聊聊Bionano光学图谱
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...这一周感觉过了挺久，比较漫长。前天惊闻昨天的复试有要笔试，于是一天连翻三本书，眼睛并没有瞎掉，不过到现在都似乎还没恢复过来...考完就牙痛到去医院，结果这大半个月攒的钱全拿来看病啦，想来也是搞笑。也罢也罢，无病无痛，也暂时用不到什么钱，比过去几年负债的感觉好得多^_^....不用有压力的这一年下来，我个人还是比较开心的。
昨天复试，总要讲点东西，前面聊了下Pacbio的SMRT测序原理，大体是打算做全长转录组，估计是要建长短片段的文库
打听了下，这种转录组一个Cells大概是出1G的数据，那么一般是测8个G，问过朋友，却说不是以Cells计费，而是以数据量大小计费，这个比较有趣，我也没想明白，具体大家自己体会。
大体是打算建三个库，1-2kb 2~3kb，3kb以上，数据量大小是3：3：2，之后测过分析过再来聊聊体会吧，暂时也没分析过这类数据。
今天就大概记录下前几天顺便了解的bionano光学图谱的技术。这个技术，比较有趣，原理和切入点也很有趣。
也就是说，基因组很大，一个Chr很长，我们如果要看一个Chr的话，那么就像我们要看一个国家的整个地图，我们需要不断是放大区间，在这个不断地放大过程中，我们是看不到具体细节的，比如某个城市的某个房子的屋顶（对应某个具体碱基），只能看到一个国家边界的轮廓了。
这个应用到基因祖上，就是既然我们需要是是看整个国家的全貌，那么就不要纠结于具体碱基，而是找到一些线索，比如铁路站点，用这些作为标记，就可以直观的看到。
于是就是这项技术，大体做法
1. 提取完整度极其高的DNA，越长越好
2. 用识别7~8个碱基的核酸内切酶，切去双链中对应链上面的碱基，产生了一系列的缺刻
3. 用带有荧光标记的碱基，修复2.中的所有缺刻，得到了一条条特定酶切位点上有荧光标记的DNA长链
4. 通过纳米孔，批量通过有荧光标记的链，由于孔很小，只允许单链通过，所以此时可以直接对每一条链进行拍照
5. 拍照之后，就得到特点酶切标记（也就是特定的几个碱基模式）在染色体的分布情况。这些分布就像图谱一样，可以直接拿来做基因组组装的参考，因为，特别长。
所以。。。公司宣传常常又称之为 光学图谱
那为什么有三代了，还要整光学图谱...具体原因，我觉得，那就是三代再长，相比于光学图谱有也还是太短。
附上一张图
点击原文链接，跳转视频
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