收藏！合作建房的财税处理与税收筹划
“合作建房”，就税务角度而言，是一个既熟悉又陌生的话题。说它熟悉在于大家经常在日常生活或工作中有提到，说其陌生在于大家对其的税务处理并不熟悉，这主要在于税收政策对其规定并不十分明确。
为此小编在潜心研读了国家税务总局及重庆市税务局的规定，参考多位业界专家的文章后，对“合作建房”的税务处理做一个小小的总结。
欲弄清楚合作建房的财税处理
首先得搞清楚什么是“合作建房”
下面小编就从不同视角来
分析合作建房的含义
司法解释对“合作建房”的定义
关于审理房地产管理法施行前房地产开发经营案件若干问题的解答（法发【1996】第2号）第18条规定：
享有土地使用权的一方以土地使用权作为投资与他人合作建房，签订的合建合同是土地使用权有偿转让的一种特殊形式，除办理合建审批手续外，还应依法办理土地使用权变更登记手续。未办理土地使用权变更登记手续的，一般应当认定合建合同无效，但双方已实际履行了合同，或房屋已基本建成，又无其他违法行为的，可认定合建合同有效，并责令当事人补办土地使用权变更登记手续。
即“合作建房”至少需要满足以下基本要件：
1⃣️土地使用权需要进行变更（变更为合作方共有）
2⃣️后续开发需要联合报建
在“合作建房”的开发模式下
并不需要单独成立项目公司
同时，法发【1996】第2号第22条对“合作建房”的实质也作出了比较准确的表述：
名为合作建房，实为土地使用权转让的合同，可按合同实际性质处理。
把握经济业务的交易实质，是我们对该项经济业务如何进行税务处理关键所在，尤其是在税法相关规定不明确的前提下。
当然上述对“合作建房”的定义只是狭义上的“合作建房”，广义上的“合作建房”，除了上述所言的狭义“合作建房”外，还包括“合作开发房地产”。
那么何为“合作开发房地产”呢
它和“合作建房”又有说明区别呢
司法解释对“合作开发房地产”的定义
最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释（法释【2005】5号）第十四条、第二十四条至第二十七条，对“合作开发房地产”的经济行为规定如下：
👉第十四条 本解释所称的合作开发房地产合同，是指当事人订立的以提供出让土地使用权、资金等作为共同投资，共享利润、共担风险合作开发房地产为基本内容的协议。
👉第二十四条 合作开发房地产合同约定提供土地使用权的当事人不承担经营风险，只收取固定利益的，应当认定为土地使用权转让合同。
👉第二十五条 合作开发房地产合同约定提供资金的当事人不承担经营风险，只分配固定数量房屋的，应当认定为房屋买卖合同。
👉第二十六条 合作开发房地产合同约定提供资金的当事人不承担经营风险，只收取固定数额货币的，应当认定为借款合同。
👉第二十七条 合作开发房地产合同约定提供资金的当事人不承担经营风险，只以租赁或者其他形式使用房屋的，应当认定为房屋租赁合同。
即“合作开发房地产”包括了前述的“合作建房”，且必须要求经营风险共担。若不承担经营风险，则需要按照转让土地使用权、房屋买卖、借款或房屋租赁等经济业务来进行认定。
除司法解释外
税法规定也在不同程度对“合作建房”进行了定义
税法对“合作建房”的定义
在税法相关规定中，流转税、企业所得税和土地增值税分别在不同程度对“合作建房”的方式给予了定义。
01
流转税对“合作建房”之规定
在营业税时代，国税函发[1995]156号第十七条对“合作建房”进行了定义：
合作建房，是指由一方（以下简称甲方）提供土地使用权，另一方（以下简称乙方）提供资金，合作建房。在对合作方式的约定时，也从业务实质分为“以物易物”【分交换所有权和使用权两种类型】、“成立合营公司”【分风险共担还是非风险共担】两大类进行了说明。
显然该规定基本上与司法解释的“合作开发房地产”保持高度的一致性，除基本定义之外，在对“合作建房”存在的多种方式也基本上与司法解释（法释【2005】5号）保持一致。
但是进入增值税时代之后呢，税法在流转税方面对“合作建房”的含义没有再作出具体规定。
