股权转让取得土地的土地增值税征免争议
土地使用权转让如何计征增值税？【播放】
股权转让是否征收土地增值税?想必我们是一样的纠结。“以股权转让名义转让房地产”是其实质行为，形式上，被转让公司资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，不征收土地增值税我们自己是不是也有点不好意思?
案例1
股权转让取得土地使用权是否征收土地增值税
桂林市地方税务局第一稽查局于2009年12月11日至2010年4月21日对玉柴营销有限公司进行了检查，检查情况如下:
基本情况：该公司成立于2004年3月5日，原位于桂林市叠彩区中山北路35号，后搬至南宁市秀厢大道27号办公，现任法人代表为姜天，财务核算现为吴雪莲负责。
2003年12月9日，玉柴营销有限公司以4 500万元的总价款购得位于桂林市中山北路35号的桂林机床股份有限公司大楼。
经核实，2007年10月30日玉柴营销有限公司与广西玉柴机器集团有限公司、库柏投资有限公司及广西玉林宾馆有限公司签署了广西玉林宾馆有限公司增资及股权转让协议，该公司以其玉柴营销大楼和对应的土地使用权及其他固定资产经中介机构评估作价172 048 388.27元（包括：房屋建筑物149 655 981.40元、土地使用权21 401 634.81元、机器设备990 772.06元）投资入股到玉林宾馆有限公司，占其18.18%的股权，其中1 000万元作为注册资本计入玉林宾馆有限公司“实收资本”账户，剩余162 048 388.27元记入玉林宾馆有限公司“资本公积”账户。
同时，玉柴机器集团有限公司和库柏公司分别以一元的价格将各自持有玉林宾馆有限公司部分股权转让给玉柴营销有限公司，从而玉柴营销有限公司共持有玉林宾馆有限公司70.06%的股权，以人民币17 207万元转让，股权转让价格与玉林宾馆评估的净资产价格按照1:1确定，广西玉柴机器股份有限公司已将转让款人民币17 207万元支付给玉柴营销有限公司。
问：玉柴营销有限公司股权转让的行为是否要征收土地增值税?
分析:
在这一案例背景下我们看到了继《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函〔2000〕687号）之后的又一征税文件，即《国家税务总局关于土地增值税相关政策问题的批复》（国税函〔2009〕387号：
广西壮族自治区地方税务局：
你局《关于土地增值税相关政策问题的请示》（桂地税报〔2009〕13号）收悉。
鉴于广西玉柴营销有限公司在2007年10月30日将房地产作价入股后，于2007年12月6日、18日办理了房地产过户手续，同月25日即将股权进行了转让，且股权转让金额等同于房地产的评估值。
因此，我局认为这一行为实质上是房地产交易行为，应按规定征收土地增值税。
第一，谁是纳税主体?
上述案例中广西玉柴营销有限公司应当是纳税主体，因为其是原玉柴营销大楼所有人。如果是国税函〔2000〕687号文件，谁应该是纳税主体?
