原始文献介绍 ：trajectory细胞轨迹分析
介绍
单细胞轨迹可以揭示基因调控如何控制细胞命运的决定。然而，学习具有两个或更多个分支的复杂轨迹的结构仍然是一个具有挑战性的计算问题。我们介绍了Monocle 2，它使用反向图嵌入以完全无监督的方式描述多个命运决定。在两项关于血液发育的研究中，Monocle 2发现关键谱系转录因子的突变将细胞转移到其他命运。
画重点原理:
总结
Monocle 2以完全数据驱动，无监督的方式学习复杂的具有多个分支的细胞轨迹，并且仅对其结构进行了有限的假设。它采用了一类流形学习算法，旨在将主要图嵌入高维单细胞RNA-seq数据中。与以前的方法通过使用单元格之间的成对距离的启发式分析来推断分支结构的方法相反，Monocle 2可以使用此图直接确定发育的命运决定。通过广泛的基准测试，我们证明了Monocle 2在不要求用户指定轨迹结构的情况下，可以与其他工具（如Wishbone）相媲美。
参考资料
Qiu X, Mao Q, Tang Y, et al. Reversed graph embedding resolves complex single-cell trajectories. Nat Methods. 2017;14(10):979-982. doi:10.1038/nmeth.4402
https://github.com/cole-trapnell-lab/monocle2-rge-paper/archive/master.zip
https://github.com/Xiaojieqiu/densityClust/tree/knn_dp
赞 (0)