土不及——金太过——水不及2018年的客运其实就是以火太过作为开头，链接着后面的几个运：火太过——土不及——金太过——水不及——木太过。主客运结合起来，就是明年主要气候特点了。
主运：木不及——火太过——土不及——金太过——水不及。2018年戊戌年的司天在泉，主要是太阳寒水和太阴湿土。客运：火太过——土不及——金太过——水不及——木太过。因为太阴湿土为在泉，以太阴湿土为开端，三阴生一阳，所以初之气为少阳，少阳生阳明，阳明生太阳，太阳生厥阴，厥阴生少阴，少阴生太阴。故2018年的主要矛盾是火太过，金也太过，火克金太过。易发疟疾、气短、咳喘、痢疾、腹泻、浸淫疮，湿疹、青春痘、各种皮肤病、全身性的皮肤等。
四运用运气学说治疗疾病
《素问·六节藏象论》云：“不知年之所加，气之盛衰，虚实之所起，不可以为工矣。”运用运气学说治疗疾病，首先要认识疾病与运气的关系，确定发病病机，制定治疗原则，选择对症方药。具体体现：
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把握时间
把握时间，创立了五运六气与子午流注理论；今人研究出时间生物学和时间医学，其意亦在掌握生命的时间规律。比如，五运六气理论体系可以预测一个人的疾病。比如，水运不及之人，其易病肾、心、脾三脏。就肾病而言，逢土运太过之年则土乘水，其多在3岁、13岁、23岁等按10叠加的年龄发病；逢火运太过之年则火侮水，其多在7岁、17岁、27岁等按10叠加的年龄发病。同理亦可推出，心病在逢7岁及4岁按10叠加的年龄发病，脾病则在逢3岁和6岁叠加的年龄发病。当然，五运六气理论还可以指导临床用方用药，亦可指导用针用灸。 临床治病，遇到一些难治病症时，多先分析病人的五运六气，其目的即在于通过天人合一的思路来解除病症。
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体质分类
每个人的出生都是在某个时空框架之中，都会受那个时空的阴阳气机影响。因此，可以按五运六气理论，建立一套体质分类体系。按大运，五行各有太过、不及，可分为十类；按司天及在泉，可分三类，分别是：热燥、风火、寒湿。大运与司天、在泉结合，可分出30种组合。另外，再考虑主气、客气对于体质的影响，又可细分。主客加临可有20种组合，与前面的30种结合，则共可分出600种体质。再者，还可以分析出生时相的中运及司天、在泉、主气、客气，有的人五行平衡，有的则有所偏。五个因素中重复三个或以上的，或有两个因素各有重复的，即是特异体质，此类体质容易患病，且不易康复，养生及治病都需重视特异体质。
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孕妇养生
怀孕后应该如何饮食才能让宝宝更健康？除尽量不吃反季节以及非本地的食物之外，还可以利用五运六气的天地气化理论来调理体质。比如，若母体偏于火旺，怀孕时恰逢火运太过或火气司天之年，则易因火热内灼而出现阴虚体质，故孕妇可多吃些黑色养阴凉性的食物，如木耳、黑米、黑芝麻、墨鱼等，有利于预防火热亢盛。按此理，其他六气皆可类推。
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勿滥用五运六气分析病人的生死
一个人的死亡与许多因素相关，包括年龄、遗传、体质、心理、饮食、劳倦、起居、五运六气等，而绝不是仅仅与病情相关。再者，负面情绪（如恐惧、忧虑、悲伤、绝望等）会导致病情加重，甚至会加速病人的死亡。作为医生，绝不可以盲目预测病人的死期，并且通知病人。要知道，大部分人还是怕死的，若贸然告诉病人死期，非常容易导致病人心理崩溃，产生绝望和恐惧，甚至加速病人的死亡。即使医生有通鬼神、达玄妙的本事，也不应该如此吓唬病人。但按五运六气理论确实可以分析一个人的死期。只要知道其出生年月日，地点及平时所患疾病，即可预测到他的体质状况，再根据流年阴阳气机的不同，即能分析出其人在何月患病，何月加重，甚至何月会死亡。
五运六气是一个巨系统，其理论涵盖天文、历法及医理、物候、病象、生物、气象等多个方面。掌握这个巨系统不仅要学习天文、历法与中医，还要学习物候、气象等知识。古代大贤创立五运六气理论，正是依据天地万物变化规律以指导人的养生健康。故大医治病，必先察天地阴阳及五行六气盛衰变化，然后及之于人，则知病之所在与治病之法。学习中医亦需先明此理。
因此说，中医人必学五运六气。古人云：不明五运六气，读尽方书无济。这是极言运气学对于临床的重要性。