02
企业所得税对“合作建房”之规定
国税发【2009】31号文第五章特定事项的税务处理中有对联合开发房地产的税务处理做了专门的规定，但是并没有对联合开发房地产进行定义。
我们从该章规定的只言片语中不难发现，企业所得税所谓的“联合开发”分为以下两大类：
（1）不成立项目公司：区分分配开发产品和分配利润做不同的税务处理。
（2）将土地投资成立项目公司分配产品的税务处理。
从上述分析可以看出，企业所得税对联合开发并没有其他更多的限制，也不强调风险共担，只需要存在双方即算是“联合开发”，更符合前述司法解释的广义“合作建房”。
03
土地增值税对“合作建房”之规定
在国家税务总局层面，财税字【1995】48号对“合作建房”有一个比较笼统的说法：
对于一方出地，一方出资金，双方合作建房，建成后按比例分房自用的，暂免征收土地增值税；建成后转让的，应征收土地增值税。
从“建成后按比例分房自用的，暂免征收土地增值税”字面可以看出，这类合作肯定是没有成立独立法人公司的，更符合司法解释法发【1996】第2号的定义，属于狭义的“合作建房”。
当然，在土地增值税层面，各地的税务局也存在不少规定，但基本上是在国家税务总局的基础上，对税务如何处理的可操作性进行规定，而不是对什么叫“合作建房”进行定义。
那么对于各种类型的“合作建房”
涉税处理到底是怎么样的呢
下面来详细地讨论一下
“合作建房”的财税处理
流转税【含附加税费】税的涉税处理
对于“合作建房”的流转税处理，在以前营业税时代，国家税务总局的国税函发[1995]156号对其做了非常明确的规定，但是“营改增”以后，增值税该如何处理并没有明确的规定。
因此小编认为：应当遵循经营业务的实质，按经营业务的实质来进行流转税税务处理【此处只讨论增值税的处理】。
方式一
不成立独立法人公司，一方出地，一方出资金建成后分房的“合作建房”。
在出地环节，应当视同“以物易物”进行税务处理。即出地方以转让部分土地使用权为代价，换取部分房屋的所有权，发生了转让土地使用权的行为；出资方则以转让部分房屋的所有权为代价，换取部分土地的使用权，发生了销售不动产的行为。合作双方应分别按照“转让土地使用权”和“销售不动产”进行增值税处理。
在对分配后的房屋进行再销售时，各自按照“销售不动产”进行增值税处理。
方式二
成立独立法人公司，风险共担的合作方式。
在出地环节，即出地方将土地使用权进行投资，应该视同销售，缴纳增值税。
方式三
不承担风险，只取得固定利益。
该类合作方式，根据取得的实际利益类型【参考法释【2005】5号第二十四至二十七条】，分别适用不同的增值税相关规定。如：出资方只收取固定的货币资金利益，则整个合作协议实质为借款协议，参照借款经营业务进行增值税处理。
企业所得税的涉税处理
就企业所得税而言，若成立了独立的法人公司，出地环节按照以不动产出资进行税务处理。企业以换取开发产品为目的，将土地使用权投资其他企业房地产开发项目的，按以下规定进行处理：
若企业应在首次取得开发产品时，将其分解为转让土地使用权和购入开发产品两项经济业务进行所得税处理，并按应从该项目取得的开发产品（包括首次取得的和以后应取得的）的市场公允价值计算确认土地使用权转让所得或损失。
对于不成立项目公司的“合作建房”，根据国税发【2009】31号文第五章特定事项的税务处理规定，按照以下规定进行企业所得税的处理：
1⃣️凡开发合同或协议中约定向投资各方（即合作、合资方，下同）分配开发产品的，企业在首次分配开发产品时，如该项目已经结算计税成本，其应分配给投资方开发产品的计税成本与其投资额之间的差额计入当期应纳税所得额；如未结算计税成本，则将投资方的投资额视同销售收入进行相关的税务处理。
2⃣️凡开发合同或协议中约定分配项目利润的，应按以下规定进行处理：
（1）企业应将该项目形成的营业利润额并入当期应纳税所得额统一申报缴纳企业所得税，不得在税前分配该项目的利润。同时不能因接受投资方投资额而在成本中摊销或在税前扣除相关的利息支出。
