突变对蛋白功能影响预测

基因突变对于基因功能的影响是多种多样的。有的突变会改变蛋白的功能，这类改变蛋白功能的突变对于整个基因而言则更加重要一些。我们在肿瘤治疗当中，有的药物是基因蛋白功能起作用的。如果因为蛋白功能的改变其药物可能就发挥不出原有的作用了。因此了解突变对于蛋白功能是否有影响对于肿瘤的治疗方面还是十分有帮助的。
AlloDriver(http://mdl.shsmu.edu.cn/ALD/module/mainpage/mainpage.jsp) 总结了7000多对癌—正常泛癌配对样本，利用结构和动态特征，通过将癌症样本产生的基因突变映射到蛋白质三维结构的位点上。来观察突变对于潜在功能的影响。

数据输入选项

AlloDriver在进行分析之前，需要输入三个数据参数。分别是：
  • 工作ID: 这个方便我们来再次查看结果
  • 突变的相关数据:数据库的主体。我们需要相关的突变数据
  • 影响的区域: 分为变构位点和功能性位点两个部分

工作ID

在每个分析开始之前，我们都需要命名一个数据的ID。这个ID可以让我们以后，如果想要继续查看结果的话，直接在Job Queue里面输入ID即可。

突变的相关数据

这个地方我们需要放入想要检索的数据结果。它接受三种输入方式分别是:
  • TXT文本格式: 需要包括三列(样本ID， 基因名；突变位点)。三列之间通过分号来连接。
  • MAF格式: 标准的MAF格式即可。具体的格式可以看关于MAF格式介绍
  • ANNOVAR格式: 是基于ANNOVAR注释的文件。关于ANNOVAR格式的例子可以查看这里
PS: 这个数据库上传的数据是不能大于10M的。

影响的区域

我们在进行3D蛋白绘图的时候，可以选择映射区域。这个数据库提供了两种映射的选项，分别是: 变构位点(Allosteric Site)以及功能位点(Functional Site)。

结果查看

这里我们就用网站提供的MAF文件的例子1查看结果。
结果主要是通过两种形式来呈现，分别是表格形式和图形形式。两种形式按照样本来分类的。

表格结果

表格结果当中包括了基因名、突变位置、突变的位置等等。
我们点击SHOW可以查看关于这个基因的突变的3D图;  所有结果在泛肿瘤突变的情况；突变在基因中的位置; 以及作用在这个位点的药物。

图片结果

通过一个热图和一个散点图展示了驱动突变的功能和得分。

结果下载

网站也提供了下载的功能

数据库总结

基因的突变如果影响蛋白功能的话，其实就相当于把一个蛋白变成了另外一个蛋白。所以如果有相关的数据还是可以来预测一下的。
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