玄武门之变后，从一品翼国公秦琼为什么变成了正三品左武卫大将军？
题主这是没有完全搞清楚唐朝的官职和爵位体系。翼国公（从一品）是爵位，左武卫大将军（正三品）是职事官，这是两个完全不同的概念。
一、唐朝的爵位和官职体系
唐朝的爵位，主要包括王、郡王、国公、开国郡公、开国县公、开国子、开国男等，是自成体系的。
而唐朝的官职，可以细分为勋官、散官和职事官，勋官用于酬劳军功，散官无具体职责、只享受相关待遇，职事官有具体职责及权力。
二、秦叔宝的爵位和官职
具体到秦叔宝，武德年间秦叔宝归唐后，爵位定为翼国公（从一品），此后，一直到贞观十二年（638）秦叔宝去世，其爵位一直没变过，只是在其去世后的贞观十三年（639）从翼国公改封胡国公。
（秦叔宝）
而秦叔宝的官职，在武德年间归唐之初，被授予秦王府右三统军（正四品下），后升为秦王府护军（品阶不变，还是正四品下）。武德九年（626）六月玄武门之变后，升为左武卫大将军（正三品），此后直到贞观十二年（638）秦叔宝去世，一直都担任左武卫大将军。
三、秦叔宝在玄武门之变中的功劳
对于题主提出的问题，究其用意，我认为是想讨论秦叔宝在玄武门之变中的功劳，或者更进一步说，是讨论秦叔宝是否参加了玄武门之变。
其实这个问题根本不用讨论，因为史书记载非常清楚，我们逐项来看：
（一）秦叔宝是否参加了玄武门之变
参加了！据《旧唐书》太宗本纪记载：
（武德九年六月）太宗率长孙无忌、尉迟敬德、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知节、秦叔宝、段志玄、屈突通、张士贵等于玄武门诛之。
（玄武门之变）
（二）秦叔宝是否在玄武门之变中立功并得到赏赐
立功受奖了！史书记载如下：
从诛建成、元吉。事宁，拜左武卫大将军，食实封七百户。（《旧唐书》秦叔宝传）
及平隐、巢，功拜左武卫大将军，实封七百户。（《新唐书》秦叔宝传）
（三）秦叔宝在玄武门之变中，是否有具体战斗表现
有表现！据《旧唐书》长孙顺德传及《册府元龟》卷384记载：
武德九年，与秦叔宝等讨建成余党于玄武门。
这里所谓的“建成余党”，指的是当时由冯立、谢叔方、薛万彻等率领的结阵进攻玄武门的二千余东宫齐府兵。《旧唐书》忠义传记载的“隐太子建成之诛也，其余党冯立、谢叔方率兵犯玄武门”可为明证。
而据《旧唐书》李建成传记载，“俄而东宫及齐府精兵二千人结阵驰攻玄武门，守门兵仗拒之，不得入，良久接战，流矢及于内殿。太宗左右数百骑来赴难，建成等兵遂败散”。结合上文记载来看，这里的“太宗左右数百骑”，指的就是秦叔宝等人率领的骑兵。
四、秦叔宝在玄武门之变后的封赏
网上有不少人觉得秦叔宝在玄武门之变后的封赏太低，进而衍生出很多阴谋论，下面我具体分析一下。
（一）职事官
玄武门之变后，秦叔宝由秦王府护军（正四品下）晋升为左武卫大将军（正三品），这是连升三阶（正四品下——正四品上——从三品——正三品）。
同时，横向比较来看，武德九年（626）七月，尉迟敬德和程知节也均晋升为十二卫大将军，“以秦府护军秦叔宝为左（武）卫大将军，又以程知节为右武卫大将军，尉迟敬德为右武候大将军”。
可见，从职事官角度看，秦叔宝因玄武门之变连升三级，而且与尉迟敬德、程知节的晋升水平一致。
此后，秦叔宝在左武卫大将军的位置上一直工作到贞观十二年（638）去世。
这个职位很重要，负责京师及皇宫的宿卫，也就是保护李世民的安全。李世民在贞观年间，一直有意保留一部分嫡系将领在京师，作为十二卫大将军保卫自己。在贞观前期，承担这一职责的主要是秦叔宝、柴绍等人，贞观十二年（638）秦叔宝、柴绍去世后，换成了宇文士及、段志玄等人，贞观十六年（642）宇文士及、段志玄去世后，贞观十七年（643），李世民把程知节从幽州都督任上调回，“转左屯卫大将军，检校北门屯兵”（《旧唐书》程知节传）。
（程知节）
因此，秦叔宝这个职务很重要，他贞观年间事迹不显，一方面是因为他身体多病，另一方面也说明了秦叔宝履职得当，京师没出现什么危害皇帝的大事。
（二）实封