国税函〔2000〕687号文件规定：
鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源(钦州)实业有限公司100%的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。
土地增值税纳税主体应该是深圳能源(钦州)实业有限公司呢还是深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司呢?说法不一。通常理解是，土地增值税是在转让不动产时需要交的税，交税主体是直接持有物业的公司主体，跟公司的股东没多大关系，但是取得收益的却是公司股东。
第二，业界对于国税函〔2000〕687号文件的争议。
《最高人民法院关于裁判文书引用法律、法规等规范性法律文件的规定》（法释2009〕14号）第六条规定：“对于本规定第三条、第四条、第五条规定之外的规范性文件，根据审理案件的需要经审查认定为合法有效的，可以作为裁判说理的依据。”
《最高人民法院关于印发〈关于审理行政案件适用法律规范问题的座谈会纪要〉的通知》（法〔2004〕96号）第一条规定：“人民法院经审查认为被诉具体行政行为依据的具体应用解释和其他规范性文件合法、有效并合理、适当的，在认定被诉具体行政行为合法性时应承认其效力；人民法院可以在裁判理由中对具体应用解释和其他规范性文件是否合法、有效、合理或适当进行评述。”
对于何谓“合法有效”，该通知第二条的解释是：如“下位法以参照、准用等方式扩大或者限缩上位法规定的义务或者义务主体的范围、性质或者条件”则不具有合法性。
《土地增值税暂行条例》第二条规定：“转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人，应依照本条例缴纳土地增值税。”
《税收规范性文件制定管理办法》自2017年7月1日起施行，该办法第七条规定：税收规范性文件可以使用“办法”“规定”“规程”“规则”等名称，但是不得称“条例”“实施细则”“通知”“批复”等。
上级税务机关对下级税务机关有关特定税务行政相对人的特定事项如何适用税收法律、法规、规章或者税收规范性文件的请示所作的批复，需要普遍适用的，应当按照该办法规定的制定规则和制定程序另行制定税收规范性文件。
该办法第二十八条规定：税收规范性文件应当以公告形式发布；未以公告形式发布的，不得作为税务机关执法依据。
之前的算不算?没说。国税函〔2000〕687号文件作为在特定情形下对个案的批复，有其特殊的指向，特别是该个案的背景等，其他案例并非与之完全一致。因此，能否广泛适用于各地，争议较大。
第三，股权转让比例是多少?
“以股权转让名义转让房产”，股权转让比例是多少才会被认定为算转让房产?也没有明确答案。按照国税函〔2000〕687号文件，转让100%的股权就要征收土地增值税，那么转让99.99%的股权就可以回避吗?
第四，即便征收土地增值税也不能认定股权转让行为无效。
转让房地产公司全部股权不能认定为变相转让土地使用权并以此确认股权转让合同无效。
一个判例是：湖南金长润科技实业有限公司、湖南兴嘉置业发展有限公司与深圳泰邦地产有限公司等股权转让合同纠纷案，详见最高人民法院(2012)民二终字第23号。
最高人民法院裁判要旨：
虽然公司的全部股权转让，但原属公司的建设用地使用权权属始终登记于公司名下，属于公司的资产，并未因股权转让而发生流转。因此，不能仅以受让了公司全部股权，而认定股权转让行为实为建设用地使用权转让行为。《城市房地产管理法》第三十九条有关“以出让方式取得土地使用权的，转让房地产时，属于房屋建设工程的，应完成开发投资总额的百分之二十五以上”的规定，明确规范的是转让房地产的行为而非公司股权转让行为，该案合同约定标的物及实际转让的标的物并非房地产而均是公司股权，故关于应依据上述规定确认股权转合同条款无效的主张，法律依据不足。
最高人民法院认为，关于该案股权转让合同条款的效力问题，就该案各方当事人诉争的兴荣公司的股权，兴嘉公司等通过与泰邦公司于2006年3月31日签订的《权转让及合作协议》，以及通过和金长润公司共同与泰邦公司于2006年7月5日签订的《湖南兴荣投资有限公司股东股份转让协议》将兴荣公司30%的股权转让给泰邦公司；其后，2010年1月31日兴嘉公司、金长润公司又通过与泰邦公司签订的《股权内部转让合同书》及其《补充协议》，以及2010年2月1日签订的《湖南兴荣投资有限公司股东股份转让协议》将兴荣公司70%的股权转让给泰邦公司。
