Revigo，高大上地可视化GO富集结果 / 四六文摘

GO是Gene Ontology的简称,是基因功能国际标准分类体系.它旨在建立一个适用于各种物种的,对基因和蛋白质功能进行限定和描述的,并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准.GO分为分子功能(Mo ...

前面的教程:混合到同一个10X样品里面的多个细胞系如何注释,我们提到了可以使用细胞系的表达量矩阵去跟细胞亚群表达量矩阵进行相关性计算. 就有粉丝提问,把单细胞亚群使用 AverageExpress ...

GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析. GO 和 KEGG 可参考:R|clusterProfi ...

不管是 GO或者KEGG这样的常见数据库的注释结果,还是mesh,reactomePA, DOSE这样的略微小众的数据库资源,不管是超几何分布检验的富集还是GSEA的算法,都Y叔都有对应的可视化函数支 ...

之前是用自带数据出过一个教程,现在换成自己的数据,清了一下坑. 检查和安装加载包 site = 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN' if (!req ...

组学分析是目前生物学研究中最重要的研究手段之一,而数据的可视化,发表文章也是大家所追求的.好的数据通过较好的方式呈现,能够让人眼前一亮,给文章增色不少.功能富集也是组学分析中经常用到的,而一般见到的都 ...

基因集富集分析是很常见的分析内容,可视化展示的方式也多样.本文提供两组分组间的差异表达基因集的功能富集结果的一些相对美观的可视化方式. 1 读取Seurat对象生成差异表达基因 library(Se ...

注:本文转载自 https://antv.alipay.com/zh-cn/vis/blog/vis-introduce.html 一.什么是数据可视化科学可视化(Scientific Visual ...

磷酸化多肽的富集原理及相关富集方法研究进展由核酸经转录翻译后形成的前体蛋白质通常是没有活性的,往往需要再经过折叠.修饰等过程才能赋予蛋白质正常的活性及相应的功能.磷酸化是真核生物细胞内最普遍.最重要 ...

5月12日,我恰在西安,这一天,早上特别的凉,从新闻上得知济南更是达到了5度的低温,我隐约有些不详,但又不知给家里人说什麽. 下午我一直躺在床上,入迷地看着东方卫视播出的<国家干部>,写得 ...

山东博山(今淄博博山区)古称颜神,因齐地孝妇颜文姜得名.博山自古就是鲁中重镇,宋元以来,因这里的陶瓷.琉璃.煤炭产业发展迅猛,而成为了商贾云集之地 . 1903年,一支"英国官方旅行团&qu ...

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