（2）投资方取得该项目的营业利润应视同股息、红利进行相关的税务处理。
财产行为税的涉税处理
“合作建房”财产行为税的涉税处理只针对狭义的“合作建房”进行讨论。
1. 土地增值税的涉税处理
根据国家税务总局财税字【1995】48号之规定：对于一方出地，一方出资金，双方合作建房，建成后按比例分房自用的，暂免征收土地增值税；建成后转让的，应征收土地增值税。
很明显，财税字【1995】48号文只对出地环节土地增值税的规定比较明确，对于建成后转让如何征收土地增值税并没有明确规定。
对于建成后转让环节如何征税，全国各地规定略有不同，其中重庆市税务局规定如下：
👉在出地环节，出土地方取得除分回房产以外的收入的（货币性收入及其他经济利益），应缴纳土地增值税，可扣除的土地成本为：取得土地总成本×收入÷（收入＋转让土地计税营业额）。
👉建成后再销售环节，按下列规定处理：
对出土地方房屋初始确权后再转让的，应按规定征收土地增值税，同时将合作建房时转让出的土地历史成本调整为房屋建造成本，按规定予以计算扣除。
对出资金方房屋初始确权后再转让的，应按规定征收土地增值税，同时将合作建房时发生的还建房支出调整为取得土地使用权支付的地价款，按规定予以计算扣除。
【备注：建成后的税务处理政策规定为重庆市地方税务局公告2017年第3号文，该文件全文失效。但是2019年度重庆税务局出版的《财产行为税管理手册》中提到的合作建房分房后再销售的，仍然按该规定处理。】
2. 土地使用税、房产税的涉税处理
土地使用税：根据合建协议之约定或登记的共有产权分摊分别缴纳；
房产税：由实际使用人缴纳，属于公共使用的，按照使用面积分摊缴纳。
3. 契税的涉税处理
关于“合作建房”契税的处理，主要参考文件为财税[2000]14号和财税[2004]91号。
出地方：不涉及契税。
出资方：根据取得的土地使用权的比例缴纳契税，其计税依据为取得相应比例土地使用权的成交价格。
那么该成交价格是按
房屋的市场价值【合作建房本质为以房换地】
还是按出地方取得的房屋的建安成本呢？
小编个人观点更偏向于后者。
因为出资方为获得该土地使用权实际付出的成本就是分出去房屋对应的土地成本。鉴于税收政策没有明确规定，所以实务中存在一定争议。
4. 印花税的涉税处理
根据经营业务经济实质，按照“以物易物”销售合同缴纳印花税，合作双方均需缴纳。
狭义“合作建房”的财务处理
因为在“合作建房”中，不成立项目公司，那么该开发项目如何进行财务处理呢？
小编认为总体原值应该是将该“开发项目”视同一个独立的会计主体，单独核算其成本和费用。成本、费用的发票抬头按照谁支付开谁票的原则进行【就企业所得税角度而言，可以由一家开具发票，再根据费用分割单分摊各自承担的费用。但是就增值税角度而言，没有办法通过分割单来分摊抵扣进项税额】。待建成进行产品分配后，再将各自承担的成本支出转入开发产品。
一个关于“合作建房”的判例
【一审案号：案号：（2017）豫0122行初82号；
二审案号：（2018）豫01行终493号】
在此对该案例做一个简单的评析
案情·回顾
- BRSINTC -
时间点
当事人
2010年7月7日
郑州同盛药业有限公司
（以下简称“同盛药业”）
平顶山市昌茂房地产开发有限公司
（以下简称“昌茂公司”）
签订合同
2010年7月7日，两家公司共同签订了《合作建房协议书》及《补充协议书》各一份，约定由同盛药业提供工业用地和前期办理各项手续费用，昌茂公司承担全部建设资金9600万元，合作建设研发生产展销中心大楼，在整个合作过程中，昌茂公司不承担任何经营风险，只在房屋建成后分得约定的房屋。
产生纠纷
大楼建成后，双方按照《合作建房协议书》第2.2条款约定对大楼产权进行分割后各自分得约定的房屋产权，按照《补充协议书》第四条约定，昌茂公司最终取得房产所占用范围内土地使用权和距离大楼东墙10米范围内的土地使用权。然而不久，双方便在合作过程中发生纠纷。
对簿公堂
