噶尔丹被康熙击败时，只是一只已经被侄子篡夺政权的孤军

原因很简单，和康熙为敌时的噶尔丹，已经不是准噶尔汗国的首领了，相反准噶尔汗国是康熙同噶尔丹作战的盟友。康熙击败噶尔丹，对准噶尔汗国并没有什么影响，同时也是准噶尔汗国新首领希望看到的结果。

（噶尔丹）

1688年，卫拉特蒙古准噶尔部的首领噶尔丹已经建立了一个雄踞西域的准噶尔汗国，地盘包括今天的新疆和中亚很大一部分区域。噶尔丹准备新的扩张，率军三万东征蒙古高原地区。在噶尔丹东征后，其侄子策妄阿拉布坦乘机在后方夺取了准噶尔汗国的基业。噶尔丹企图回师夺回首领位置失败，成为流浪在蒙古高原的孤军。噶尔丹大约有三万兵力，比较稳定控制的地盘只有蒙古高原西部的科布多地区，实力已经很有限了。和康熙为敌的噶尔丹，就是已经被侄子篡夺位置的孤军。策妄阿拉布坦也想斩草除根，彻底消灭噶尔丹，也派人和康熙进行联络，共同对付噶尔丹的孤军。

1690年，噶尔丹率2万人征伐漠北的喀尔喀蒙古，一路追击到漠南，大败漠南漠北各路蒙古人。清朝廷对此非常重视，派兵援助漠南的蒙古人。噶尔丹军2万人在乌尔会河之战中大败两万多清军。之后清军调集十余万兵力围剿噶尔丹，康熙皇帝亲自出征。

噶尔丹军约2万人与清军六七万人在距离京师只有700里的乌兰布通大战（康熙皇帝生病未到，在后方坐镇），未分胜负。噶尔丹军取得了一定的战术胜利，清军遭受了相对更严重的损失，康熙的舅舅佟国纲被噶尔丹军火枪击中战死。但噶尔丹军未能彻底击败兵力优势很大的清军，清军后续援军还在不断赶来，只能撤回。撤退途中，噶尔丹军发生严重瘟疫，损失惨重，实力之后一直未能恢复。

1696年和1697年，康熙皇帝两次亲征噶尔丹。1696年的亲征中，西路清军3.5万人在昭莫多捕捉到噶尔丹主力（五千多人），大败噶尔丹，斩首两千，俘虏数百，噶尔丹势力遭到毁灭性打击。1697年的亲征中，噶尔丹病死，至此彻底解决了噶尔丹。

康熙皇帝和噶尔丹的战争中，准噶尔汗国是坚定的盟友。消灭了噶尔丹后，清政权和准噶尔汗国维持了一段相对友好和和平的关系，到康熙晚年，才重新发生冲突。