肺部感染性疾病mNGS诊断分析
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肺部感染性疾病mNGS诊断分析
广州市胸科医院 马志明
下一代测序
下一代测序（next-generation sequencing，NGS）包括二代的大规模平行测序和三代的单分子测序。
高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定被称为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变。
同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序。
NGS在感染性疾病中的应用
NGS技术应用于细菌感染检测，明确是否存在细菌感染。
对菌株进行分型，获得分子血清型、耐药基因谱等信息，分析其菌株进化历史、感染源及感染路径，有助于疾病预防、诊疗和疫苗研发等。
结核的快速诊断：菌株培养难度高，时间长，临床检测受到极大限制。但基因测序技术在检测其菌株毒力和耐药性上有着极大的优势，可以快速检测病原体感染及其耐药性。
有望取代现有的培养和分子诊断法。
病毒感染快速检测
NGS技术主要应用于基因型分析、耐药突变检测及病毒在宿主体内演化，以及暴发感染病毒的快速检测时以协助预防、诊断治疗及疫苗研究等方面。
真菌感染检测
通过建立本地真菌基因组学数据并对比分析，不仅可以进行真菌感染快速准确诊断，还能够发现不同真菌特有的功能性基因，研究其致病机制及药物耐药位点突变，发现新的药物作用靶位点，从而开发具有广谱、不良反应低、无交叉耐药性的抗真菌药物。
NGS不足
肺部感染性疾病mNGS诊断分析
20例患者mNGS检测与临床已确诊病例的符合率
肺部感染性病例mNGS检测分析
病例1.
三系减少、发热、肺部阴影
▶ 男性，46岁，全身乏力、纳差、发热7月余，加重伴气促2月余。
▶ 7月前无明显诱因出现全身乏力、酸痛伴纳差，间断发热，以低热为主，偶有干咳，伴四肢大关节疼痛，碰撞时可见皮肤瘀斑。2月前上述症状较前加重，反复出现高热，热峰达41℃，伴胸闷气促。
▶ 10月19日外院痰AFB阳性、BALF mNGS检测出耶氏肺孢子虫、EB病毒。
主要实验室检查
结核相关检查
真菌相关检查
BALF mNGS检测（2020.11.11）
胸部CT表现
诊断与鉴别诊断
病例2.
快速进展的胸腔积液
▶ 患者男性，51岁。咳嗽、胸痛10余天，发热1天。
▶ 10余天前无明显诱因出现咳嗽，咳少许白痰，间有黄痰，无腥臭味，无泡沫痰，伴有左侧胸痛，咳嗽时加重，且有双侧上腹部疼痛，伴气促，无端坐呼吸。1天前患者突发发热，体温38-39℃。当地医院胸部CT检查，见“左下肺斑片状阴影”。为进一步诊治，收治我科。
▶ 平素体健，否认肝炎、结核等传染病史，否认高血压、冠心病等心血管疾病史。近期发现“糖尿病”，口服降糖药后，空腹血糖控制在8-9mmol/L.。
▶ 入院查体：T 36.7℃、P 121次/分、R 28次/分、Bp 93/74mmHg。
▶ 急性病容，神情，自主体位，查体合作。全身浅表淋巴结未触及肿大。左侧胸廓饱满。
▶ 呼吸稍急促，左肺叩诊呈实音，左肺呼吸音明显减弱。HR 121次/分，律齐，各瓣膜听诊区闻及病理性杂音。腹平软，肝脾肋下未触及，移动性浊音（-）。余未见明显阳性体征。
入院时主要实验室检查
血常规
动脉血气分析
外院2020.10.25胸部CT
4天后我院胸部CT( 2020.10.29)
两次胸部CT显示左侧迅速出现大量胸腔积液，左肺压缩性肺不张，左下肺实变伴多发低密度病变和多发透亮区。左主支气管狭窄？
入院后胸水经B超定位，经皮穿刺置管闭式引流，见褐黄色脓性胸水缓慢流出。
病变诊治过程：胸水常规与生化提示细菌性感染，给与亚胺培南 1.0 q8h* 5d/ 亚胺培南 2.0 q8h*7d/哌拉西林他唑巴坦 4.5 g8h*7d+ 莫西沙星0.4 qd*6d/替考拉宁0.4 qd*3d/ 莫西沙星0.4 qd*7d 。
胸水常规与生化
2020.11.20复查胸部CT，与2020.10.29胸部CT比较
经过抗感染治疗及积极胸水引流后，胸水较前明显减少，左上肺基本复张，仍可见左下肺实变。左侧包裹性积液。
为进一步排除左下肺实变原因，已申请做支气管镜检查；同时拟经左侧胸腔B超定位，引流左侧包裹性积液。
支气管镜下未见双侧4-5级以上支气管管腔狭窄，未见新生物及出血。行左下肺液背段及基底段支气管肺泡灌洗。
BALF NGS检测结果
诊断
1、左侧肺炎克雷伯菌胸膜炎伴脓胸（胸水培养）；
2、左下肺肺炎克雷伯肺炎（mNGS贡献）；
3、2型糖尿病。
病例提供专家：
王凌伟、余敏
（深圳市呼吸疾病研究所）
病例讨论时间：
2020年12月10日（周四） 20:00-22:00
本期主持：
冯贵堂 漯河中心医院核医学科
吴迪 福州胸科医院
讨论载体：
图文编辑：吕欣桐