双方诉诸法院，郑州高新技术产业开发区人民法院的（2015）开民初字第2385号民事判决书和郑州市中级人民法院（2016）豫01民终5797号民事判决书均认定《合作建房协议》和《补充协议书》有效，同盛药业和昌茂公司根据这两份判决书对昌茂公司应分配的房屋进行了过户。
过户完税
依据相关规定，在过户之前要先行完税。同盛药业首先提交的【昌茂公司应分配】房屋评估价格为58,651,595.00元，税务机关认为评估价格偏低，税务机关委托的评估公司对该处房地产建议评估价为每平方米4500-5200元。后同盛药业重新聘请评估师进行评估，评估价格为98,370,277.01元，并根据该评估价格在税务大厅缴纳了土地增值税、印花税、地方教育附加、教育费附加、城市维护建设税合计9,806,145.52元、增值税（建筑物-二手房）4,684,298.91元税费。
税务问题
在房屋过户后，同盛药业认为流转税计税依据有误，应该是58,651,595.00元，而不是后续评估的98,370,277.01元。于是同盛药业向主管税务机关提出重新核定流转税的计税依据。主管税务机关予以拒绝。
为此，同盛药业先是提税务行政复议，在对复议结果不满意后将主管税务机关和复议税务机关向中牟县人民法院提起行政诉讼。
法院·判决
- BRSINTC -
本案争议焦点
① 同盛药业和昌茂公司是否构成合作建房以及计税依据是否合理。
② 同盛药业主管税务机关是在认为不构成合作建房的基础之上，按照企业提供的评估报告来征收其流转税的。
法院审理认为
经开区地税局对同盛药业作出的按照不动产交易以98370277.01元作为计税价格征收增值税的决定，被告郑州新区地税局维持被告经开区地税局征收决定的复议决定，证据确凿，适用法律、法规正确，符合法定程序。
同盛药业的诉讼请求，缺乏事实根据和法律依据，依法应予驳回。
案例·点评
- BRSINTC -
《最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十五条：合作开发房地产合同约定提供资金的当事人不承担经营风险，只分配固定数量房屋的，应当认定为房屋买卖合同。
根据前述司法解释的规定，虽然郑州高新技术产业开发区人民法院的（2015）开民初字第2385号民事判决书和郑州市中级人民法院（2016）豫01民终5797号民事判决书均认定《合作建房协议》和《补充协议书》有效，但并不是对其经营业务的性质进行判定。显然同盛药业和昌茂公司并不构成合作建房。
同盛药业第一次提交纳税申报提交资料时出具的评估报告显示转移登记的房产评估总价为58,651,595.00元，税务局认为交易价格明显偏低，并进行了核实，税务机关委托的评估公司对该处房地产建议评估价为每平方米4500-5200元。基于此，根据上述规定，税务局有权按照合理方法核定原告应纳税额。故此，同盛药业自行委托评估公司对该处房地产的计税价值和重置价值进行评估，经评估，计税价值为98,370,277.01元，评估单价每平方米4522元，税务局对同盛药业提交的该评估结论予以采纳，作为计税价格，并无不当。
合作建房中土地增值税探讨
前 言
2017年8月21日，国土资源部住房城乡建设部关于印发《利用集体建设用地建设租赁住房试点方案》的通知【国土资发〔2017〕100号 】“为增加租赁住房供应，缓解住房供需矛盾，构建购租并举的住房体系，建立健全房地产平稳健康发展长效机制，国土资源部会同住房城乡建设部根据地方自愿，确定第一批在北京、上海、沈阳、南京、杭州、合肥、厦门、郑州、武汉、广州、佛山、肇庆、成都等13个城市开展利用集体建设用地建设租赁住房试点，制定了《利用集体建设用地建设租赁住房试点方案》”。
集体建设用地可以用来建设租赁住房，实际上是赋予了集体对集体土地享有建设商品性住宅的开发权，虽然只是对集体土地利用的一个突破，但其价值在于国家将放弃对土地开发权的垄断。合作建房作为特殊的房产开发模式有了政策支持，有望释放政策红利。