武德九年（626）十月，太宗李世民初定功臣实封，秦叔宝获得实封700户。
对此，很多人觉得低，主要对比的是尉迟敬德，尉迟敬德获得实封1300户。这种对比没有意义，尉迟敬德在玄武门之变中的功劳是其他人很难企及的，他诛杀了李元吉，救了李世民一命，仅凭这一功劳，难道不值这多出来的600户实封吗？别说多600户，就是多1600户也完全可以理解吧。
我们看看其他人的实封。程知节的实封也是700户，与秦叔宝一样；高士廉对于李世民来说，是“故旧情深，姻戚义重”（李世民语），而且，高士廉也参加了玄武门之变，实封也是700户；萧瑀作为右仆射（从二品）、封德彝作为中书令（正三品），位居宰相，在玄武门之变中支持李世民，其实封只有600户；屈突通作为工部尚书（正三品），也参加了玄武门之变，实封只有600户；李靖在武德年间有平定萧铣和辅公祏的大功，且与李世民关系密切，但当时身处灵州前线，未参加玄武门之变，其实封只有400户。
（李靖）
和这些人相比就可以发现，秦叔宝的700户实封已经是非常高的了。
（三）爵位
现在网上流传着一种说法，认为秦叔宝去世后，其子孙未能袭爵国公，只得到一个县公。
这种说法是不正确的，根据《唐令拾遗》封爵令规定，“公侯伯子男，身存之内，不为立嫡。亡之后，嫡袭爵”。
可见，根据唐令，秦叔宝去世后，其嫡子自动袭爵，因此，除非秦叔宝没有嫡子，否则，他的国公爵位必然会得到继承。
而根据《秦利见墓志》来看，秦叔宝是有嫡子的，名叫秦（）道（墓志阙字），官至右卫左郎将（正五品上），因此，秦叔宝的国公爵位必然是被其嫡子秦（）道继承了。
此外，就目前资料看，秦叔宝还有2个庶子，一个叫秦善道，官至左清道率、检校左金吾卫大将军；一个叫秦怀道，官至常州义兴县令。
网上流传的所谓秦叔宝的儿子只封了个县公，指的是秦怀道，据其墓志记载，他被封为历城县公。请注意，秦怀道是庶子，按照唐令，本来是什么爵位都不应该有的，但他却被封为县公，为什么呢？因为这是李世民对秦叔宝的额外赏赐。据《册府元龟》卷130记载，贞观五年（631）九月，太宗李世民下诏，给部分功臣除嫡子之外的儿子封爵，“（长孙）无忌、（房）玄龄、（杜）如晦、（尉迟）敬德各封一子郡公，（高）士廉、（侯）君集、（宇文）士及、（秦）叔宝、（程）知节各封一子县公”。正是因为有了李世民的额外赏赐，秦怀道才得到了历城县公的爵位。
（四）凌烟阁排名
秦叔宝在凌烟阁二十四功臣中排名最后一名，因此，网上不少人觉得李世民亏待秦叔宝。
实际上，凌烟阁功臣排序，是根据官阶、以及贞观令规定的班次来排序的，基本原则是：
官阶高的排在前面；官阶相同的，班次靠前的排在前面；官阶、班次都相同的，逝者排在生者前面。
我专门写过一篇文章进行过详细分析，文章叫做《浅析唐太宗凌烟阁二十四功臣排序规律》，有兴趣的可以去读一下。
这里只说一点，贞观十七年（643）二月画像凌烟阁，而尉迟敬德直到贞观十六年（642）仍在夏州都督任上。如果画像时尉迟敬德仍是夏州都督，那么，根据上面的排序规律，尉迟敬德作为活着的州都督，要排在去世的州都督秦叔宝的后面，光荣位列二十四功臣的最后一名。
只不过事情比较巧合，就在贞观十七年（643）二月画像凌烟阁前几天，尉迟敬德申请退休获得批准，李世民给了尉迟敬德一个退休大礼包——开府仪同三司（散官，从一品），所以，尉迟敬德的排位一下子就窜到第7名了。
（尉迟敬德）
有幸运的，就有倒霉的。李世勣，堂堂兵部尚书，就是因为班次的问题，排在了第23名，可就在画像凌烟阁2个月后，贞观十七年（643）四月，李世民给李世勣加授特进（散官，正二品），如果那时候再画像，李世勣就可以排到第10名。
（李世勣）
可见，二十四功臣的排序，是具有很大的偶然性的，完全不用太过计较，凡是能进二十四功臣的，都是与李世民关系极好的人。
综上所述，秦叔宝与李世民关系极好，积极参加了玄武门之变，并立功受奖，李世民在贞观年间给秦叔宝的待遇也非常高。
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