平定穆泰叛乱后，元宏决定继续完成饮马长江的梦想。为此，他召集公卿百官到清徽堂，对他们道：“迁都中原已基本完成，唯有南方之寇没有平定，朕如何能安于深宫帷幕之中呢？朕南征之志已定，只是时机早晚。近来，术者都说，现在南征一定能够取胜。然而，这是国家大事，应该使君臣各抒已见，你们不要因为朕先说了，就违心的表示同意。”李冲建议道：“凡用兵之法，应该先论人事，再察天道。现在占卜所得虽为大吉，但人事还没有准备妥当。况且，迁都不久，秋谷未收，不可骤然兴师。依臣之见，应该等到来年秋天再行南征。”元宏不悦道：“去年，朕拥兵二十万，可以说是人事昌盛了，然而天时不利。如今，天时有利，又说人事未备。若照你所说，那永远没有合适的时机。南寇近在咫尺，它日终将是社稷之忧，朕怎敢自安呢？”然而，群臣大多还是持反对意见，元宏不得不屈服，最后正色道：“如果明年秋天南征不能取胜，朕就要将诸位送到司寇那里治罪，你们不可不尽心尽力。”基本确立了来年秋天南征的计划。南征之议既定，元宏还有两件事要做，一是确立新的太子人选，二是处理穆泰叛乱善后事宜。这两件事的核心都是稳定后方。
建武四年（公元497年）正月初八，元宏策立皇子元恪为太子。元恪是元宏的次子，时年十四岁，他最大的特点是笃信佛教。也许是出于恻隐之心，元宏并没有立即赐死元恪的生母高照容。二月十六，元宏到达平城，亲自提审穆泰、陆睿之党，没有一个人说自己冤枉，元澄因此受到时人称赞。最终，穆泰及其亲信党羽都伏法被诛，陆睿被赐死狱中，妻子得到宽宥，流放辽西，沦为平民。穆泰等人作乱，归根结底是反对迁都。实际上，反对迁都的人非常多，其中不乏位高权重者，比如并州刺史、新兴公元丕。念及元丕是宗室长辈，元宏没有强行让他改换服饰和习俗，只用大道理加以诱导劝说，以便使他不公开反对。后来，朝中大臣都改换服饰，殿内朱衣满座，惟独元丕还穿着胡服，后来才慢慢加上帽子和带子，依然不修边幅。元恂将从平城迁往洛阳时，元丕的儿子元隆同穆泰等人密谋将元恂留下，出兵堵住雁门东陉、西陉二关，阴谋占据陉北。当时，元丕在并州，元隆等人把计划告诉了他，元丕担心事情难以成功，口头上表示反对，内心却颇为赞同。等到穆泰等人的叛乱败露后，元丕随从元宏到了平城，元宏每次审问穆泰等人时，都让元丕坐在旁边观看，以此迫使他改变立场。之后，有关官员奏告元业（元丕的弟弟）、元隆、元超（元丕的次子）罪该满门诛斩，元丕也应该连坐治罪。元宏以元丕曾经在诏令中被许以不死，免除一死，黜为平民，让他的妻子和两个儿子陪他住在太原，而杀了元隆、元超及其同胞兄弟元乙升，其他的儿子流放敦煌。除了元丕，陆睿以及李冲、领军于烈等人都曾受过不死之诏。陆睿被杀后，元宏下诏安抚他们道：“虽然朕曾经诏许陆睿可以免死，但他叛逆谋反，有负鬼神，违背了曾经的誓言，所以他的死与朕没有关系。朕并没有忘记先前说过的话，所以让他在狱中自尽，并免去他儿子的死罪。元丕的两个儿子、一个弟弟，最早策划也最先参与叛乱，理应连坐处死，朕特加恕免，只是黜为平民而已。朕本想与他们和衷共济，但他们弃绝情义，违背良心，产生不轨之念，何其可悲！现在，朕特意告诉你们，想必你们不会奇怪吧？除了谋反，朕对他们皎如白日，在在可鉴。”通过这道诏书，元宏是想告诉李冲和于烈，所谓的不死之诏最终解释权在我手里，你们千万不要误读，甚至铤而走险。在这次叛乱中，平城的鲜卑贵族大多参与其中，唯独于烈没有丝毫牵连，元宏因此对他更加器重。然而，元宏也不得不有所妥协，考虑到北方酋长以及他们的侍子害怕暑热，就任他们秋天来到洛阳，春天再返回北方，时人称之为雁臣。元恂被废后，颇为悔恨曾经的过失，痛改前非，让一些人深感不安。四月，御史中尉李彪秘密上表，告发元恂与手下的人再度谋逆，元宏派中书侍郎邢峦和咸阳王元禧手持圣旨，以毒酒赐死元恂，然后以平民规格将其葬在河阳。五月初六，元宏分别派遣使者在丰、镐两处祭祀周文王和周武王。六月初五，结束为期近半年的北巡，元宏回到洛阳。
穆泰谋反时，不仅平城响应者众，就连身在洛阳的大臣都参与其中。比如中书监、魏郡公穆罴，大赦之后才被发现，被削去官职和爵位，黜为平民。
穆罴的弟弟穆亮时任司空，穆罴北边后，他将府署事务交付给司马慕容契，主动上表元宏自劾，元宏下诏不许，但穆亮再三请求。
六月初八，元宏只好同意穆亮辞去官职。然而，一个月后，元宏又重新起用穆亮为征北大将军、开府仪同三司、冀州刺史。
其实，穆罴的自劾和穆亮的辞职，不过是一种另类的抗议，表示对迁都的不满，元宏对此心知肚明，只能尽力安抚。
总的来说，鲜卑贵族大多反对迁都，而汉族大臣则一致支持。在这个过程中，鲜卑贵族受到严重打压，元宏急需以南征为自己立威。
七月，元宏册立昭仪冯氏为皇后。冯皇后是冯熙之女，为了保住自己的地位，她想亲自抚养元恪。
不久，元恪的生母从代地前往洛阳，走到共县时，忽然暴毙，时人都认为是死于冯皇后或者冯氏之手。