但从税收法律法规的制定来看，其实目前国内对合作建房的性质、是否需要缴纳土地增值税至今未有上位法的依据，且合作建房涉及大量的村企合作以及地方政府各利益主体的博弈，因此总体而言，合作建房的土地增值税税收处理势必会存在各地、各区域自由裁量与自行解释和适用相关税收政策的空间。本文对合作建房相关的土地增值税进行探讨。
一、合作建房的法律性质
对合作开发房地产合同的法律定性主要见于《最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》（法释[2005]5号）的规定，该司法解释第十四条：“本解释所称的合作开发房地产合同，是指当事人订立的以提供出让土地使用权、资金等作为共同投资，共享利润、共担风险合作开发房地产为基本内容的协议”。
就合作开发房地产合同的认定方面，该司法解释中进行了如下的区分和认定：“第二十四条：合作开发房地产合同约定提供土地使用权的当事人不承担经营风险，只收取固定利益的；应当认定为土地使用权转让合同。第二十五条：合作开发房地产合同约定提供资金的当事人不承担经营风险，只分配固定数量房屋的，应当认定为房屋买卖合同。第二十六条：合作开发房地产合同约定提供资金的当事人不承担经营风险，只收取固定数额货币的，应当认定为借款合同。第二十七条：合作开发房地产合同约定提供资金的当事人不承担经营风险，只以租赁或者其他形式使用房屋的，应当认定为房屋租赁合同”。
合作建房属于合作开发房地产的典型模式，其认定亦遵循上述逻辑。根据上述司法解释对合作开发房地产的定义，合作开发房地产或合作建房应具备三个法律特征：一是共同出资；二是共享利润；三是共担风险。
合作建房中面临最大的税务问题系土地增值税问题。合作建房作为一种特殊房地产开发方式。但实际中，由于历史情况复杂、旧城改造等原因导致合作建房的形式多种多样，在税收政策适用上也不够明确。
二、合作建房土地增值税相关规定
(一)《财政部国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字【1995】第048号)“二、关于合作建房的征免税问题。对于一方出地，一方出资金，双方合作建房，建成后按比例分房自用的，暂免征收土地增值税；建成后转让的，应征收土地增值税”。
（二）《财政部国家税务总局关于继续实施企业改制重组有关土地增值税政策的通知财税》（财税【2018】57号）
“二、按照法律规定或者合同约定，两个或两个以上企业合并为一个企业，且原企业投资主体存续的，对原企业将房地产转移、变更到合并后的企业，暂不征土地增值税。
三、按照法律规定或者合同约定，企业分设为两个或两个以上与原企业投资主体相同的企业，对原企业将房地产转移、变更到分立后的企业，暂不征土地增值税。
四、单位、个人在改制重组时以房地产作价入股进行投资，对其将房地产转移、变更到被投资的企业，暂不征土地增值税。
五、上述改制重组有关土地增值税政策不适用于房地产转移任意一方为房地产开发企业的情形”。
（三）广州市地税局《关于印发土地增值税清算工作若干问题处理指引（续二）的通知》（穗地税函[2010]170号）
“十二、对于以下合作建房形式开发房地产项目的，如何确认有关收入和扣除项目金额问题（一）一方出地、一方出资合作开发房地产项目，双方不成立合营企业，合作中出地方以转让部分土地使用权（房地产）为代价，换取部分房地产所有权，出资方以转让部分房地产所有权为代价，换取部分土地使用权（房地产）。
对于上述出地方以转让部分土地使用权（房地产）为代价，换取部分房地产所有权的，按“187号文”第三条第一项确认收入，对于出资方以转让部分房地产所有权为代价，换取部分土地使用权（房地产）的，按“187号文”第三条第一项分别确认收入和取得部分土地使用权所支付金额。
（二）出地方以土地使用权（房地产）、出资方以货币资金作价入股，成立合营企业，从事房地产开发，建成后双方采取分配方式为：1. 风险共担，利润共享的；2. 按销售收入一定比例提成或提取固定利润的；3. 按一定比例分配房地产的。对于上述合营企业，以出地方土地使用权（房地产）作价入股时确认的评估价值作为取得土地使用权所支付金额；对于出地方，以土地使用权（房地产）作价入股时确认的评估价值作为转让土地使用权（房地产）所取得收入”。