上述两次股权转让后，虽然金长润公司和兴嘉公司将兴荣公司的全部股权转让给了泰邦公司，但原属兴荣公司的浅水湾项目建设用地使用权权属始终登记于兴荣公司名下，属于兴荣公司的资产，并未因股权转让而发生流转。因此，不能仅以泰邦公司受让了兴荣公司全部股权，而认定该两次股权转让行为实为建设用地使用权转让行为。《城市房地产管理法》第三十九条有关“以出让方式取得土地使用权的，转让房地产时属于房屋建设工程的，应完成开发投资总额的25%以上”的规定，明确规范的是转让房地产的行为而非公司股权转让行为，本案合同房地产的物及实际转让的标的物并非房地产而均是公司股权，故金长润公司、兴嘉公司关于应依据上述规定确认本案股权转合同条款无效的主张，法律依据不足，最高人民法院不予支持。
原审判决对本案合同效力认定正确，最高人民法院予以维持。因二公司所主张的合同条款无效的前提不成立，故其以合同条款无效为由提出的要求泰邦公司、合荣讯公司、海尔地产公司、丰盛集团公司向其返还股权或者折价赔偿损失的上诉请求亦不能成立，对其请求最高人民法院不予支持。因在前述两次股权转让中兴嘉公司均转让了其所持股份，故该公司有权一并请求人民法院确认两次转让行为的效力。该公司起诉时并未针对两次股权转让合同的全部当事人分别提起两个不同的合同效力确认之诉，故本案不涉及合并审理规则的适用，泰邦公司、兴荣公司关于两次股权转让合同不应合并审理的上诉理由，最高人民法院不予采信。金长润公司、兴嘉公司请求泰邦公司返还所受让兴荣公司100%的股权的诉讼请求，最高人民法院不予支持。
第五，股权收购项目后续开发还有增值税计税方法的税务风险。
案例2 股权收购项目后续开发应如何进行税务分析
A公司2016年9月通过法院判决取得某公司写字楼（未装修）一座，折合价款8 000万元，该写字楼已过户至A公司名下，2019年6月A公司由于资金紧张欲出售该写字楼给B房地产开发公司，B公司看中该写字楼周边便利的交通环境能够提升写字楼精装修后升值空间。鉴于该写字楼目前评估价值11 000万元，且A 公司账面除该写字楼外，并无其他实质性资产，A公司实收资本1 000万元，双方拟定以股权转让方式完成该笔业务交易，股权转让价值12 000万元。
假如您是B公司，需判断是否值得投资。主要涉及以下方面：
（1）股权转让是否征收土地增值税?假设该地方税务机关无征税先例。
（2）能卖多少钱?至少卖多少钱不亏?假设B房地产公司准备收购A公司股东股后继续开发该写字楼，准备精装修后分割出售。
（3）B公司需要投入多少成本?
（4）B公司要缴纳多少税?
（5）B公司净利润有多少?
分析：
B公司预计精装修成本4 000万元，可实现销售收入20 000万元；
应交增值税为(20000-8000)/(1+5%)×5%=571.43(万元);
应交城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加为571.43×12%=68.57(万元);
土地增值税清算收入为20 000/(1+5%)=19047.62(万元);
土地增值税扣除项目金额为(8000+4000)×(1+20%+10%)+68.57=15668.57(万元);
增值额为19047.62-15668.57=3 379.05(万元);
增值率为3 379.05/15 668.57×100%=21.57%:
适用税率30%;
应交土地增值税为3 379.05×30%=1013.72(万元);
账面利润为19 047.62-8000-4 000-68.57-1 013.72=5965.33(万元);
应交企业所得税为5 965.33×25%=1491.33(万元);
账面净利润为5 965.33-1 491.33=4 474(万元);
实际净利润为20000-(12000-1 000)-4000-571.43-68.57-1 013.72-1 491.33=1 854.95(万元);
净投资收益率为1 854.95/(12000-1 000+4 000)×100%=12.37%。
B公司结论是：该项目值得投资。
真是这样吗?小编分析如下：
1．增值税计算方式有误。
B公司通过收购A公司股东股权取得对于A公司控制权，A公司账面资产计税基础保持不变，B公司应以A公司为主体计算应交增值税。
预计精装修成本4 000万元，假设可以取得进项税额500万元，可实现销售收入20 000万元，销项税额为
20 000/(1+9%)×9%=1651.38(万元)，应交增值税1 651.38-500=1 151.38(万元)。