三、合作建房的主要模式土地增值税分析
（一）以物易物合作建房
一方提供土地使用权，但是没有开发资质或者有开发资质但没有充足的资金进行开发，双方一方提供土地使用权，一方出资金，以合作的方式联合开发。以物易物这种合作建房模式的最大特点是：土地必须要过户。
在实务中通常需要政府的批准，拥有土地使用权的一方将土地以合作建房这种特殊的方式过户到有资金的一方，而后双方开始合作建房，房屋建成以后按照约定分配房屋。
所以在税法的角度里就认为，相当于一方以土地使用权去换得房屋，而有资金开发出房屋的一方用自己的部分房屋去换取了部分的土地使用权。
（二）成立合营项目公司的合作建房
1、一方提供土地使用权、另一方提供资金，成立合营项目公司合作建房，双方风险共担，房屋建成后，以合营项目公司名义对外销售，双方按约定比例分配税后利润或者分配房屋。
此种合作模式，如双方均不是房地产开发公司，符合《财政部、国家税务总局关于继续实施企业改制重组有关土地增值税政策的通知》（财税〔2018〕57 号）暂不征土地增值税的规定，否则提供土地方投资入股环节应征收土地增值税。合营项目对外销售房屋时应征收土地增值税，投资方分配税收利润时不征收土地增值税。
2、一方提供土地使用权、另一方提供资金，成立合营项目公司合作建房，房屋建成后，提供土地使用权一方不拥有房屋、而是按销售收入的一定比例提成，或收取固定数额的利润。一方收取的是一定比例提成或者固定的经济利益，属于将土地使用权转让给合营公司的行为，应对提供土地方征收转让土地使用权的土地增值税。合营项目公司对外转让房屋时，应征收土地增值税。
四、合作建房中出资方土地增值税的筹划
1、利用（财税〔2018〕57 号）做好企业分立。
按照财税〔2018〕57 号，在企业改制重组中分立暂不征土地增值税，通过分立出资方获得其对应的房产，出资方实现与提供土地使用权一方的资产分割。当然企业分立主要针对任意一方非房地产开发企业的情况。
2、利用股权转让退出
出资方在退出时可以采用股权转让的方式，根据最高院【(2014)民二终字第264号】由于转让股权和转让土地使用权是完全不同的行为，当股权发生转让时，目标公司并未发生国有土地使用权转让的应税行为，目标公司并不需要缴纳营业税和土地增值税。通过股权转让的方式退出不需要缴纳土地增值税。
3、合建房屋以租代售
根据财税字【1995】第048号)“对于一方出地，一方出资金，双方合作建房，建成后按比例分房自用的，暂免征收土地增值税；建成后转让的，应征收土地增值税”。笔者认为这里的转让主要是指产权的转让，不包括租赁，通过对外长租的方式实现资产的间接转让，从而实现暂免征收土地增值税的目的。
某房地产开发企业与某综合市场合作建房，协议主要内容如下：房地产开发公司对综合市场的一宗土地拥有共同使用权，土地面积8400平方米，综合市场取得时支付价款1300万元；房地产开发公司负责投入资金，并承担所有建设费用，进行房地产开发项目建设，项目完成销售后所得净利润双方按55：45的比例分成。
这宗合作建房土地增值税的取得土地使用权所支付的金额如何处理？
按通常的思路，确定合作建房的土地成本，要考虑合作建房的收益分配的结果。按照这个思路，综合市场分得的45%的净利润金额就是房地产开发公司取得土地的成本。
但是这个思路确定土地成本，其中包含一个无法解开的列死结，那就是要确定净利润就得先计算应当缴纳的土地增值税，但是要计算应当缴纳的土地增值税，又得先确定项目的净利润。如果这个死结解不开，说明这个思路本身就是错误的。
因此确定合作建房的土地成本，得换一个思路，这个思路就是按税收规则解决问题。
税收问题解决之路应当以税收法规确定的规则之路前行，而不能受会计处理的干扰。因此我们应当理顺房地产发公司与综合市场合作建设业务的税务实质。
合作协议中说房地产开发公司对综合市场的土地拥有共同使用权，但这宗土地在合作建房前由综合市场单独购买，土地使用权证登记的土地使用权人只有综合市场。
从当前合作建房要求来看，合作建房必须是双方共同拥有土地使用权。
再从合作建房项目的立项文件看，立项文件确定的项目建设单位只是房地产开发公司，而不包括综合市场，因此合作建房的项目是由房地产开发公司单独建设，而不是由双方共同建设。
根据以上的情况再来看合作中的双方税收关系。
房地产开发公司从事房地产开发必须取得土地使用权，否则无法取得项目文件，综合市场将其土地转移给房地产开发公司，从税收的角度看实质是向房地产开发公司销售土地，房地产开发公司取得土地的成本应当是其购买这块土地所支付的价款。
但在实际操作时，由于双方自认为是合作建房，并未按土地的市场价格确定双方的购销价格。
因此要确定房地产开发公司取得土地的成本，还需要对土地的市场价格进行评估，并完善相关的税务手续。
如果按照税收规则土地成本，也就是房地产开发项目的取得土地使用权所支付的金额，双方如何进行合作建房净利润分配？
两个方法：一是综合市场按土地价款先获得一部分利益，同时调整双方合作建房的净利润的分配比例；
另一是综合市场不收取土地价款，继续按双方约定的比例分配净利润。
合作建房的中的合作方式很多，有投资入股的；有一方出土地，另外一方承担建设资金的；有一方出土地，双方分别承担一部分建设费用。
合作建房的利益分配的方式也很多，以投入土地占投资比例分配利润的；以约定的固定比例分配利润的；分配开发的房产的；既分配房产，又分配利润的；土地提供方获得一笔固定收益的。
但是在合作建房的土地增值税计算中，无论合作方式如何，分配方式如何，应当首先理顺合作双方合作业务的税收实质，并根据这个税收实质来确定扣除项目金额。
合作建房的土地增值税及税务筹划
1
合作建房
通常房地产开发中合作建房业务，包括合作建房和合作开发。两者既有区别，又有一定联系。
合作建房，是指一方提供土地使用权，另一方提供资金，合作开发经营土地，建造房屋，根据事先约定分配新建房屋。合作建房通常不组建任联营体，只以协议形式存在;合作建房的各方通常将建造完工的房屋按照事先已达成的分配协议予以分配，各自成为相应部分的初始登记产权人。
合作开发合同，是指两个或两个以上的企业或企业、事业单位之间，通过签订合作开发合同，共同进行开发经营，获取开发利润的一种民事协议。合作开发实际是房地产联营合同。合作开发合同通常要组建以房地产开发经营为目标的企业法人或临时性的项目建设指挥机构。开发项目完成后，联营法人或联营机构通常将房屋进行销售以换回货币资金作为各自的利润。
2
土地增值税
土地增值税是对有偿转让国有土地使用权及地上建筑物和其他附着物产权并取得增值性收入的单位和个人所征收的税种。合作建房中涉及转让国有土地使用权，因此转让方应缴纳土地增值税。
3
合作建房合同法律性质
《最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条规定：“本解释所称的合作开发房地产合同，是指当事人订立的以提供出让土地使用权、资金等作为共同投资，共享利润、共担风险合作开发房地产为基本内容的协议”。
4
合作建房涉及土地增值税
依照《财政部国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》( 财税字[1995]48号，部分被修改)，合作建房，建成后自用，暂免土地增值税；建成后转让，征收土地增值税。
5
合作建房税务筹划
1、巧用企业改制重组进行企业分立
依照相关税收政策，企业改制重组中分立暂不征土地增值税。因此通过利用企业重组中的企业分立分取开发房产。
2、巧用股权转让间接转让土地使用权
根据最高院相关判例，转让股权和转让土地使用权是完全不同的行为。通过转让股权的形式间接转让国有土地使用权，并未发生土地使用权转让，因此不产生缴纳土地增值税义务。
3、以租代售进行经营
依照相关税收政策，合作建房，建成后自用，暂免土地增值税。合作建房结束后，可以长期租赁的方式获取利润，暂免征收土地增值税。