还有8 000万元购置成本可以扣除进项税额吗?对不起，只有法院判决手续，无不动产转让增值税专用发票，无法抵扣进项税额。
2．土地增值税计算方式有误。
A公司土地增值税清算收入为20000-1 651.38=18 348.62(万元);
应交城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加为1151.38×12%=1 38.17 (万元);
A公司所在地税务机关对于企业购买在建房地产开发项目后进行继续建设再转让，土地增值税清算时、其购买在建项目所支付的价款及税金允许扣除，但不得作为取得土地使用权所支付的金额和房地产开发成本加计20%的扣除；后续建设支出扣除项目的处理按照《土地增值税暂行条例》第六条及《土地增值税暂行条例实施细则》第七条相关规定执行。
例如《天津市地方税务局关于土地增值税清算有关问题的公告》（天津市地方税务局公告2016年第25号）第七条规定：受让的在建工程再转让进行土地增值税清算时，取得在建工程支付的金额，能提供合法有效凭证的，允许据实扣除，但不能加计扣除，后续投入的各项开发成本及费用按照土地增值税清算的有关规定处理。
因此，土地增值税扣除项目金额为8000+(4000-500)×(1+20%)(8000+4000-500)×10%)+138.17=13488.17(万元):
增值额为18348.62-13488.17=4 860.45(万元);
增值率为4 860.45/13 488.17×100%=36.03%
适用税率为30%;
应交土地增值税为4 860.45×30%=1458.14(万元)。
账面利润为18 348.62-8000-(4000-500)-138.17-1458.14=5252.31(万元)，
应交企业所得税为5252.31×25%=1 313.08(万元)，账面净利润为5252.31-1313.08=3 939.23(万元)。实际净利润为20 000-(12000-1 000)-4000-1 151.38-138.17-1 458.14-1 313.08=939.23(万元)。净投资收益率为939.23/(12000-1 000+4000)×100%= 6.26%。
由此，小编的结论是：该项目勉强可以投资，若算上未统计在内的管理费用、销售费用则可能不值得投资。
由以上分析看出，B公司通过股权收购方式获取的不动产其原始取得时间在2016年5月1日前后有根本区别，在2016年4月30日前取得增值税可以选择适用简易计税方法。在2016年5月1日后取得增值税只能适用一般计税方法，且法院判决书不能代替增值税专用发票无进项税额可以抵扣，这种特殊情形能否选择简易计税方法呢?目前并无政策允许这样做。
如果A公司取得2016年4月30日前法院判决的不动产又该如何处理呢?
假如A公司取得2016年4月法院判决某公司写字楼（未装修）一座，折合价款8 000万元，其他条件不变，B房地产公司股权收购A公司后继续开发该写字楼精装修后出售，预计精装修成本4 000万元，可实现销售收入20 000万元。。
应交增值税为(20000-8 000)/(1+5%)×5%=571.43(万元);
应交城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加为571.43×12%=68.57(万元);
土地增值税清算收入为20000/(1+5%)=19047.62(万元);
土地增值税扣除项目金额为8000+4000×(1+20%)+(8000+4000)×10%+68.57=14068.57(万元);
增值额为19047.62-14 068.57=4 979.05(万元);
增值率为4 979.05/14 068.57×100%==35.39%;
适用税率30%;
应交土地增值税为4 979.05×30%=1493.72(万元);
账面利润为19047.62-8 000-4 000-68.57-1 493.72=5485.33(万元);
应交企业所得税为5 485.33×25%=1 371.33(万元);
账面净利润为5485.33-1 371.33=4 114(万元);
实际净利润为20000-(12000-1000)-4000-571.43-68.57-1 493.72-1 371.33= l 494.95（万元）；
净投资收益率为1 494.95/(12000-1 000+4000)×100%=9.97%。
结论是：该项目虽然投资收益率不高，但是也比增值税一般计税方法下获利多了。